進入21世紀以來，我國學界的中日海域文化交流史研究呈現明顯的規模化、體係化趨勢，研究成果的數量以幾何級數增長。其中，萇嵐的專著利用日本出土的中國陶瓷、銅錢以及銅鏡等考古遺物，著重考察了7-14世紀中日文化交流的若幹側麵。王維坤的著作彙集了作者多年有關中日文化交流的研究成果，書中第1編論及中國古代都城設計理念對日本的影響，第2編論述了唐代器物文化向日本的傳播，第4編則探析了武則天文字以及孔子學說的東傳。李寅生的專著論述了宋元時代中日之間文學、音樂、美術、宗教等方麵的交流。另外，這時期一些研究者針對我國沿海特定地域與日本之間的交流史展開研究，推出了一批較具分量的著作，其中包括：蔡豐明主編的《吳越文化的越海東傳與流布》蔡豐明主編：《吳越文化的越海東傳與流布》，學林出版社2006年版。、王慕民等的《寧波與日本經濟文化交流史》王慕民、張偉、何燦浩：《寧波與日本經濟文化交流史》，海洋出版社2006年版。、劉恒武的《寧波古代對外文化交流——以曆史文化遺存為中心》劉恒武：《寧波古代對外文化交流——以曆史文化遺存為中心》，海洋出版社2009年版。。其中，《吳越文化的越海東傳與流布》一書針對吳越文化越海東傳的若幹重要問題展開探討，論題涉及吳越稻作文化、茶文化、青瓷文化以及民俗文化的東傳與流布。王慕民等人合作完成的著作對寧波與日本之間曆代文化交流做了通史性的整理。劉恒武的專著則以曆史文化遺存為原點考察了寧波對外文化交流的曆史實態及其變遷軌跡，書中涉及的國內外文化遺存包括陶瓷、碑刻、古船、繪畫以及書籍等遺物，還包括城牆、官署、廩庫、寺廟、陶窯、防壘以及碼頭等遺跡和古建。
與係統性著作的增加相對應，中日文化交流史研究的論文數量驟增，論題觸及古代中日文化交流的各個方麵，例如：王心喜的《錢氏吳越國與日本的交往及其在中日文化交流史上的地位》、王金林的《北宋時期中日民間交流新探》等論文針對特定時期的中日文化交流展開探討。石慧敏的《中國茶文化東漸日本的三次高峰》和施由明的《中國茶文化與日本茶道比較略論》考察了中日古代茶文化交流。王勇的《“絲綢之路”與“書籍之路”——試論東亞文化交流的獨特模式》、陳小法的《〈蔗軒日錄〉與明代中日書籍交流》和範金民的《縹囊緗帙：清代前期江南書籍的日本銷場》分別從宏觀與微觀層麵論述了古代中日典籍交流。韓東育的《“道統”的自立願望與朱子學在日本的際遇》探討了明末以降中日儒學思想的對話。陳永華的《五山十刹製度與中日文化交流》、韋立新的《日本中世文化與中國禪文化的關係》和郭萬平的《赴日宋僧無學祖元的“老婆禪”》論及中國佛教對日本文化的曆史影響。韓天雍的《中日禪宗墨跡研究及其相關文化之考察》韓天雍：《中日禪宗墨跡研究及其相關文化之考察》，首都師範大學博士學位論文，2007年。、郝祥滿的《宋初佛畫的輸入日本及其影響》以及劉恒武的《15-16世紀寧波文人與日本遣明使之間的書畫交流》等文章考察了中日美術交流的若幹問題。江靜的《天曆二年中日禪僧舟中唱和詩輯考》一文考證了一個元代中日詩歌交流的個案。王仲殊的《從古代中日兩國的交流看宗像·衝之島的祭祀遺址》、黃建秋的《福岡市博多遺址群出土宋代陶瓷器墨書研究》根據考古資料對中日海域文化交流的特定問題展開了探討。此外，2000-2001年，《農業考古》雜誌連續刊載了數篇關於中國稻作文化東傳日本的文章，使得這一課題引起學界更多的關注。總之，近年發表的相關論文不勝枚舉，以上僅就不同專題擇例做了介紹。
近10年來，論及中朝文化交流方麵的專著有黨銀平的《唐與新羅文化關係研究》、李梅花的《10-13世紀宋麗日文化交流研究》、劉鳳鳴的《山東半島與東方海上絲綢之路》。另外，上文已經列舉過的蔡豐明主編的《吳越文化的越海東傳與流布》和劉恒武的《寧波古代對外文化交流——以曆史文化遺存為中心》也都有部分章節涉及曆代中朝海域文化交流。相關代表性的論文有：李英順的《試述唐朝與新羅文化的交流及影響》、劉春麗的《新羅留學生與漢文學》劉春麗：《新羅留學生與漢文學》、陳尚勝的《宋朝和麗日兩國的民間交往與漢文化傳播——高麗和日本接受宋朝文化的初步比較》、楊渭生的《宋與高麗的典籍交流》、劉強的《宋時高麗物品輸入中國雜考》、葛兆光的《寰中誰是中華？——從17世紀以後中朝文化差異看退溪學的影響》和鮑誌成的《曆史上浙江與朝鮮半島的友好交往》，等等，楊雨蕾的《十六至十九世紀初中韓文化交流研究》楊雨蕾：《十六至十九世紀初中韓文化交流研究》，複旦大學博士學位論文，2005年。和廉鬆心的《十八世紀中朝文化交流研究》廉鬆心：《十八世紀中朝文化交流研究》，中央民族大學博士學位論文，2004年。兩篇博士論文亦值得關注。此外，石源華、胡禮忠主編的《東亞漢文化圈與中國關係》一書中也收入了幾篇中韓文化交流史方麵的論文，其中包括：韓昇的《百濟與南朝的文化交流及其在東亞的意義》、吳伯婭的《從〈熱河日記〉看18世紀中韓文化交流》和楊雨蕾的《北京琉璃廠與清代中韓文化交流》。