20世紀90年代，隨著哥倫布航渡美洲500周年的到來，“殷人航渡美洲”說再次引起學術界的關注。先是否定派發表了一係列文章，從根本上否定“殷人航渡美洲”說的依據。曾參與鑒定石錨岩樣的安泰庠公布其鑒定結果，指出石錨的原料為灰岩，來自美國西海岸，也製於當地，它們不是殷人渡美的物證。張箭提出以下理由：第一，“海上交往的多種發現”是不堪鑒別的，例如在語言方麵，漢語與其他語言中的一些詞語都義同意似，且都不是外來詞。第二，“墨西哥的商代文化遺跡”似是而非。例如在古文字方麵，各民族獨立創製的圖畫文字、象形文字完全會有某些相同或相似。再如虎神崇拜，美洲的是美洲虎，或譯為美洲豹，而不是中國、亞洲的老虎。第三，人類的認識發展有一定的規律。獨立發展的文明完全有可能具有某些相同或相近的特征，而且文明越古老越原始其相同相近的特征就越多越大。印第安人在創造自己的文明時，以他們帶去的一萬多年前的東亞物質精神文化為基礎，使太平洋兩岸的原始文化和早期古代文化呈現某些相似的成分。張箭後來進一步指出，我國的傳統農具碌碡及其棗狀或柱狀石滾是南北朝時期才出現的農具。碌碡移作船錨存在加工難度與堅固適用成巨大反比的重大問題。中空有孔的石滾難以加工，又較易碰碎，還因自重減輕而影響定船效果。此外，張箭還論證了商代和周之際，還沒有帆、桅、舵、鋸、鐵和璿璣，並剖析了現代模擬漂流試驗中的概率和實例等問題，認為殷人沒有航渡美洲的可能性。
肯定派則努力尋找新證據來論證自己的觀點，例如王大有和王雙有兄弟在《華聲報》發表文章，認為在美洲奧爾梅克文化拉·文塔遺址中出土的六塊玉版上，用殷商文字銘刻著商代祖先的名號，由此可以證明殷末將領率眾東渡美洲建立家園，傳播文明。但此說很快遭到龔纓晏的批評。他根據1959年英文版的《1955年拉·文塔發掘報告》認為，王氏兄弟把那些玉版上不完整的圖案判定為完整的殷商文字，並考釋為殷商先祖名號，荒唐之極。龔纓晏運用體質人類學知識，指出中美洲的印第安人幾乎百分百的O型血，而東亞則是B型血出現頻率最高的地區。如果古代中國居民大規模地到達美洲，那麼勢必造成混血，但事實並非如此。此外，龔纓晏還撰寫相關文章，對各種古代中國人到達美洲說進行批駁。
不過，肯定派並不就此偃旗息鼓，雙方繼續進行論戰。1992年年底，王氏兄弟與宋寶忠出版了專著，其中第八章為“殷人航渡美洲”，堅持之前的觀點。該書提出，牧野之戰後有25萬殷商軍民分二十五部族五路東渡美洲，在中美洲重建家園，定都拉·文塔。這些殷人後裔在美洲墨西哥形成殷福族，即印第安Infubu人，他們至清末依然有華僑意識。而印加帝國即為殷人的一支後裔所建，意為“殷家”；殷移民念念不忘殷地安陽，相約見麵問候“殷地安”，此即“印地安”人名稱的由來。韶華寶忠雙、歐陽如水明：《中華祖先拓荒美洲》，黑龍江人民出版社1992年版。該書的論斷頗具奇幻色彩。之後，作家馮英子在《人民日報》發表文章，認為王氏兄弟的研究是國際史上的一個“重要發現”。之後他又撰文介紹殷人東渡的狀況，但基本是《中華祖先拓荒美洲》一文的縮寫。此外，蔡培桂從“東”字字形的起源進行分析，認為此與殷人東渡美洲有直接關係。許輝通過對兩者的曆史年代、文物、宗教、文字符號及遺傳基因等方麵的對比介紹，揭示史前太平洋兩岸文化的相似和相同絕非偶然。這一時期還有一些學者也認為殷人東渡美洲於史有證。吳晨：《印地安人——亞洲人的後裔？》，《民族論壇》1998年第1期；韶華、寶忠雙：《中華文明與美洲古代文明親緣關係圖證(2)太極萬象》，《尋根》1998年第2期；韶華、寶忠雙：《扶桑圭表——中華文明與美洲古代文明親緣關係圖證(3)》，《尋根》1998年第3期；王大有、宋寶忠、王雙有：《璋牙璿璣——中華文明與美洲古代文明親緣關係圖證（4）》，《尋根》1998年第4期；嵇立群：《殷人是否遠航到達美洲？
進入21世紀，“殷人發現美洲”說依然得到國內部分學者的堅持。劉樹人認為先民們遷徙到美洲與古海平麵變遷，即第四紀晚期大陸冰川不斷溶化，海平麵不斷上升有關。大約距今14000年，海平麵回升到-100米，從亞洲到美洲在白令海峽確實存在阿拉斯加陸橋；到了距今12000年最後一次冰期結束，海平麵上升到-60米時，該陸橋仍然存在；到了距今9000年左右，海平麵上升到-25米時，陸橋開始沉沒，但水很淺，特別是冬季結冰，兩岸遷徙也並非難事；到距今7000年以後，處於人類文明的前夜時，海平麵至少比現在低5～6米，隻要依靠簡單工具如“筏”、“獨木舟”就可以到達美洲，因此，中國許多先民從這時開始到達了美洲。劉樹人的最終目的，是要說明中國很早以前也是一個航海大國。還有人提出，在美洲出土的文物中，有一片碧玉上的字符看起來與中國商代的象形文非常相像，因此是中國人最先發現了美洲，印第安人來自中國。