經過商討後，林楓決定：陳東臨任紅部部長兼醫療組組長，統領紅部。林祥任橙部部長兼任外交組組長，統領橙部。舒中新任黃部部長兼任教育組組長，統領黃部。鍾顯任綠部部長，統領綠部。郝平任青部部長兼任政治組組長，統領青部。姚軍任藍部部長，統領藍部。唐鳴為紫部部長兼任陸軍集團軍統帥，統領紫部。邱偉任五行特種隊大隊長兼任金組組長，統領五行特種隊。至於其他職位人選，除水師集團軍統帥外，將由各部推薦，名單上報林楓定奪，待以後再按照軍功升遷。
同時，林楓設立軍銜製度，采用的是林楓前世中國的軍銜製度，分三等十級。將官：上將、中將、少將；校官：大校、上校、中校、少校；尉官：上尉、中尉、少尉。
其中七部除紫部外，所有部長掛少將軍銜，組長掛大校軍銜。紫部內兩大集團軍統帥掛少將軍銜，部長掛中將軍銜，現由於唐鳴未建軍功，部長現為少將軍銜。
五行特種隊，大隊長掛少將軍銜，組長掛大校軍銜。水組的紀檢小隊是個例外，除小隊長掛大校軍銜外，其他人員不掛任何軍銜，遷調任職時，由林楓親自封銜，算是林家軍中一個非常特殊的部門。
在編製完成後，林楓在藍部和黃部成立了軍方幹部學院和行政幹部學院，將林家軍中的軍方骨幹和行政骨幹集中在一起，係統的接受學習。由唐鳴和姚軍兩人負責軍方幹部學院，教授各種兵法、謀略等一些作戰理論。林祥、舒中新和郝平三人負責行政幹部學院，教授各種管理，專業理論等一些行政方麵的知識。務必要讓他們真正成為林家軍的中堅力量。
林楓同時要求黃部教育組，每天在常規訓練結束後，教授士兵們文化知識，並且灌輸林家軍的宗旨和思想，務必提高兵員的素質和忠誠度。
另外，林楓讓橙部發動人員四出尋找各類巧匠和手工藝人才，隻要是有一技之長的都可以請回來，整理後上報林楓。因為林楓現在急需各種巧匠來為自己打造各類裝備。還有其他各部也同樣發動人員四處網絡本部所需的人才。
林楓自己和邱偉則負責五行特種隊的訓練，從現有的一萬精英中間，通過林楓嚴格測試，選出了三千精英中的精英接受林楓的親自訓練。林楓按照自己前世總結的特種部隊的經驗，結合這個時代的訓練方法，分類傳授各種技能和理論。讓林楓非常高興的是這些隊員的接收能力非常強，對反恐、間諜、暗殺、攻堅理論和各種林楓設計的特殊裝備的運用之類的知識接收非常快，果然不愧是幾萬人中選出來的精英，讓林楓完全有信心打造一個超時代的特種部隊。