本圀寺內的鐵炮隊，更是在幕府鐵炮奉行明智光秀率領下，對進攻中的三好軍進行了毀滅性的打擊。此戰結束後，近千八百騎被討取。其中藥師寺九郎左衛門貞春，鬆山新入鬆謙，三好新左衛門，三好備中守等家中好手都折在此陣。
本圀寺久攻不下，得到將軍遇襲的近畿守護們卻已經在五日集合好了兵馬，準備進京救援。其中攝津眾（池田勝正，池田正秀，伊丹親興，荒木村重，和田惟政，山口飛驒守）被三好三人眾把守的高槻城阻擋在西國街道上，不得不轉向山名街道，繞道奔赴京都。筱原長房在計劃中為入京的三好軍擠出來的一天，就在五日一整天無效戰鬥中被浪費掉了。
到了六日，攻守之勢翻轉。繞道到達洛外的攝津眾被以逸待勞的三好政康阻擊軍擋在桂川，雙方展開激戰。由於攝津眾經過一整日的強行軍，體力消耗巨大，全軍陷入疲憊困頓中。中盤逐漸落入下風，尤其是池田軍漸漸支撐不住，陣型開始散亂。偏偏就在此時，從向日方向過來的河內三好義繼軍帶領三千兵馬趕到，三好軍再次陷入夾擊。高安權頭，入江春繼等侍大將一個個被討取。眼見戰局不利，三好三人眾不得不撤出洛外，向和泉逃離。這樣隻剩下三好康長等不到兩千人被困在洛陽城進退不得。
駐紮在東寺的細川藤孝近千人馬牢牢的把三好康長擋住，使之無法退出洛陽。但是再不想辦法逃出去，等到攝津眾整理好軍勢，那麼甕中捉鱉就是三好康長一行人的下場。三好康長知道時間不能再拖了，三好政康戰敗的消息已經傳過來，再不拚命恐怕就要有手下拿著自己的首級去獻功討賞了。
三好康長揮了一下手中采配，三好日向守領著剩下集中起來的精銳八百騎，不顧生死直直衝進細川藤孝軍中，希望憑著一股奮勇之氣打開一條逃生之路。細川藤孝不過千人之眾，哪裏經得起這樣的衝擊，很快三好日向守就為三好康長用人命鋪出一條生路，三好康長領著身邊數人，也不客套，拍馬即逃。三好日向守則留下斷後。
一直眺望著東寺形式的本圀寺，發現三好軍勢不顧命的要逃出洛陽，知道形式肯定發生了變化，在佐久間信盛和明智光秀的率領下近五百騎前來支援細川藤孝。走在最前方的正是背著葉菊家紋和三星一文字家紋的那隊人馬。
一個是一心想要逃出生天，不敢戀戰；一個是奮勇爭先，想要通過首級成就己方武名，勝負已明。擁有馬匹和上好武具的三好家武士，成為首先被攻擊的目標，往往一個人被對方的三至四人同時攻擊，毫無招架還手之力。隨著三好日向守被背著葉菊旗指物的神子田正治討取，斷後的三好軍立即崩潰，留下的近八百人全軍覆沒。三好康長在與三好三人眾彙合時，身邊隻剩下二十五騎。
八日，近江永原城。“主公，再這麼走下去，即使到了洛陽，這仗也沒法打。冬衣準備不足，許多將士已被凍傷，數人已經不行了。”得到精通醫術的鬆野平介的報告，青山長虎知道必須要做點什麼。不然等到了京都，一片殘兵敗將的樣子，恐怕更丟臉。反正三好軍三日就已經逼近洛陽，到現在已經整整過去了五天，勝敗早已分出，現在到了那裏也不過是收拾殘局罷了。
不知‘本圀寺之變’早已解除的織田信長，煩躁的用手中扇子敲打著身下的榻榻米。這個道理他何嚐不知，但是能早到一刻就早到一刻，不然心中不安呀。“就聽你話，在永原休整一日。仙千代，你去通知福富秀勝，讓他們去城下町高價收購冬衣。源七郎，你在這裏陪我喝酒。”
“嗨嗨。”青山長虎和萬見仙千代二人同時領命。
由於大雪的關係，直到十日，信長軍才趕到平安京。
這時，除了被燒毀的木造建築和倒在路邊的無頭死屍，能夠說明這裏剛剛經曆一場戰亂外，已經看不出三好家來過的痕跡了。
雖然將軍無事，可以說是不幸中的萬幸。但織田信長並未就此欣喜異常，而是深深反省起自己的過失。正是由於自己的疏忽，把將軍放到了隨時可以丟掉性命的危險境地。
在獎賞了此次有功之臣明智光秀，池田正秀等人後，織田信長頒發了兩條命令。
其一，現在將軍借助的細川屋敷，防守過於單薄，使得事變發生後，將軍不得不退守本圀寺。鑒於這種狀況，決定立刻在原烏丸中禦門第，修建堅固的將軍禦所。
其二，畿內守護將軍的軍勢過於薄弱，這是此次事變的直接原因。從和泉的家原到京都，三好軍竟然長驅直入，不論是河內守護三好義繼，還是勝龍寺城主細川藤孝，還是攝津守護竟然在數日內毫無辦法。柴田，森，阪井，蜂屋四人被再次任命駐軍山城國。