郕王暫代皇帝出朝，廷臣們請求將王振滅門九族。而王振的黨羽叫馬順的，便出來斥責言官。於是給事中王囗在明廷上打馬順，大家都跟著他。朝上秩序大亂，衛卒聲勢洶洶。郕王害怕得要起來走開，於謙推開眾人走上前去扶住郕王不要起來，而且告訴郕王宣諭說：“馬順等有罪該死，不予追究。”大家才安定下來。於謙的袍袖因此全部撕裂。退出左腋門，吏部尚書王直握著於謙的手歎道：“國家正在倚賴你呢，今天雖然一百個工直又有什麼作用！”當時，上下的人都依賴重視於謙，於謙亦毅然把國家的安危視為自己的責任。
當初，大臣擔憂國家沒有君主，太子年幼，敵寇將至，請皇太後立郕王為皇帝。郕王一再害怕地推辭。於謙大聲說：“我們完全是為國家考慮，不是為個人打算。”郕王於是受命。九月，郕王即帝位為景帝，於謙進去回答問話，情緒激昂地哭著說：“敵寇得意，留住了皇上。必然輕視中國，長驅南下。請命令各邊境的守臣竭力防守遏製。京營士兵的器械快要用完了，需要馬上分道招募民兵，令工部製造器械盔甲。派遣都督孫鏜、衛穎、張輒、張儀、雷通分兵據守九門重要的地方，軍隊駐紮在外城的外麵。都禦史楊善。給事中王囗亦參與這些事，遷徙外城附近的居民進入城內。儲存在通州的糧食，令官軍自己去支領，用裝足的米作為代價，不把糧食留給敵人。文臣像軒倪這樣的人，應該用為巡撫。武臣像石亨、楊洪、柳博這樣的，應該用為將帥。至於軍隊裏麵的事情，我自己承擔，沒有成效就判我的罪。”對他的意見，皇帝全都認真地接納了。
十月，敕令於謙提督各營軍馬。而也先挾持著上皇（英宗）攻破紫荊關直入，進窺京師。石亨建議收兵固守使敵兵勞累衰竭。於謙不同意，說：“為什麼向他示弱，使敵人更加輕視我。”馬上分別調遣諸將帶領二十二萬兵士，在九門外擺開陣勢：都督陶瑾在安定門，廣寧伯劉安東直門，武進伯朱瑛朝陽門，都督劉聚西直門，鎮遠侯顧興祖阜成門，都指揮李端正陽門，都督劉得新崇文門，都指揮湯蘆宣城門，而於謙自己和石亨率領副總兵範廣、武興在德勝門外列陣，抵擋也先。把兵部的事交給了侍郎吳寧，把各城門全部關閉，自己親自督戰。下令：臨陣將領不顧部隊先行退卻的，斬將領。軍士不顧將領先退卻的，後隊斬前隊。於是將士知道必定要死戰，都聽命令。副總兵高禮、毛福壽在彰義門北麵抵擋敵人，俘虜了一個頭目。皇帝高興，令於謙選精兵聚集在教場，以便調動；再命太監興安、李永昌同於謙一起管理軍務。
當初，也先部隊深入，以為早晚就可以攻下京城，及至見到明朝官軍嚴陣以待，有些喪氣。叛變了的宦官喜寧教唆也先邀明朝大臣迎接上皇，索取黃金和絲織品以萬萬計；又邀於謙及王直、胡氵熒等出城談判。皇帝不準許。也先更加沮喪。庚申，也先部隊窺伺德勝門。於謙令石亨在空屋裏設下埋伏，派幾個騎兵引誘敵人。敵人用一萬騎兵逼近，副總兵範廣發射火藥武器，伏兵一齊起來迎擊。也先的弟弟孛羅，平彰卯那孩被炮打死，也先部隊轉移到西直門，都督孫鏜抵禦他，石亨亦分了部分兵力來到，敵寇撤退。副總兵武興在彰義門攻打敵軍，和都督王敬一起挫敗了也先的前鋒。敵軍正要退卻，而幾百個騎著馬的宦官想爭功，衝馬爭著向前。陣腳亂了，武興被亂發的箭射死。寇兵趕到土城，居民爬以屋頂，呼喊著用磚石投擲敵人，喧聲震天。王囗和福壽的援兵趕到，敵軍於是撤退。相持了五天，也先的邀請沒人理他，作戰又失利，知道不可能達到目的，又聽說各地勤工的部隊馬上要開到，恐怕截斷了他的歸路，於是擁著上皇由良鄉向西去。於謙調各將領追擊，到居庸關才回來。評功，加於謙少保、總督軍務。於謙說：“四郊多保壘，是卿大夫的恥辱，怎麼敢求取賞賜功勞呢！”堅決推辭，皇帝不準。於是增兵守真定、保定、涿州、易州等府州，請求用大臣鎮守山西，防止敵寇南侵。
景泰元年三月，總兵朱謙奏稱敵兵三萬圍攻萬全，敕令範廣擔任總兵官抵禦他：不久，敵寇退，於謙請求即駐兵居庸關，敵寇來則出關剿殺，敵寇退則回京師駐守。大同參將許貴奏北麵有三個人到鎮上，想朝廷派使者講和。於謙說：“以前派指揮季鋒、嶽謙前往講和，而也先跟著入寇。接著派通政王複、少卿趙榮，見不到上皇就回來了。顯然，不能依靠和談。況者我和他的仇不共戴天，從道理上來說也絕不可以講和。萬一和了他要滿足無窮無盡的要求，答應則給我們造成很大的困難，不答應又會發生變亂，這形勢也不能講和。許貴是武臣，而這樣恐懼畏縮，怎能敵愾同仇，按法律該處死。”發出文書嚴厲譴責他。從此邊境的將領人人都主張堅守作戰，沒有敢說講和的。