薛仁貴晚年，吐蕃勢力向北發展，阻斷瓜（治今甘肅安西東南）、沙（治今甘肅敦煌），同時，突厥也不斷侵擾唐北境。這時，唐高宗念及薛仁貴功勞而召見他，之後，任用他為瓜州長史，右領擊突厥。突厥聞薛仁貴複起為將，都非常害怕，不敢當其鋒，一時奔散。薛仁貴乘勢進擊，大破突厥，斬首萬餘級，俘獲兩萬人，及牛馬羊三萬餘頭。
剛當成小兵不久，薛仁貴就憑借自己的勇猛立功了，貞觀十九年（645），唐太宗於洛陽出發出征高句麗。同年三月，在遼東安地戰場上，唐朝將領劉君邛被敵軍團團圍困，無法脫身，無人能救，在此危難時刻，薛仁貴單槍匹馬挺身而出，直取高句麗一將領人頭，將頭懸掛於馬上，敵人觀之膽寒，遂退，劉君邛被救．想一想他隻是唐軍的一個小兵，但敢為大將之事，勇氣甚佳，本領更佳，此役過後，薛禮名揚軍中。
隨後不久，薛仁貴在安市之戰中把自己的武藝發揮的淋漓盡致，憑此一戰，完全可以說他是唐朝武力第一猛將。貞觀十九年（645）四月，唐軍前鋒進抵高句麗，不斷擊敗高句麗守軍，六月，至安市，高句麗莫離支遣將高延壽、高惠真率大軍25萬依山駐紮，抗拒唐軍。唐太宗視察地形後，命諸將率軍分頭進擊。此戰薛仁貴可能是要把握機會出名，於是身著奇裝異服，與其他士兵不一樣的白衣，手持方天畫戟（曆史明確記載，他才是使用方天畫戟這種武器的名將）腰挎兩張弓，單騎衝陣，一個人殺入敵人25萬大軍的陣勢裏麵，打的敵人是陣型混亂而無法戰，高延壽、高惠真屢次想重新組織隊列殺起來，可是被薛仁貴衝殺的七零八落，唐軍大舉跟進，高句麗軍大敗。戰時，李世民在遠遠的地方已經望見那個白袍小將在人山人海中精彩搏殺，非常驚訝，接著就是驚喜，於是戰後，李世民立即召見還隻是小兵的薛仁貴，賜馬二匹，絹40匹，生口10人為奴，並提拔為遊擊將軍、雲泉府果毅，一個身無任何官職的小兵被皇帝親自召見，可見實力非同小可。
後來唐軍被困在安市城，江夏王李道宗獻策派兵偷襲平壤，以調虎離山之計將安市城敵軍引向平壤一線，以攻取安市城。因為皇帝在軍中，長孫無忌極力勸阻，恐皇帝安危，不敢偷襲平壤，未成。加之李績大放厥詞，破城之日，屠殺城內軍民百姓，以至於守城將士更加齊心合力，此後久攻不克，後值冬天大雪，糧草不濟，隧撤退。途中，李世民對薛仁貴說了這樣的一番話：“朕舊將並老，不堪受閫外之寄，每欲抽擢驍雄，莫如卿者。朕不喜得遼東，喜得卿也。”意思是我的將領們都老了，現在遇到戰事已經不堪忍受這種重負了，我想挑選年輕能幹的將軍，沒有比得過你的了，這次征伐，就算得到遼東也不是我高興的，最高興的是能得到你這樣的一個人才。”太宗“朕不喜得遼東，喜得卿也。”幾乎成了名言．拿盡遼東大地，百萬領土來評價薛仁貴，可以看出他的能力．又提升為右領軍中郎將。
當然，回到中原以後，薛仁貴被委以重任，統領宮廷禁衛軍被派駐紮玄武門，宮廷禁衛軍雖不是職位特別高的官，但那是守衛皇帝的安全工作，是很拉風，很酷，而且很重要的職位，一個農民出身的士兵而且沒有任何家庭背景和人際關係的人，可以被皇帝這樣信任，足可見其忠義與實力，加上那是唐太宗得天下的門，也能看出意義非凡，這個“守天下之門”日後他也做到了。就這樣沒什麼戰事，薛仁貴守了12年半的玄武門，途中千古一帝唐太宗也去世了，縱觀薛仁貴起家，是唐太宗親自發現了這塊埋在土裏的金子，但是真正給了他叱吒風雲的軍事舞台的人是唐太宗的兒子，雄韜大略的唐高宗。唐高宗永徽五年（654），閏五月初三夜，天降大雨，山洪暴發。水衝至玄武門，保護皇帝的人大多都已逃命去了，薛仁貴很憤怒，說：“安有天子有急，輒敢懼死？”然後薛仁貴冒死登門框向皇宮大呼以救高宗。高宗感其恩，說：“賴得卿呼，方免淪溺，始知有忠臣也。”多虧靠了你，我才沒有被水溺死，我才知道這世上有忠臣啊。並特賜禦馬一匹。根據記載，這次山洪附近死了幾千人。幸好薛仁貴在，否則中國曆史可能就該改變了。唐高宗非常感謝薛仁貴，以至於日後多次提起這事，這件功勞也許大家認為不是什麼開疆擴土的大功，但是皇帝認為這功很大，畢竟是救了自己一命，從此薛仁貴的人生上了一個新台階。