在醫學模式逐漸發生改變的同時，醫生們也在悄然改變著自己的診療方式——循證醫學出現了。循證醫學的一些觀點和方法很早就萌芽了。19世紀中期法國革命後是唯結果論盛行的時期，醫生們在醫學中主張要注重臨床實際效果，強調大量臨床實踐證實的有效治療手段才是正確的。此時期隨著醫院的產生，患者聚集在一起，使臨床試驗研究得以開展，從而形成了有說服力的臨床證據。而同時期以PierreLouis為代表的醫師反對當時流行的做法，即依據中世紀以來的古典理論就能夠對患者作出正確的決策。Louis主張“一切臨床結論的來源應該僅限於臨床觀察事實，而不應該盲從於任何權威和理論”。他對當時盛行的靜脈放血治療傷寒和其他一些疾病提出異議，並率先將“對照”的觀念引入臨床試驗中，並證明放血療法與肺炎的預後無關。他的這些思想和事件影響了當時及其後臨床醫學的發展，在某種意義上也可以認為是現代循證醫學思想的開端。20世紀50年代，英國著名統計學家Hill采用雙盲對照試驗評估了鏈黴素治療肺結核的療效，在世界上首次令人信服地證實了鏈黴素治療肺結核的療效，也可能是世界上首次進行的形態俱全的臨床隨機對照試驗。
真正的循證醫學最早產生於20世紀80年代，以英國著名的流行病學家、內科醫師科克蘭（ArchieCochrane，1909—1988）為代表的流行病學研究組經過大量調查發現，隻有低於20％的臨床治療措施被證實是有效的，提出臨床實驗需要證據，認為應該按照人類共同關心的大病種及治療方法收集全世界範圍內質量可靠的隨機對照臨床試驗，進行等級評價、綜合分析，並不斷更新評價這些大病種療法是否有效，為臨床實踐提供可靠的依據。這一見解立刻得到強烈的響應，醫學界開始對某些常見重要疾病的治療方法進行係統評價，被認為是臨床醫學發展史上具有裏程碑意義的重大事件。
科克蘭最先強調臨床研究中隨機對照試驗（RCT）對保證和提高醫學證據的重要性，這一思想完全體現在他於1972年出版的EffectivenessRandomReflectionsonHealthServices一書中，其另一重要貢獻是係統評價方法的提出和應用。20世紀80年代初期，以麥克瑪斯特大學（McMasterUniversity）著名內科學家DavidSackett為首的一批臨床流行病學家，在該醫學中心的臨床流行病學係和內科係率先對住院醫生舉辦了循證醫學培訓，在學習應用臨床流行病學原理與方法的基礎上，進行循證醫學培訓，取得了良好效果。GordonGuyatt所領導的循證醫學工作組在《美國醫學會雜誌》（JAJM）上發表論文“循證醫學——醫學實踐教育的新途徑”（“Evidencebasedmedicine——Anewapproachtoteachingthepracticeofmedicine”），第一次提出了“Evidencebasedmedicine”這一概念，全麵闡述了循證醫學的原理、方法、內容和基本特征，並將這一觀念引入到臨床教學，就如何在證據上實踐循證醫學進行了探討。這是循證醫學登上臨床醫學曆史舞台的宣言書。又經過多年實踐，由DavidLSackett等人發起，由美國內科醫生學會組織了一個雜誌俱樂部（即ACPJC）。為了促進循證醫學的發展，從1991年起，對國際上著名的30餘家醫學雜誌上發表的論著，由臨床流行病學、臨床相關科學及方法學專家進行係統評價和分析，以摘要和專家評書的形式，發表於AnnalsofInternalMedicine上。為紀念已故科克蘭的卓越貢獻，1992年英國政府出資在牛津大學組建了循證醫學中心（CochraneCentre），之後於1993年更名為國際循證醫學協作組織（CochraneCollaboration，CC，也稱為Cochrane協作網），繼而成為全球循證醫學研究的中心。Cochrane協作網的宗旨是通過製作、保存、傳播和不斷更新醫療衛生各領域防治措施的係統評價，提高醫療保健幹預措施的效率，幫助人們製定遵循證據的醫療決策；其目標是保證提供醫療保健各領域高質量、最新的係統評價，促進Cochrane係統評價生產，在Cochrane協作網內部發展高效率、高透明度的組織機構和管理機製，爭取Cochrane協作網各部門之間的相互理解與合作。1996年，我國在原華西醫科大學開始籌建中國循證醫學中心（中國Cochrane中心，網址為http：//wwwebmorgcn），1997年正式成立，1999年3月經國際Cochrane協作網指導委員會正式批準其成為國際Cochrane協作網的第14個中心，開展循證醫學知識的推廣和普及工作，並與國際CochraneCollaboration聯係。