新曆六三九年，世界末日，人類被迫離開其居住了數千年的家園：地球。
大量的難民囚居在狹小的月球臨時基地，陷入了進退兩難的境地，苛刻的生存環境，資源的嚴重匱乏，生與死的抉擇之時……
在月球軌道空間站，虛幻時空計劃總部，一股鏗鏘有力的聲音打破了寧靜：
“報告長官，所有移民均已登機完畢。”
“有意思，數十萬棺材齊聚一堂，真是史無前例的壯觀啊！”
“別說不吉利的話，人類的命運很可能就掌握在他們手裏了。”
“嘿！你也別說的那麼冠冕堂皇，地球雖然不行了，把他們投放到宇宙中就有活路嗎？穿越黑洞的實驗每次都有去無回，這虛幻時空計劃某種意義上也是一種安樂死而已。”
......
“那你為什麼讓你兒子去送死？”
“哼！他有他的選擇，你兒子不也一樣嗎？”
“我愛我的兒子，他是為了見證我的理想而去的。”
“嗬！好一個偉大的理想啊！好吧，你贏了，就預祝這兩個小子都能順利找到他們的新家吧。”
“各部注意，創世神號進入發射倒計時。”……
於此同時，巨型太空要塞創世神號內部廣播聲不絕於耳：
“各位移民朋友請注意，各位移民朋友請注意，創世神號發射後三十分鍾內將進入折疊軌道，請大家三十分鍾內按照各自編號進入自己的培養倉，虛幻時空係統將在三十分鍾後同時開啟。再重複一遍……”
“隻有三十分鍾了嗎？媽媽……再見了！”
此刻，在創世神號內，一個身形略微有些單薄的銀發少年微微有些傷感。他的名字叫洛蘭?李?加洛特，身為虛幻時空計劃負責人的兒子，此行他不僅僅是為了見證母親的理想，而更為深切的感受到了自己所肩負的責任。
三年前的天罰戰爭，導致地球幾近毀滅，地球人口也驟減了十之八.九。而造成這一切的元凶：人工生物電腦『諾亞』，其創造者之一，生物科學界的權威李星華正是洛蘭的母親。
此事要追溯到十八年前……
“諾亞”承載著“拯救地球，保護人類”的偉大使命而誕生。並在其後數年時間裏，為人類作出了無與倫比的傑出貢獻，被世人喻為真實守護神般的存在。然而幸福的時光卻很短暫，不幸的事情還是發生了，諾亞經過十五年的反複計算，最終卻得出了與其使命相駁的結論。
拯救地球就必須消滅人類，然而保護人類又無法拯救地球，最終結果隻有一個，在拯救地球的前提下，先毀滅人類，後創造人類。
於是，天罰戰爭打響了。戰爭期間經過數十次交涉，洛蘭的母親深知無法挽回自己的過失，生物電腦已經徹底失控，悲痛之餘，隻能以最後的親情誘騙諾亞，使其喪生在人類所布置的陷阱之中。
然而萬萬沒有料到的是，這直接引發了其餘生物電腦失去諾亞的調度，徹底進入了瘋狂的暴走狀態，戰火一再擴大，最終導致作為戰場的地球瀕臨毀滅。