據筆者逐卷考察和對比五十卷本、六十卷本、百卷本的引書情況，知這次修訂增補文獻資料的主要來源是四部書。一為葡萄牙人瑪吉士的《地理備考》。瑪吉士是久居澳門的葡萄牙馬葵士家族一員，初在澳門任葡萄牙當局的翻譯，道光二十七年後為法國駐華公使館翻譯。《地理備考》是他的重要著作，全名為《新釋地理備考全書》。魏源很推崇《地理備考》一書，在《後敘》中稱：“近惟得布路（葡萄牙）國人瑪吉士之《地理備考》，與美裏哥人高理文之《合省國誌》，皆以彼國文人留心丘索、綱舉目張。而《地理備考》之《歐羅巴洲總記》上下二篇，尤為雄偉，直可擴萬古之心胸。”因此，這次修訂時魏源引錄《地理備考》90餘處，約12萬字，為全書引文之最。此外，卷七十六還全錄了瑪吉士的《地理備考敘》和《地球總論》，卷九十六至卷九十九全錄了瑪吉士的《地球天文合論》，分作一、二、三、四等四論四卷。
二是《外國史略》。魏源稱此書為馬禮遜所著，但英國傳教士馬禮遜於道光十四年（1834）死於廣州，而《外國史略》一書中至少有30處寫到道光十五年到道光二十七年的事情。因而據考證，該書的作者應是馬禮遜的二兒子馬理生所著。百卷本《海國圖誌》引錄《外國史略》59處。
三是《地球圖說》。魏源注明此書作者是“英人禕理哲”，據熊月之考證，禕理哲應為美國長老會傳教士，並不是英國人。《地球圖說》是禕理哲第一部中文著作，道光二十八年（1848）由寧波華花聖經書房出版。這是一部關於世界地理的簡明讀物，圖文結合，扼要可讀，魏源引錄此書34處。
四是中國人徐繼畬編著的《瀛環誌略》。此書十卷，於道光二十八年十二月刊行。作者撮錄中外有關著作，對各國風土人情、史地沿革及社會變遷均有論述。魏源這次增補《海國圖誌》，輯錄《瀛環誌略》30處。
此外，這次增補的附錄資料很多，如：六十卷本的《夷情備采》僅上下兩卷，百卷本增為三卷；六十卷本關於仿造戰船、洋炮、西洋器藝之類為卷五十三至卷六十凡八卷，百卷本增加奏疏和瑪吉士的《地球天文合論》等擴充到十七卷。
這次修訂還有一個顯著的特點，則是魏源用自己在廣州、香港買到的地圖冊，增加了一些新圖，換去了部分舊圖。這正如他在《後敘》中所說：“又舊圖止有正麵背麵二總圖，而未能各國皆有，無以愜左圖右史之願，今則用廣東香港冊頁之圖，每圖一國，山水城邑，鉤勒位置，開方裏差，距極度數，不爽毫發。於是從古不通中國之地，披其山川，如閱《一統誌》之圖；覽其風土，如讀中國十七省之誌。豈天地氣運，自西北而東南，將中外一家歟！”可見魏源對這次修訂之躊躇滿誌。
然而，清朝岌岌可危的政局形勢，卻使魏源憂心忡忡。他在鹹豐二年所作的《偶感三首》詩中說：“去年今日又清明，燕子喃喃認主賓……故園安穩非前世，新夢飄零失太平。喜得南來衡嶽雁，故園水陸已銷兵。”便是從陳秋垣、鄒漢勳等南來高郵，知太平軍於鹹豐二年三月圍攻長沙不下，轉攻嶽州入湖北，而於十二月攻占武漢三鎮，使湖南“故園水陸已銷兵”。詩又雲：“年來水旱與兵戈，南北東西事漸多……剩欲移家風鶴外，桃源何處有桑禾？”兵荒馬亂，太平軍若順江直下，南京與揚州等地都是難以安家的，何處才是避禍的“桃源”呢？據魏源自記，他已於年底移家僑居興化。其第三首則似他獨自一人在州署感觸往事而悲傷的泣詠：“乍聽長歌可當泣，忽聞法曲淚沾襟。曲中應有《思歸引》，歌罷難為獨坐人。午夜風霜驚老大，天涯生死話酸辛。底須玉笛吹腸斷，更助哀鴻叫月晨。”
年近花甲的魏源，久經風霜，日見衰老，加之時事多艱，楚粵不寧，顧自傷情，難以自已，故有此《偶感》。好在這年十一月十二日，家中又添第四個孫子魏繇，字季詞，後捐授中書銜，曾任《新民晚報》主編，以詩名，能使魏氏詩聲不絕。
七、被參革職難隱同情
鹹豐三年（1853）正月，正當太平軍自武昌陸兵分兩岸夾江東行，水路“帆檣如雲，蔽江而下”時，初八日鹹豐帝下詔罪己，引咎自責，並同時諭令各地堅壁清野，團練自衛。然而，勢如破竹的太平軍連下九江、安慶、太平和蕪湖，且於二月初十日攻下南京。接著，順江而下的羅大綱、吳如孝部又迅速攻克鎮江，李開芳、林鳳祥部占領揚州，從此太平軍形成了南京、鎮江、揚州三城鼎立的局麵。
太平軍攻克揚州時，魏源家人雖已遷居興化，但位於揚州新城倉巷的絜園別墅卻未能免於兵燹，至今幸存的院牆大門木橫梁上還殘存著當年被戰火燒焦的痕跡。太平軍的部隊已駐紮到揚州城北邊的邵伯埭（今邵伯市），離高郵州城近40餘裏。“承平日久，人不知兵，合境洶沸。”負有守土之責的魏源，本於上月已獲上諭，“迅速赴安慶軍營，聽候周天爵差遣委用”。不料太平軍來勢迅猛異常，南京、揚州先後拿下，魏源已無法從命赴安徽，隻能一邊與鄒漢勳訣別——“吾有守土責，與君從此作生死別矣”，一邊部署州城防守事宜。他“首倡團練，親督巡防，設卡以稽來往，守隘以遏竄突，添驛以通聲氣，偵探以窺賊情，重賞以作士氣，峻刑以靖內奸”，十多天的時間，便把城防的諸多事務辦得妥帖有序。
對這段時間高郵州城的防守和地方整治，友人姚輿（字正父）在其《魏刺史高郵事記》中記曰：“刺史任高郵時，賊破金陵，繼襲維揚、高郵、邵伯等處，勢甚危殆，幾有朝不及夕之勢。而刺史出示安民，募雇壯勇，日日習練，到處巡緝，遇有土匪劫奪者，立即梟示。逃兵潰勇，盡行驅逐。一有犯法之事，亦即重懲。官兵過境，有犯強奸擄掠等事，即拿正法。帶兵官討情，亦無一允者。因之，地方清肅，高郵無恙，寶應、邵伯亦各安堵，皆刺史一人之力。”可見魏源募勇巡緝、驅逐逃兵及拿過境官兵犯強奸擄掠者正法等，目的都是為了“地方清肅”，而不是為了對付即將到來的太平軍。乃至還在嚴厲鎮壓潰逃下來亂搶人民財物的不法官軍的同時，“獲罪於統兵大員”楊以增。
三月，南河總督楊以增奉命督辦江北防剿事宜，奏劾魏源於江南文報並不繞道送達，“屢將急遞退回，以至南北信息不通，實屬玩視軍務”，以致魏源被清廷“著即革職”。楊以增還奉旨查報揚州附近各州縣曾否被擾情況，說：“臣聞儀征縣‘逆匪’已進城，然未據報失守。時知州魏源具稟，極力阻兵。稟內並有下河小民接濟‘賊匪’米石之語。是揚城附近州縣官竟似與‘逆匪’不相為仇。究竟曾否被擾，曾無一字稟複。”楊以增奏折中所雲太平軍已進入儀征縣城而不據報失守及下河人民接濟太平軍糧食等情況，一則說明久受吏役勒索、層層欺壓而在苦難中掙紮的農民，對太平軍的到來不僅不仇視，反而有一種“官逼民反”的同情和共鳴，二則說明魏源對待農民起義的態度是比較客觀和冷靜的。至於說魏源犯有“極力阻兵”、“似與逆匪不相為仇”等同情太平軍的罪行，則魏耆的《邵陽魏府君事略》和姚輿的《魏刺史高郵事記》各執一說。魏耆說是楊以增報複道光二十九年魏源在興化縣反對河官啟壩的事，姚輿認為是楊以增報複魏源在高郵懲治不法官軍的事。但秉實而論，關鍵還是決定於魏源對待農民起義軍的政治態度。
魏源洞悉清廷朝政弊病，關心人民生活，對於民間疾苦有較深的了解。早在道光二十四年魏源所作的《湖北崇陽縣知縣師君墓誌銘》中，就表明了他對崇陽縣生員鍾人傑聚黨逼城劫官、知縣師長治死其事的態度。他認為鍾人傑以“無可歸罪”而將知縣師長治“櫘”並“哭祭之”，承認自己以報仇倉卒，誤害了良吏。“事不獲已，遂劫庫獄，散倉粟，造幟械，勒境內四十八堡”起義。魏源追究起義的原因，是漕賦製度的腐敗所致：“國家轉漕七省，二百載來，幫費日重，銀價日昂，本色、折色日浮以困。於是把持之生監與侵漁之書役，交相為難，各執一詞，弱肉強食，如圜無端。及其癰潰，俱傷兩敗，雖有善者亦末如何，而或代受其禍。近年若浙之歸安、仁和，蘇之丹陽、震澤，江西之新喻，屢以漕事興大獄，皆小用兵，而崇陽則大用兵。”最後，他在銘文中進一步強調了國家食兵大政的重要性，指出改革才是惟一出路，且毫不隱諱地讚揚起義群眾猶存三代之“公”：國家大政食與戎，漕窮肇兵相激舂。豪民豪胥維蠹同，蚌鷸相持乃相攻。籲君之難民之恫，維賊猶存三代公。崇陽未已耒陽從，大刑屢修誰劑窮！《易》爻《訟》《師》繼《需》《蒙》，膠庠獄亦承平功。法窮匪變雲胡通，嗚呼漕賦安所終！
魏源把統治階級與造反民眾的矛盾看作是“蚌鷸相持乃相攻”，這正與他看待清政府對抗太平軍的鬥爭一樣：“乍喜蟻蜂安夢國，已聞烏鵲鬥銀河。城完各戰蝸牛壘，燎至猶甘燕雀窠。”地主階級鎮壓農民起義，這在統治階級看來是天經地義的事，魏源卻把他們看作是烏鴉與喜鵲相爭，雙方為捍衛城池，各自在蝸牛角上築壘爭戰！
魏源對於這場戰爭和太平天國的態度，在他鹹豐四年寫的那首《江頭月》詩中，表達得更為明確。其詩句曰：“江上月，皎如雪，清秋已過月再圓，可惜圓時照離別……可憐今夜月，正照秣陵城。秦淮歌管變鼙鉦，長爪巨牙街衢行。可憐今夜月，曾照廬州堞。八公草木風鶴聲，溝壘高深為誰設！可憐今夜月，方照金焦口。點點雲鬟螺黛中，水戰餘皇瓜渚守。可憐今夜月，更照吳淞郭。城頭譙鼓兼畫角，蚌鷸相持幾時活。”
這是一首與友人惜別的詩歌，整首詩充滿著戰亂中朋友生死訣別的傷感。詩人感到南京城上“欲落不落江上月”，正照在秣陵城下，當年秦淮河畔的輕歌曼舞，今天已變作戰地上的鼙鼓鉦聲，而街道上行走的是那些威武的太平軍將士。江頭月還照在廬州城上，到處是風聲鶴唳，高壘深溝，不知這是為何人而設？江頭月還照在金山和焦山所在的江心，這裏兵家必爭的瓜洲渡口，水戰又在進行。江頭月還照在吳淞口附近的上海縣城，城樓上戰鼓聲與畫角聲交響，是小刀會起義群眾抗擊清軍與法、英、美侵略者的戰鬥在持續。這種蚌鷸相爭的局麵不知要持續到幾時？詩人擔心侵略者看著中國人窩裏鬥，趁機漁利。可見詩人不僅同情農民起義軍，讚美太平軍像史書中的“爪牙名將”，而且還擔心清政府鎮壓起義軍，會最終導致外國侵略者從中攫利。魏源從愛國的民族利益出發，預見到了戰爭的發展。後來，英國果然乘機強占江海關，並逼迫清政府與英、法、美三國駐上海領事簽訂《江海關協定》，使海關成為外國侵略中國的工具。
魏源既然對農民起義持一種比較客觀、冷靜的態度，且有著難隱的同情思想，他就不可能像他的一些友人那樣積極參加鎮壓太平軍的行列。他的友人如姚瑩、陳起書、黃冕、徐鼒等人，或投身清朝軍隊，或組織地方武裝，與太平軍對抗，其中尤以徐鼒最突出。徐鼒在家鄉六合與知縣溫紹原招募團練，堅守六合，太平軍竟久攻不下，以至當時有“紙糊揚州，鐵鑄六合”的諺語。又如黃冕從新疆回來後，在南京為陸建瀛做了一些事情。太平軍攻入湖南時，他回到家鄉為湖南巡撫駱秉章籌劃守禦長沙的辦法。曾國藩起兵，他又為曾國藩辦理厘稅，籌劃軍餉。
曾國藩，字伯涵，號滌生，湖南湘鄉人。道光十八年進士。他依靠穆彰阿的薦引，累遷內閣學士，曆任禮、兵、工、刑、吏部侍郎。鹹豐二年典試江西時，因其母逝世回籍守孝。十一月，清政府命在籍丁憂之禮部侍郎曾國藩幫同辦理本省團練鄉民、搜查土匪諸事務，接著又奉命督辦團練，以對抗太平軍。曾國藩引用同鄉，以書生領兵，招募當地農民，組成“湘勇”。其部下如羅澤南、李續賓、李續宜、王錱、劉鬆山等，都是湘鄉人，彭玉麟是衡陽人，楊嶽斌是善化人，左宗棠是湘陰人，胡林翼是益陽人。他們都是魏源的湖南同鄉，有人還和魏源關係較好。魏源如果願意參加鎮壓太平軍的活動，以他對於兵法的嫻熟，並有兩次從軍的經驗，加以胡林翼之類同鄉故友的薦引，是很容易受到曾國藩重用的。然而，他不但沒有投入曾國藩的軍幕，而且未見到他與曾氏來往的資料。曾國藩一向以理學標榜，與倭仁等講心性義理之學，又投拜在穆彰阿的門下，這大概就是曾、魏二人互相鄙棄，“聲氣未通，隻字無考”的原因，更何況魏源對待農民起義的態度與曾氏根本不同。
正由於魏源上述對待農民起義的政治態度，所以他聽到一些有關太平軍的情況時，首先采取了觀望等待的態度，接著便發生“於江南文報並不繞道遞送，屢將急遞退回，以至南北信息不通，實屬玩視軍務”之類的事情。鹹豐帝見到楊以增一再彈劾魏源的奏折，認為魏源是一個“貽誤軍機”、不肯替清廷賣命的“不肖官員”，便下旨將“魏源著即革職，以示懲儆”。
魏源被革去知州職後，便以原知縣銜隨周天爵軍營參與鎮壓撚軍。在江都行營，魏源曾與孔繼會晤。孔繼，字宥函，又字廓甫，山東曲阜人。道光十六年進士，任刑部主事，改官南河同知，居江蘇寶應。太平軍興，為人邀佐戎幕，死於軍中。所著《心向往齋集》卷八中有《江都行營遇默深，即送之徐州》詩一首曰：“千濟根經術，一官升複沉。看君河上去，重拜主恩深。軍府得無困，民生胡可任？勞人亦顛倒，相與涕盈襟。”
魏源在周天爵幕府參讚軍務時，當地士紳方濬師曾上書魏源，陳述淮河南北利弊險隘，某處可以進兵，某處可以扼守，某處可以絕撚軍歸路。魏源看後，複信稱是。但周天爵九月即病逝於軍中，由兵科給事中袁甲三接辦“剿匪”事宜，無人薦舉了，魏源便辭歸興化。故方濬師說：“君竟不克施其功效於吾皖，餘是以每有紙上空談之恨也。”
由於周天爵的保奏，魏源於鹹豐三年十一月，“以剿辦安徽潁州府‘撚匪’出力”，官複原高郵知州。但年逾60的魏源已心灰意冷，無心仕宦。這不僅因為鴉片戰爭後的官場腐敗更為嚴重，朝中“鄙夫”仍然安於其位，到處是貪官汙吏、民不聊生；而且因為看到了太平天國的情況，仍然是封建製度等級森嚴，某些將領也開始腐化起來，洪秀全所信奉的上帝教和天父天兄天王所頒布的政綱也難以令人滿意。這一切使他感到徬徨、悲觀、失望。當此兵燹烽煙、風聲鶴唳之時，與其將時光耗費在毫無作為的政壇，還不如抓緊時間完成自己未竟的著述任務。正如其子魏耆所說：“府君以年逾六十，遭遇坎坷，世亂多故，無心仕宦……至是辭歸……全家時避兵僑興化，自歸不與人事，惟手訂生平著述，終日靜坐，戶不聞聲。”
恰此時，友人何紹基因家鄉被太平軍占領，來到江蘇興化依魏源暫住，次年即以“縷陳時務十二事”，被鹹豐帝責以“肆意妄言”而免去了他的學政官職。於是絕意仕宦，周遊各地，以書法著述自娛。何紹基寓居興化、高郵的這段時間，也是其書法“窮日夜之力，懸臂臨摹”，逐漸顯示出其獨特的藝術風格的時期。故《再續高郵州誌》雲：“何紹基……鹹豐三年，‘粵匪’犯長沙，避亂東下，初依興化令邵陽魏源。十年，移寓高郵。書名冠當代，宗顏法為多，晚年涉筆成趣，人以為怪，而不知其皆中鋒也。”