秋，奉命暫署東台縣令。與鄧顯鶴複信，對於鄧以魏源未入史館為歉之事，認為今日翰苑人才隻以蠅頭小楷、俳體八韻為報國之事，不如出任州縣官，為人民辦些實事為好。
道光二十六年（1846丙午）五十三歲在江蘇東台縣，為前任縣令賠墊銀四千兩，全家數十口，生活發生困難。有感於江南錢漕弊病，作《錢漕更弊議》。
母親陳氏病逝，去官守製。第三次修訂《聖武記》。向江蘇巡撫陸建瀛建議，江蘇漕弊非實行海運不能補救。請將蘇、鬆、常、鎮、太倉、江寧五府一州漕糧，以海船運輸。兩江總督壁昌與陸建瀛奏行之。
三孫恒生。
道光二十七年（1847丁未）五十四歲在揚州守製。應梁章钜之邀，與嚴保庸、吳廷颺等宴聚。增補《海國圖誌》為六十卷本。
從揚州出發，由南京溯江而上，經洞庭，入湘水；又溯湘水而上，入瀟湘，遊九嶷，抵桂林，順西江到達澳門、香港，然後從廣州北上，過衡山至江西，回到江蘇遊蘇州諸勝，作平生難得“半年往返八千裏”之南遊。至澳門、香港購得地圖、書籍以補充《海國圖誌》，又作《澳門花園聽夷女洋琴歌》、《香港島觀海市歌》。在廣州，訪張維屏於聽鬆園，討論詩文數日，與陳澧討論《禹貢》及《海國圖誌》。歸途作《楚粵歸舟紀遊》詩等。
壁昌應召入京，李星沅自雲貴調任兩江總督，林則徐任雲貴總督。
道光二十八年（1848戊申）五十五歲遷葬父邦魯於江蘇上元縣蛾眉嶺，葬母陳氏於句容縣龍潭蓮山。至宜興縣遷葬父骨時，與萬貢璆會晤，為其所著《祝英台近山房詩詞鈔》隸書作序。
與蔣南湘一道再遊廬山，作《廬山雜詠》。在江西南昌與“病足家居”的黃爵滋及銘嶽、蔡逸等聚會，論當世詩人，分為九等，黃爵滋作詩贈別。遊雁蕩山，為梁章钜作《雁蕩詩話序》。
楊以增任江南河道總督。耆英任大學士。
賀長齡卒。
道光二十九年（1849己酉）五十六歲在揚州，編成《小學古經》並作序。至鎮江與陸嵩會晤，陸嵩贈詩雲“魏公本是老經師，往日聲名四海知”。
權知揚州府興化縣事。適遇大風雨，與河道總督楊以增抗爭，帶領兵民搶護河堤，使早稻豐收，當地人民稱之為“魏公稻”。在興化修建學宮、書院、育嬰堂等。《江南吟》組詩約作於此時。
兩江總督李星沅病免，陸建瀛繼任。林則徐因病東歸。
道光三十年（1850庚戌）五十七歲調離興化，作《將去興化登城北拱極台》詩。在江蘇佐兩江總督陸建瀛整治兩淮鹽法，兼任海州分司運判。以淮北鹽課倍增，用以補足淮南缺額。又籌銀二十餘萬兩，為高郵、寶應西堤歲修之費。清政府以魏源在淮北成績顯著，調任高郵州知州，仍兼海州分司運判。
《聖武記》舶入日本的第六年，在日本公開出售之第四年，《聖武記采要》、《他山之石》等摘要本和翻印本爭相購讀。
道光帝旻寧病死，奕詝繼位，明年改元鹹豐。
洪秀全在廣西桂平縣金田起事。清政府命林則徐為欽差大臣往廣西剿“賊”，林則徐病逝於潮州行館。李星沅任欽差大臣前往廣西。周天爵任廣西巡撫。
軍機大臣、大學士穆彰阿因“柔佞竊位，傾排異己”革職。耆英“無恥無能”，降員外郎。賽尚阿任協辦大學士。
鹹豐元年（1851辛亥）五十八歲任江蘇高郵州知州。因前年在興化防堤積勞，患黃疸病。仍關注下河治理，與包世臣《問治河之法》書。公餘之暇，整理《說文儗雅》、《蒙雅》等舊稿。《偶然吟十八章呈婺源董小槎，為和師感興詩而作》約成於此時。
《海國圖誌》首次舶入日本，此後逐年增多，並和刻翻印，與《聖武記》一起影響日本，促成“明治維新”。
太平軍入永安州城，建號太平天國，洪秀全稱天王。清廷命賽尚阿為欽差大臣，督師湖南，又至廣西接辦軍務。周天爵在廣西專辦軍務。
鹹豐二年（1852壬子）五十九歲在高郵州任所。於高郵湖挑築大堆，栽植榆柳，以為湖船避風之用。將文遊台改建書院。
讀陳起書詩集《撼山草堂遺稿》後，與陳起書寫信，認為“詩以言誌，取達性情為上，擬古太多，則蹈明七子習氣”，對於山水、鄉俗、年成、時事等均應吟詠，以備采風者之用。
鄒漢勳應禮部試後來訪，共撰《堯典釋天》。鄒漢勳為繪製天象諸圖，又共商訂《遼史稿》。鄒漢勳將《遼史稿》及魏源其他未刻著作帶回湖南，後遭焚毀。
陳澧自北京會試歸，路過高郵，將魏源所著《禹貢說》帶回廣東。
第三次修訂《海國圖誌》，增補為一百卷並撰《後敘》。
四孫繇生。
太平軍自永安突圍，入湖南，又入湖北。以賽尚阿貽誤軍機，褫職逮問，命在籍侍郎曾國藩督辦團練。周天爵任安徽巡撫。
鹹豐三年（1853癸醜）六十歲在高郵。太平軍攻下揚州，高郵戒嚴。魏源擒斬犯有強奸、擄掠等罪的潰逃官兵百餘人，又擒斬“侉匪”四十餘人。在高郵發倉賑貧，民心稍安。
南河總督楊以增督辦江北防剿事宜，奏劾魏源於江南文報，並不繞道送達，實屬玩視軍務，著即革職。
周天爵署安徽巡撫，請調魏源至軍營聽候差遣。不久，周天爵病逝於潁州，袁甲三接辦“剿匪”事宜，魏源辭歸興化。後雖“以剿辦安徽潁州府‘撚匪’出力”而官複知州，但已無心仕宦。
《元史新編》纂成，作《擬進呈元史新編表》。
太平軍攻下江寧，改稱天京，頒布《天朝田畝製度》；又攻下鎮江、揚州。洪秀全命李開芳、林鳳翔、吉文元北伐。小刀會劉麗川在上海起事。兩江總督陸建瀛褫職逮問，怡良繼任。
鹹豐四年（1854甲寅）六十一歲與陳廷經會晤於蘇州，整理舊稿擴充成《詩比興箋》並撰序，署陳沆名刊印。作《簡學齋詩集序》和《太上感應篇序》。
研究佛教經典，篤信佛教，會譯《無量壽經》，初成《淨土四經》。
五孫虎生（殤）。
太平軍分兵入湖南。曾國藩傳檄，攻擊太平天國，湘軍成為太平軍勁敵。
鹹豐五年（1855乙卯）六十二歲整理《書古微》成十二卷並作序。重訂《詩古微》為二十卷並手書識語，《詩古微》最後完成。
黃河在河南銅瓦廂決口，東北流入大清河，經山東利津入海，自此改道。魏源於《籌河篇》中曾言及此，認為“人力縱不改，河亦必自改之”。果如所言，人始服其遠見。
將《與曲阜孔繡山孝廉書》改為奏折，交與通政使嚴正基轉奏。
清軍攻破上海縣城，劉麗川戰死。僧格林沁攻下連鎮，李開芳、林鳳翔戰死，太平軍北伐失敗。
鹹豐六年（1856丙辰）六十三歲在高郵。病中錄《淨土四經》及所作各敘寄與友人周詒樸，囑托刊刻流布。遊杭州，暫住僧舍，“閉目澄心，危坐如山，客至亦不納。即門生至戚，接二三語，便寂對若忘”。
在杭州，擬將《元史新編》托由浙江巡撫何桂清奏進，未果。
太平軍攻下金陵大營，欽差大臣向榮卒於軍。天京內訌，翼王石達開出走。
鹹豐七年（1857丁巳）六十四歲三月初一日，魏源病逝於杭州僧舍。以生平喜愛西湖，遂葬於南屏山之方家峪。
江蘇興化、高郵等地士民，為懷念魏源政績，建祠紀念。鹹豐八年五月，兵部侍郎王茂蔭奏請將《海國圖誌》重印，以求禦夷之法。
英法聯軍攻陷廣州，第二次鴉片戰爭爆發。