在南下過程中，朱德由於反對張國燾的分裂做法，受到張國燾的排擠，就在這逆境之中，朱德仍以一個共產黨員的寬闊胸懷，堅持團結大多數指戰員，積極消除分裂帶來的不利影響，並參與了軍事指揮工作。
朱德被調離司令部後，到了四方麵軍總指揮徐向前率領的部隊。徐向前也不滿張國燾的錯誤作法。朱德便同徐向前一起，加強對部隊的領導，並指揮打了一些勝仗。從10月上旬至11月下旬的一個多月中，連續發動幾個戰役，先後攻克綏靖、崇化、丹巴、懋功、興寶、天全、蘆山等地。
戰鬥過程中和結束後，朱德抓緊時間寫文章，總結經驗教訓，對部隊進行教育，提高部隊的戰術水平。朱德先後寫出了《綏、崇、丹、懋戰役中我左支隊二十七師兩河口，撫邊、達維、夾金山、日隆關、巴郎山一帶戰鬥經過及其模範教訓》、《青龍場戰鬥是天蘆戰役中的模範戰例》、《天蘆戰役中追擊之模範與不追擊之失敗》、《雪山攻擊之注意》和《康、瀘、天、蘆、名、雅、邛、大戰役中戰術上應注意之點》等文。文章指出，根據敵情、我情及地形等不同條件，遇山地、隘路時，應進行山地戰、隘路戰和運動戰，而遇地形較平坦或攻取城鎮時即應改變戰術，由山地戰、隘路戰變為平地戰，街市戰，並由運動戰改為陣地戰與堡壘戰。但不管進行何種戰鬥，都必須堅持紅軍作戰中行之有效的戰術原則，即：集中兵力打敵人的弱點；機動地尋求打運動戰而不被迫硬攻堡壘，即使打城市和堡壘，也須在野戰中擊潰敵人，乘勝直追，襲取城市和堡壘須在夜間或拂曉時去攻擊。針對蔣介石派空軍空襲的情況，朱德又寫出《對防空應注意之點》一文，詳細地規定對空射擊的方法，對空觀察哨的設立，對空的隱蔽，偽裝，欺騙和空防中應遵守的紀律等等，以減少損失和樹立信心去戰勝敵人，朱德在軍事指揮上有一個顯著的特點，就是采取各種可能的方法，充分利用敵人的弱點，充分發揮自己的優勢，使敵人的損失增加到最大限度，使自己的損失減少到最小限度。他有時聲東擊西，神出鬼沒，使敵人摸不著頭腦；有時又兵不厭詐，使敵人上當受騙。他可以集中兵力以多勝少，有時也出其不意地以少勝多。這些，都說明朱德雖身處逆境，但他仍然積極地進行著提高部隊戰鬥素質的工作。
與此同時，因為張國燾長期對部隊實行家長式、軍閥的統治，朱德同徐向前等還注意進行提高四方麵軍政治素質的工作。朱德把原一方麵軍的政治工作幹部，分派到四方麵軍裏麵去，深入進行政治工作，用中央蘇區的好辦法來建設黨，建設軍隊，進行群眾工作，發揚軍事民主，廢除打罵製度。他自己也深入到廣大指戰員中間進行政治思想工作，向廣大指戰員講馬列主義，講紅軍好傳統，講蘇維埃的民主生活。由於朱德平易近人，部隊裏的夥夫、馬夫、幹部、戰士都願意同他接觸，聽他講話。他還常同大家打球，大家也同他談得來。朱德對人說：“不管怎樣，多講一點共產主義，多講一點革命道理，總是有影響和起作用的。”盡管張國燾成立了偽中央，但朱德在部隊中的威信仍然很高，他的話對四方麵軍幹部有很大的影響。
朱德對張國燾迫害知識分子幹部的行為也作了有力的鬥爭。想方設法保護一些同誌。那時，在四方麵軍造成一種工農與知識分子對立的空氣，隻要你在上衣插上一支鋼筆，戴個眼鏡，穿條製服褲，會講道理，就被當作知識分子，認為不可信任，並因此受到敵視和迫害。當時廖承誌、朱光、羅世文等被張國燾軟禁起來。朱德曾告訴康克清，要她無論如何設法找到廖承誌，把他保護好，說將來廖承誌在統一戰線工作中能起到別人不能代替的作用。對其他知識分子幹部，也要保護好，廖承誌後來對別人說，他自己是被朱德總司令保過來的，否則恐怕人頭落地了。從這件事也可以看出，朱德既善於鬥爭，又是很有政治遠見的。
這時候的張國燾，搞來搞去搞不出什麼名堂，想打出四川也打不出去，開始悲觀失望，想躲到綏靖去當土司，有些人就戲稱他為“張土司”。等到朱德和徐向前等逐步把部隊整頓好，又擊潰了川軍的十幾個旅，補充了兵源，“張土司”才又出來。這時左路軍表麵上雖然還蒙著張國燾偽中央的陰影，但內部卻在起著變化。張國燾感到西進路不好走，留在四川又蹲不下去，於是改變手法，擺出向一方麵軍幹部靠攏的姿態。
1935年12月19日拂曉，國民黨軍十幾個旅從東、北、南三麵向紅軍進攻，拉開了百丈決戰的戰幕。
據俘虜供稱：劉湘下了死命令，要川軍拚死奪回百丈，援救名山守敵，臨陣不前者，一律就地槍決。戰鬥一打響，敵人即集中強大炮火，向紅軍陣地猛烈轟擊。成批敵機盤旋上空，瘋狂施行轟炸。整營整團的敵軍，輪番向紅軍陣地猛攻。從黑竹關到百丈十多裏戰線上，處處是戰火硝煙、刀光血影，爆炸聲、槍炮聲、喊殺聲，是雙方的殊死搏鬥。