魏源這次對佛經的研究和整理，下功夫最多的當是會譯重編了《無量壽經》。他認為《雲棲法彙》所刊《無量壽經》譯本不好，致使佛寺至今不列於日課，這是淨土宗的極大遺憾。因此，他根據後漢支婁迦讖譯《無量清淨平等覺經》、吳支謙譯《阿彌陀三耶三佛薩樓佛檀過度人道經》、曹魏康僧鎧譯《無量壽經》、唐菩提流誌譯《無量壽如來會》各二卷及宋法賢譯《大乘無量壽莊嚴經》三卷等五種原譯重新編輯成一部新的《無量壽經》，自認為“無一字不有來曆，庶幾補雲棲之缺憾，為法門之善本矣”。然後又將曆代大藏經均收錄的《觀無量壽佛經》、《阿彌陀經》、《普賢行願品》等三種依照原譯錄出，與會譯的《無量壽經》一起彙編成《淨土四經》。為了闡述自己的編輯意圖和對四經研究的佛學觀點，他還分別撰寫了《淨土四經總敘》、《無量壽經會譯敘》、《觀無量壽佛經敘》、《阿彌陀經敘》及附記、《普賢行願品敘》及附記等，並在文末署上“菩薩戒弟子魏承貫”的法號。
據《淨土四經總敘》，知編成《淨土四經》的草稿在鹹豐四年。但老病多艱的魏源，已無力印行此書，故想托付早年即相識的老友周詒樸刊布。周詒樸，字子堅，湖南湘潭人，係江蘇學政周係英之子、兩江總督陶澍之婿，曾任兩淮鹽運使司海州分司板浦場鹽大使、廣東鹽庫大使等職。此人不僅經濟上比魏源寬裕，而且“性篤雅，深明佛意。蓄內典千卷，日以淨業為事。嚐與龔舫、趙煦諸居士相往還。棲心淨土”，是一位淨土宗的忠實信徒。於是延至鹹豐六年春，魏源才將自己病中手錄的《淨土四經》及序記等書稿和書信一起自高郵寄給周詒樸，在信中囑咐他“若能刊刻流布，利益非小，子其力行毋怠”。因“底本為默深病中所錄，頗有魚豕之訛”，周詒樸用了兩年的時間，“屢刻屢改，兩易寒暑，始克竣事”。這就是《淨土四經》的首刊本——鹹豐八年（1858）周詒樸刻本。
但首刊本今已未見傳世者。同治五年（1866），清末著名居士楊文會在南京創辦“金陵刻經處”，他為所刊第一部佛經《淨土四經》撰寫了《重刊淨土四經跋》，《跋》後特別說明“原本湘潭信士周詒樸偕室佘氏捐資敬刊”。據此可知金陵刻本所用的底本，就是周詒樸的原刻本。
楊文會在《重刊淨土四經跋》中說：“此本為邵陽魏公默深所輯。魏公經世之學，人所共知。而不知其本源心地，淨業圓成，乃由體以起用也。世緣將盡，心切利人，遂取《無量壽經》，參會數譯，刪繁就簡，訂為善本。複以《十六觀經》及《阿彌陀經》、《普賢行願品》，合為一集，名曰《淨土四經》。使世之習淨業者，但受此本，無不具足。”可見魏源出世入佛後，“世緣將盡”，仍念念不忘拯救苦難眾生的一片苦心。隻可惜他這種采用宗教辦法引導人們尋求精神上的解脫，仍然不能實現他救苦難民眾出水火的心願，或許比他經世時為人民做些有益的實政，更無濟於世、無濟於民生。這就是悲劇時代給魏源帶來的悲劇結果。
四、《尚書》古微寂逝杭州
在鹹豐三年（1853）至鹹豐五年（1855）間，太平天國的領袖們因全力注視於北征、西征而無力東進，因此，太平軍兵力不能過鎮江以東，而使江蘇的高郵、興化一帶顯得相對的安寧。魏源雖於鹹豐二年移家屬僑居興化，但他自己卻大多數時間仍在高郵，並來往於興化、蘇州和高郵之間，故其著作《元史新編》“鹹豐三年七月序於高郵州”，《詩比興箋》於鹹豐四年序於蘇州，《書古微》“鹹豐五年正月敘於高郵州”，乃至鹹豐六年春還在高郵手錄《淨土四經》並序。因其兒子魏耆一直居住在南京“小卷阿”，故其間魏源也曾往探視，其自注作於鹹豐四年的《江頭月》詩，寫的就是他當時在南京城的所見所感。
《書古微》是魏源繼治《詩古微》二十卷之後，又一部重要的經學著作，其目的就是為了“發明西漢《尚書》今古文之微言大誼，而辟東漢馬、鄭古文之鑿空無師傳也”。此書雖著成時間並作序為鹹豐五年正月，但魏源對《尚書》的重視和研究卻由來已久。據劉逢祿約作於道光四年的《詩古微序》說：“邵陽魏君默深治經好求微言大義，由董子書以信《公羊春秋》，由《春秋》以信西漢今文家法，既為《董子春秋述例》，以闡董、胡之遺緒，又於《書》則專申《史記》、《伏生大傳》及《漢書》所載歐陽、夏侯、劉向遺說以難馬、鄭。”可見當時魏源已有相關於《尚書》的著作，隻是未明確已開始作《書古微》。但在他作於道光十年的《兩漢經師今古文家法考敘》中，則明言“予據《大傳》殘編，加以《史記》《漢書》諸子所征引，共成《書古微》”。可見道光十年已有了類似《詩古微》二卷本似的《書古微》初稿，隻是最後的定本完成於鹹豐五年。
《書古微》共十二卷，南京博物院藏有此書的稿本兩套，一套係魏源手跡，一套為抄本，均裝為四冊。稿本係魏源曾孫女魏韜於1971年所贈，稿本後有“同治六年正月戴望複校”等字，下蓋“子高”圓印，同時署有“戊寅正月孫男繇恭校五日乃畢”字樣。戊寅正月即光緒四年（1878）正月，可見此稿本就是光緒四年八月淮南書局《書古微》刻本的底本。
魏源在《書古微序》中開宗明義地揭示了自己著書的目的，就是要分析兩漢《尚書》學的異同，一方麵發明西漢《尚書》今古文的微言大義，一方麵要辟除東漢以馬融、鄭玄為主的古文經學流派。為此，他首先敘述了西漢今古文《尚書》的形成過程，並認為二者大同小異，本為一家：“自伏生得《尚書》二十九篇於屋壁，而歐陽、夏侯傳之，後人謂之《今文尚書》。孔安國複得《古文尚書》四十五篇於孔壁，校伏生本多佚書十六篇。而安國從歐陽生受業，嚐以今文讀古文，又以古文考今文。司馬遷亦嚐從安國問故。是西漢今古文本即一家，小同小異，不過什一，初非判然二家。其稱伏生所授，但謂之歐陽、夏侯《尚書》，從無稱為今文者也。”然後他又從東漢《古文尚書》的傳承上深入闡述，認為馬、鄭所傳源自於杜林的漆書《古文尚書》，並非孔安國本，不足采信；而“國朝諸儒知攻東晉晚出古文之偽，遂以馬、鄭本為真孔安國本，以馬、鄭說為真孔安國說，而不知馬牛冰炭之不可入”。進而魏源從五個方麵舉證說明杜林漆書本之“不可信”和馬、鄭之說之“鑿空無師傳”。
在《書古微例言》中，魏源不僅再次申述應廢黜偽古文十六篇並盡黜馬、鄭之說的主張，且建議當朝科舉考試中應廢止從偽古文《尚書》中出題，而專將西漢今古文《尚書》立於學宮。他說：“夫《毛傳》尚可與三家《詩》並存，若偽古文之臆造經傳，上誣三代，下欺千載……實證鑿然，便當黜之學校，不許以晚出十六篇出題考試，不許文章稱引，且毀偽《孔傳》、偽《孔疏》，別頒新傳、新疏，而後不至於惑世誣民。至馬、鄭傳注之故背今文、臆造古文說者，亦不足以相代，則欲立學宮，舍西漢今文家專門之學，其將誰歸？”這是魏源辯論學術、崇尚今文經學往往要深明現實功利，即論學必以通經致用為主旨的一貫誌趣。
為了達到自己辯析兩漢《尚書》學之異同的目的，魏源在《書古微》的撰著中，從四個方麵下了功夫。其序文自雲：“予既成《詩古微》二十二卷，複致力於《尚書》，墜緒茫茫，旁搜遠紹，其得於經者凡四大端：一曰補亡。謂補《舜典》、補《九共》而並補《湯誥》，又補《泰誓》三篇、《武成》二篇、《牧誓》下篇以及《度邑》、《作雒》為《周誥》之佚篇。二曰正訛……三曰稽地。如考禹河而知有千年不決之瀆；稽江漢而知下遊有三江分流入海之口……四曰象天。知黃道極為維鬥之極，旋繞乎北極，周建乎四時，終古無歲差……於是天文地理，皆定位於高高下下之中，孔思周情，各呈露於噩噩渾渾之際。”
補亡、正訛、稽地、象天四項，可說是《書古微》一書的主要內容，其中大多與考證密切相關。如他在卷四、卷五中，對與《禹貢》相關的山川地理的考察，篇幅占全書的六分之一，既見其對古代地理投注心力之大，又可見其治《尚書》“必崇西漢今古文家法”的學術趨向。他認為“《禹貢》今文家言備於班固之《地理誌》，《禹貢》古文家言備於桑欽之《水經》。據是二書以釋是經，旁參漢碑終南、惇物之義”，則西漢今文與古文師說皆可得而參之。
除了重考證和崇西漢今古文家法的學術趨向之外，相對而言，魏源原先在《詩古微》中一再倡導的董仲舒的“三統”說，在《書古微》中的份量顯然輕了許多，取而代之的，是他對時勢變局整體的觀察和看法。他在《書古微》中以曆代刑罰的變革為切入點，論述其中的轉變乃勢之所趨：“聖人欲廢肉刑，先漢文而發其端也。劓、刖、椓、黥等五虐之刑，始於蚩尤之世，九黎之苗……春秋之世，踴貴屨賤，不讀穆王《甫刑》之書，孰知為三苗之製哉？夫子錄之於《書》，則知聖人用世，肉刑必當變。匪直此也，《春秋》譏世卿，惡其以貴族妨賢路，則知選舉必當變；《春秋》合伯、子、男為一等，使國無過大過小，以杜兼並，則知封建必當變……秦起戎翟，以並天下，則知天下大勢所趨，聖人即不變之，封建亦必當自變。”
不僅刑罰、選舉、封建等製度要隨著時勢變換而變，而且王道變霸道、道德變功利，同樣屬於運會所趨，聖人也無法操控，而隻能聽其自變：“惟王變而霸，道德變而功利，此運會所趨，即祖宗亦不能聽其不自變。”魏源在鹹豐三年完成的《元史新編》中，曾借元亡以為清之鑒，暗示他已意識到家國存亡的危機感，但那時論時勢尚有其循環之理的“三統”說；而到此鹹豐五年的《書古微》，則對於“自變”是否有規律可循，他全然沒有交代。可見魏源越到晚年越對時勢的變化感到無奈，同時對原先所認知的曆史循環論有了某種程度的質疑。這正好說明，魏源最終皈依佛門，也是出於不得不聽任時勢自變的個人選擇。
然而，魏源對於經世的理想始終是執著的。鹹豐五年還將舊稿《與曲阜孔繡山孝廉書》改為奏折，交與通政使嚴正基轉奏，希望朝廷能改正孔林三碑、分流泗水、改行宮為書院。這些看似瑣細之事，魏源卻認為關係著國家的文治之隆，對日後的人才培養和儒學精神都非常重要，絕不可等閑視之。鹹豐六年又擬將《元史新編》由浙江巡撫何桂清奏進，希望能引起朝廷重視。這兩件事雖然都沒有成功，但由此可見，魏源臨終前仍替國家、社會大局著想的經世之心是至死不渝的。
鹹豐五年（1855）六月，黃河在河南銅瓦廂決口，東北流入大清河，經山東利津入海，自此改道。魏源一向主張治河應順著“地勢、水性”導黃北流，其《籌河篇》尤言之切切，認為黃河北決“趨大清河入海”，是天然河槽，“人力縱不改，河亦必自改之”。然而，如此人力預改之上策，卻不能被清朝當政者采納，恰如魏源預言之“一人倡議，眾人側目，未興天下之大利，而身先犯天下之大忌”。時隔14年，黃河北決改道走大清河，果如魏源所料，其驚人的洞察力和高度的科學預見性，不得不令世人欽佩。故《清史稿》曰：“源兀傲有大略，熟於朝章國故，論古今成敗利病，學術流別，馳騁往複，四座皆屈。嚐謂河宜改複北行故道，至鹹豐五年銅瓦廂決口，河果北流。”
鹹豐六年（1856）上半年，太平軍相繼擊破清軍的江北大營和江南大營，魏源已無法在高郵一帶呆下去，遂於初秋來到杭州，暫住僧舍，開始避世潛修。但其間也曾應金安清之邀，在西湖乘畫舫遊覽，舉行湖舫延秋會。參加者有魏源、孫子和、金安清和何紹基、何紹祺兄弟等人，各攜金石書畫到畫舫上共同鑒賞，事後金安清還請戴熙繪圖紀念。金安清，字眉生，號儻齋，浙江嘉善人。鹹豐初，佐周天爵辦糧台，曾與魏源同官相識，後官湖北督糧道。他明習掌故，對鹽漕、河務較為熟悉，且工詩，著有《六幸翁文稿》、《偶園詩稿》等。戴熙，字醇士，號鹿床，浙江錢塘人，道光十二年進士，官至兵部右侍郎，詩書畫並有名於時，尤以畫入神品，著有《畫絮》。當時戴熙因病以三品頂戴在家休致，雖以腹疾未與延秋會，但事後作畫紀事當非他莫屬。據何紹基作於鹹豐八年的《題金眉生觀察湖舫延秋圖》回憶，此次約會的情緒都不太好，“各有秋懷無可說，蒼茫齊化作煙雲”；到此作詩紀念之時，更是“孤桐為撫絕餘弦，魏子孫郎已渺然”，魏源、孫子和均已作古，而何紹基“方訂默深遺集”。
當時何紹基之弟何紹祺，已由江蘇同知調浙江，補台州知府，後升道員。他與魏源是少年交，在杭州常相過從。還有浙江歸安陸心源（字剛父），也曾到杭州武林旅舍拜訪魏源，“時先生方患病，委頓甚，而四方之誌未衰”，可見魏源病中還曾與陸心源談論天下大事。陸心源“出所作《藏言》就正，先生擊節歎賞，比之賈誼、崔寔，以後起相推許”；魏源則拿出自己的文集，要陸心源作序。陸心源《魏刺史文集序》曰：“餘年十五六，即聞當代賢豪魁傑之士，首推邵陽魏默深先生。後得先生所著《詩古微》、《聖武記》、《海國圖誌》讀之，益信先生之學，實事求是，可以傳，可以行，餘益心儀其為人。”可見陸心源對魏源之學問與為人敬仰之至。
魏源“生平寡言笑，鮮嗜欲”，至此避世潛修，則更是“閉目澄心，危坐如山，客至亦不納。即門生至戚，接二三語，便寂對若忘”。此時的心境正如他在《偶拈》詩中所雲：“掃地焚香坐，心與香俱灰。沉沉寥寂中，冥冥花雨來。”心如灰死，加上自己已經患病，精力不濟，耳朵的聽力也不行了，更不願與人深談。當時浙江仁和譚獻剛過20歲，與江西宜春袁鳳桐（號蓮伯）一起慕名來見魏源，魏源便是“病聾不能深談”。