藤原秀鄉有一個後代，叫武藤資賴，因為學識很高，能力了得，受到源賴朝（日本幕府製度開創者，鐮倉幕府首任征夷大將軍）的重任，在源賴朝平定扶桑時立下大功勳。
某一年，源賴朝在九州設立了“鎮西奉行”，負責統管九州所有武士，取代以前的太宰府，但保留太宰府的官職。
武藤資賴後來進入九州，出仕第二任鎮西奉行，同時還住進了太宰府，出任“太宰少貳”之職，領有九州築前國守護職位，成為了少貳氏第一代家督，可以說是代表幕府管理九州的最高統帥。
宗家的第一代當主宗重尚，就是在少貳氏的支持下，一步步走上對馬國守護代之位的。
武藤資賴死後，他的子孫一直擔任鎮西奉行之位，而因為有著“太宰少貳”的官職，就改為少貳氏。
少貳氏最輝煌之時，也就是當年元朝兩次攻打扶桑之後，因少貳氏在抵禦蒙軍時出力頗多，戰功卓著，第三代家督少貳經資，做了西海道的築前、肥前、豐前、對馬、壹岐五國守護，權重一時。
然而好景不長，少貳經資與弟弟少貳景資不合，加上幕府官員從中作祟，少貳氏內亂。
先是少貳景資被殺，後是少貳經資兵敗自殺，少貳氏勢力大減，失去四國守護之職，隻剩下築前國守護，由少貳經資之子擔任。
而原先的鎮西奉行之位，被改為鎮西探題，其頭目也不再是少貳氏。
幾十年後，鐮倉幕府滅亡，取而代之的是由足利尊氏開創的室町幕府。
此時的少貳氏，因為曾追隨足利尊氏轉戰九州，功勞甚大，家族勢力得以複興，再次成為北九州的豪強，得數國守護之職。
然而，室町幕府在西海道設立了九州探題，類似於之前的鎮西探題，由重臣出任。
少貳氏本來想成為整個九州的霸主，可在九州探題的限製之下，屢次失敗，少貳氏與九州探題的關係就惡化了。
那一年，正是扶桑南北朝時代，南朝勢力在九州起勢，攻占了太宰府，少貳氏敗退。
為此，北朝必須派兵攻打南朝勢力。
室町幕府第三代將軍足利義滿，任命一個叫今川了俊的武將為九州探題，同時身兼多國守護，進入九州，擊退南朝勢力，奪回了太宰府。
此後，今川了俊在一個名叫水島的地方，打算集結九州本地豪強，一舉打敗南朝勢力，統一九州。
少貳氏身為九州三大豪強之一，與其他兩大豪強，即大友氏、島津氏，前來水島赴會。
結果因為少貳氏與九州探題早有積怨，加上新任九州探題今川了俊是一個強硬之人，居然暗殺了少貳氏的家督。
島津氏的家督十分憤怒，宣布脫離北朝。
大友氏的家督則是持觀望態度，停止支援今川了俊。
不過這個今川了俊很有能耐，最後還是征服了南朝勢力，結束南北朝時代，扶桑再次統一。
此後，少貳氏有三位家督做過築前國守護，但因為九州之外的豪強勢力開始涉足九州，且還入主築前國，少貳氏就再也沒有做過築前守護，在築前國的勢力完全被外來豪強壓製。
不過，少貳氏畢竟是老牌地方豪強，在北九州經營多年，就算失去築前國守護職位，仍是保有相當實力。
別的不說，單就對馬國守護宗家而言，始終把少貳氏當做“主公”，與少貳氏共進退。
再加上分散在北九州的一些豪族勢力，雖然不是守護，也不是守護代，屬於地方小勢力，但因為以前就是少貳氏的部將、家臣或得到過少貳氏的恩惠，都會聽少貳氏號令。