“自然哲學”是黑格爾哲學體係的第二部分內容。黑格爾的自然哲學指的就是以研究邏輯理念在其外在形式——自然中的發展狀況作為研究對象的學問。黑格爾把自然的發展過程劃分為力學、物理學和有機學三個階段。在力學階段，對象是彼此外在，一切為機械性所統治。在物理學階段，自然理念建立起了內在的質的差別、對立及其相互關聯；自然界的各種物體表現出質,服從於個體性的力量，具有物理或化學的特性。在有機學階段，作為自然的理念已經發展成為主觀性、自我性的總體，達到了現實存在，即生命。
自然和自然哲學
黑格爾在這裏講的自然哲學和我們通常理解的自然哲學不是同一個概念。黑格爾認為，自然就是邏輯理念外在的表現形式，是邏輯理念自我否定的結果。黑格爾的自然哲學指的就是以研究邏輯理念在其外在形式——自然中的發展狀況作為研究對象的學問。黑格爾認為，自然是從邏輯理念外在化（或者異化）出來的，是邏輯理念自我否定的結果。自然是邏輯理念（或者絕對精神）的外在化或者異化。自然之所以被認為是外在的，並不是針對它僅僅是邏輯理念的外在而言的。黑格爾把自然的發展過程劃分為力學、物理學和有機學三個階段。
黑格爾在這裏講的自然哲學和我們通常理解的自然哲學不是同一個概念。我們通常所理解的自然哲學指的是研究具體的自然科學問題的自然哲學，而黑格爾這裏所講的自然哲學是以邏輯理念在其外在形式中的發展狀況作為研究對象的。邏輯理念的外在形式就是自然。也即：黑格爾的自然哲學指的就是以研究邏輯理念在其外在形式——自然中的發展狀況作為研究對象的學問。正如，黑格爾所說的那樣，自然科學是“研究理念的異在或外在化的科學”。
那麼，具體來講，什麼是自然呢？黑格爾又是怎樣給“自然”下定義的呢？黑格爾認為，自然就是邏輯理念外在的表現形式，是邏輯理念自我否定的結果。當然，自然並不是就是“通常我們所理解的靜態意義上”的表現邏輯理念。“自然界自在地是一個活生生的整體”、“自然必須看作是一個由各個階段組成的體係，其中，一個階段是以另一個階段的必然產生為基礎的”。黑格爾認為，作為全體的自然，它表現為一個由階段性組成的體係。一般來講，自然是一個從低級向高級不斷發展和完善的能動過程。黑格爾認為，自然的這個不斷發展和完善的過程是不斷循環的。例如，最初的自然體係其實是相當抽象的，越到後麵，越發展就越具體，這其中，每一個發展的階段是它前一個階段的保留和補充，又是它後一個階段發展和完善的基礎，自然的發展和完善就是這樣不斷循環的。當然，在黑格爾看來，自然界的這種辯證的發展和完善並不是自發的發展和完善，而是被動的發展和完善。自然界不管發展到什麼程度，不管完善成什麼狀態，它自始至終都是在作為自然界存在基礎的內在邏輯理念的支配下發展和完善的。一句話，自然界的不斷發展和完善，從實質意義上講並不是按時間順序進行的，而是按支配它發展的邏輯理念的邏輯順序進行的。這也正是黑格爾所說的，“一個階段由另一個階段來補充,這是理念的必然”,“引導各個階段向前發展的辯證的概念,是各個階段內在的東西”,“形態的變化隻屬於概念本身，因為惟有概念的變化才是發展”。黑格爾據此認為，認識自然不能隻停留在模糊不清的感性觀念上，而是要在認識自然的過程中對自然的發展和完善作辯證的考察，找到自然形態產生、發展、變化以及消亡的內在根據和具有說服力的證明。黑格爾的這個觀點具有相當重要的方法論意義，對我們今天的科學研究有重要的指導意義。
至於自然和邏輯理念的關係，黑格爾在下麵這段話中交代得非常明確：“自然是作為它在形式中的理念產生出來的。既然理念現在是作為它自身的否定的東西而存在的,或者說,它對自身是外在的，那麼，自然就並非僅僅相對於這種理念(和這種理念的主觀存在,即精神)才是外在的。相反的,外在性就構成自然的規定,在這種規定中，自然才作為自然而存在。”通過這段話，我們至少可以從以下幾個方麵來理解自然和邏輯理念的關係：
1、自然是從邏輯理念外在化（或者異化）出來的，是邏輯理念自我否定的結果。黑格爾認為，邏輯理念（即絕對精神）才是世界的本原。我們所麵對的豐富的大自然隻是邏輯理念（或者絕對精神）的派生物或者說是它們的表現形式。世界雖然是豐富多彩的，但是再繁華的世界也隻是一種空虛的表現，世界真正的本原是邏輯理念，也隻有邏輯理念（或者絕對精神）才是真正永恒的。隻有永恒的邏輯理念（或者絕對精神）才能從根本上把握自己、規定自己，甚至在自己的基礎之上建立他物，再從他物回歸自己。相比於永恒的理念或者絕對精神，物質世界（即自然）隻是一個由有限物集合而成的整體。自然表現得再豐富，也隻能從邏輯理念（或者絕對精神）的完美性來獲得自己的暫時狀態。說得形象一點，如果說邏輯理念是高高在上的上帝，那麼，自然就隻能是那些捧起雙手來祈求上帝賦予力量和正義的芸芸眾生。
2、自然是邏輯理念（或者絕對精神）的外在化或者異化。這種邏輯理念的外在化或者異化從本質上講也就是邏輯理念（或者絕對精神）的自我否定。在自然麵前，邏輯理念的存在狀態是潛在的，但是這並不影響邏輯理念的第一性。實際上，邏輯理念仍然存在於它的否定之否定中。以自然的形式存在的邏輯理念無時無刻不受到自然的束縛。在有限的自然世界，邏輯理念始終無法張揚自己的全部力量，所以它最終要衝出自然的束縛回到自己本身。所以，邏輯理念雖然會以自然的形式外在化自己，把自己表現出來，但是，邏輯理念最終還是會回到理念潛在的存在狀態。
3、自然之所以被認為是外在的，並不是針對它僅僅是邏輯理念的外在而言的。對自然本身來講，自然之所以是自然，就是因為它的“外在性”決定了它最終必然要成為自然，不可能成為潛在的邏輯理念或者絕對精神。當然，這裏的“外在性”指的是自然的“直接存在”的性質。在這樣的外在性中，邏輯理念具有互不相關的，持續存在的，互相孤立的外觀。但是對於自然本身來講，這種“外在性”僅僅表現為它的偶然性和必然性，並不表現為任何意義的自由。也正是因為如此，自然世界中的自然形態雖然可以表現為千變萬化的形態，但是從時間意義上講，自然界的形態卻永遠都是周而複始的循環，而不會產生任何新的事物。正如黑格爾所說：“隻有在精神領域裏的那些變化之中,才有新的東西發生。”
正如黑格爾所講，“一個階段由另一個階段來補充,這是理念的必然”,“引導各個階段向前發展的辯證的概念,是各個階段內在的東西”,“形態的變化隻屬於概念本身,因為惟有概念的變化才是發展”。自然是一個從低級向高級不斷發展和完善的能動過程。那麼，從邏輯理念本身來講，它為什麼要引導自然發展呢？黑格爾認為，“這是一個未經解決的矛盾”。因為，一方麵，邏輯理念是自然界的內在根據和存在基礎，是支配自然界不斷發展和完善的動力，具有一定的必然性和合理性；另一方麵，在自然界中，邏輯理念隻是潛在的（或者說，自然界就是潛在的邏輯理念），並沒有最終實現，因此，自然形態具有一定的偶然性和不合理性。從這個角度來看，潛在於自然界中的理念，是與自身的存在不相符合的一種狀態。因此，黑格爾說，自然就是邏輯理念背棄自身的結果，是邏輯理念否定自己的結果。這種在自然階段存在著的理念與理念本身是相當矛盾的。當然，能解除這種矛盾的肯定是邏輯理念本身。因為相對於被動的，軟弱無力的自然來講，邏輯理念卻是能動的，具有克服這種矛盾的能力。所以，邏輯理念的介入才最終使得自然形態一步一步打破自己的感性形態，不斷地發展進入更加完善更加合理的階段，並最終解決自然階段存在的內在矛盾，進入邏輯理念本身。這樣看來，自然界的不斷發展、不斷完善的過程實際上是一個不斷解除自身矛盾的過程。這個過程雖然是不斷循環的，但是當邏輯理念最終完全克服自身的異化和外在化達到完全統一的時候，這個過程就會結束。另外，黑格爾還認為，自然界不斷解除自身矛盾的過程（也即邏輯理念完全克服自身異化和外在化並最終統一的過程）就是一個邏輯理念從自身異化和外在化達到統一並達到意識狀態，把自己創造為“精神”的過程。
黑格爾把自然的發展過程劃分為力學、物理學和有機學三個階段。
力學
黑格爾認為，邏輯理念外化為自然的第一個自身完整的領域便是力學領域。在力學領域，對象是彼此外在、互不相關的，相互間僅僅有量的區別，一切為機械性所統治。黑格爾在力學領域主要講了三個問題：空間與時間，物質和運動以及引力係統的太陽係。時間和空間是理念異化為自然界的兩種最初的、直接的客觀形式。“運動”是黑格爾在“時間和空間”問題的基礎上進一步推演出來的一個概念。“運動”是時間和空間的統一；時間和空間隻有在“運動”中才能真正地實現自己，得到現實性。黑格爾對天體運動的考察僅僅局限於太陽係。黑格爾認為，行星運動時，行星之間的引力是吸引和排斥、向心力和離心力的統一。