青海湖及環湖地區有獸類 41種；鳥類有 189種；兩棲爬行類 5種；魚類 8種。鳥類中以水禽為主，主要的4種大型水鳥中，魚鷗有 9000多隻、鸕鶿近 5000隻、斑頭雁 1.21萬餘隻、棕頭鷗 2.13萬多隻。此外，遷徙途經此區停歇的鳥類有近 20種，數量達7萬多隻。國家一級和二級重點保護動物有黑頸鶴、玉帶海雕、大天鵝等35種。青海湖保護區是黑頸鶴的棲息、繁殖區，春季有 20多隻在此棲居，少數參加繁殖。冬季有大天鵝在此越冬，數量最多時達 1540多隻。青海湖最著名的魚類要數裸鯉，俗稱青海湟魚。每年 5~6月，是湟魚產卵高峰期。保護區有野生植物約 50種，均為草本植物。濕草地、沼澤地植被以禾本科的賴草、早熟禾、針茅，莎草科的多種莎草以及菊科、藜科、蓼科等植物為主。
關於青海湖的名稱，在不同的時代和地域都有不同的稱呼，如青海湖在漢代時稱“西海”，在蒙古語中被稱“顆顆淖兒”，藏語稱“錯溫布”，其含義均為“藍青色的湖”。青海湖是新構造斷陷湖。在青海湖的形成過程中，經曆了三次上升運動，這些運動都促進了新構造的產生。鳥島就是其中的一例。下古生界淺變質岩是青海湖的基岩。地貌具有高原山地特征，地勢西北高而東南低，形成了被群山環繞的封閉式山間內陸盆地。青海湖的形狀如同鯿魚一般，口向西北，東、北、西、南分別靠近日月山、大通山、青海南山、柴達木盆地，它是我國最大的內陸微鹹水湖。在青海湖的周圍聚集著大約 40條大小不同的河流，它們都屬內陸封閉水係，其中布哈河、巴哈烏蘭河、沙柳河、哈爾蓋河、甘子河、倒淌河以及黑馬河 7條河流是主要的水係。鳥島西北部地勢平坦，被湖水環繞，人畜是很難進入的。其中沼澤和濕草地占據了沿湖一帶。此處是鳥類棲息、繁殖的理想生態環境。湖內聳立著包括沙島、海心山島、海西山島、鳥島和三塊石島在內的 5座島嶼。過去的鳥島四麵環水，隨著湖水不斷退縮及布哈河三角洲的不斷擴展，在 20世紀 70年代末，鳥島開始向半島過渡，正如現在所見，鳥島的一麵立於水中，另一麵與湖濱陸地相連。在島上分布著較為稀疏的植被，被少數花草點綴。
1.福田國家級紅樹林鳥類自然保護區
福田國家級紅樹林鳥類自然保護區位於深圳灣北東岸深圳河口，麵積368公頃，是我國唯一位於市區，麵積最小的自然保護區，也被國外生態專家稱為“袖珍型的保護區”。福田國家級紅樹林鳥類自然保護區雖然很小，但是每年都有白琴鷺、黑嘴鷗、小青腳鷸等 189種、上 10萬隻候鳥南遷於此歇腳或過冬。保護區內除紅樹林植物群落外，另外，還有其他 55種植物，千姿百態，成為深圳市區內的一條綠色長廊，它背靠美麗寬廣的濱海大道，與濱海生態公園連城一體，麵向碧波蕩漾的深圳灣，不僅是鳥類棲息嬉戲的天堂、植物的王國，也是人們踏青、賞鳥、觀海、體驗自然風景的好去處。
深圳福田紅樹林保護區於 1984年正式創建地，創建時的總麵積為304公頃。並且隻有一條道路通到這裏，當地的漁民在這裏利用沿襲下來的基圍魚塘養魚，然後就是大片大片的天然紅樹林、果園和其他天然林。1986年，世界野生生物（國際）基金會主席、英女王的丈夫菲利普親王訪華時，特意南下深圳，登上紅樹林的觀鳥亭，飽覽深圳灣濕地風光。後來，丹麥野生生物基金會主席、丹麥女王的丈夫亨裏克親王也興致勃勃地到此觀鳥，並將紅樹林稱為“綠色明珠”。
2.海南省清瀾港紅樹林保護區
海南省清瀾港紅樹林保護區是世界海拔最低的森林，也是保護最為完整的紅樹林。該保護區地處文昌市的清瀾港沿岸一帶。保護麵積達 2948公頃，有林麵積達 2732公頃。該保護區於 1981年開始創建，原為縣級，後來變為省級自然保護區。該保護區的林木麵積大，而且樹林年齡長，許多林相顯示了原生林的特征。如有海蓮林樹齡達百年以上，調查中有的胸徑達 1.2米，林內結構複雜，有不少附生植物和藤本植物飛架其間。保護區範圍內除了有同東寨港基本相同的紅樹植物種類外，還有獨特的成片正紅樹林子，沿著霞村的岸邊形成雄偉的景觀。海桑屬的 4個種，即海桑、杯尊海桑、大葉海桑和海南海桑在這裏都有自然分布，其筍狀呼吸根形成這些種類的明顯特色。現在該保護區不僅是重要的旅遊景點，而且具有很高的科研價值。
3.漳江口紅樹林國家級自然保護區
福建漳江口紅樹林國家級自然保護區（簡稱漳江口保護區）位於福建省漳州市雲霄縣漳江入海口。最近城鎮為雲霄縣城，位於濕地以西 10千米，東北向距離廈門約 85千米。主要保護對象以紅樹林濕地生態係統、瀕危野生動植物物種、東南沿海水產種質資源為主。主要濕地類型有紅樹林、灘塗、水域或組成的河口濕地等。符合《濕地公約》國際重要濕地指定標準的1、2、3、8。保護區於 1992年 1月成立，1997年 7月經福建省人民政府批準為省級自然保護區，2003年 6月經國務院批準升格為國家級自然保護區，2008年被列入《國際重要濕地名錄》。