一、環境檢測
無公害產地認定需要進行環境檢測，隻有動植物生長生活環境符合無公害產地環境要求，才能生產出合格的無公害產品。
1檢測項目。種植業檢測水樣和土壤樣品，畜牧業檢測畜禽飲用水，漁業檢測養殖用水，初級加工產品和屠宰廠檢測加工用水，一般來說，隻要空氣質量未受汙染，空氣指標可以免予檢測。
2檢測依據。種植業環境檢測具體到不同的品種有不同的無公害食品標準，如《無公害食品蔬菜產地環境條件》、《無公害食品水生蔬菜產地環境條件》、《無公害食品桃產地環境條件》、《無公害食品草莓產地環境條件》等，畜牧業環境檢測依據為《無公害食品畜禽飲用水水質》，漁業環境檢測依據為《無公害食品淡水養殖用水水質》、《無公害食品海水養殖用水水質》，加工用水檢測依據為《無公害食品畜禽產品加工用水水質》。檢測機構按照上述無公害食品標準進行相關品種產地環境檢測。
3抽樣。申請材料和現場檢查符合要求的，省級農業行政主管部門通告申請人委托具有資質的檢測機構對其產地環境進行抽（采）樣檢驗或者由縣、地級承辦機構有資質的現場檢查員進行抽（采）樣，按規定填寫抽樣單。由省級農業行政主管部門根據無公害食品的有關標準、現場檢查情況和產地環境狀況確定具體抽樣數量。
4依據《產地環境調查規範》（NY/T5335—2006），在產地環境檢測之前應開展產地環境調查，如果符合條件，就不需要產地環境檢測和評價，由省級承辦機構出具《產地環境調查規範》。
二、產品檢測
產品檢測是檢驗申報無公害農產品質量是否符合相關的無公害食品標準的重要依據，抽樣的科學性是確保產品質量檢驗有效性的關鍵環節。
1檢測項目和依據。納入無公害農產品認證目錄的產品都有相關的無公害食品標準，這些標準對檢測項目都有詳細規定，主要涉及有感官、微生物汙染、重金屬、農藥、獸藥殘留等衛生指標。由於有些無公害食品標準製定的時間比較久，農業部農產品質量安全中心（含專業分中心）對某些品種的檢測項目進行了適量的增減和優化，檢測機構進行產品檢測時應以農業部農產品質量安全中心最新公布的檢測項目為準。
2抽樣
申請材料和現場檢查符合要求的，省級承辦機構通告申請人委托具有資質的檢測機構對其申報產品進行抽（采）樣檢驗或者由縣、地級承辦機構有資質的現場檢查員進行抽（采）樣，按農業部農產品質量安全中心發布的《無公害農產品抽樣規範》進行產品抽樣。
一體化推進多品種同時申報抽樣數量的確定方法：同一產地、同一生長周期、適用同一無公害食品標準生產的多種產品在申請認證時，檢測產品抽樣數量原則上按照申請產品數量開二次平方根（四舍五入取整）的方法確定，並按規定標準進行檢測。
申請之日前2年內，部、省監督抽檢質量安全不合格的產品應包含在檢測產品抽樣數量之內。
三、檢測報告的出具
檢測機構在收到樣品的20個工作日內，應根據無公害食品標準對檢測項目進行檢測，並根據無公害食品標準判定檢測結果是否合格，出具三份（必要時出具四份）檢測報告原件，一份交申請人，兩份或叁份交省級無公害農產品承辦機構。