而且，南京追擊戰中，日軍補給成問題，軍糧沒保障就不用說了，靠“現地征收”，也就是搶老百姓的。彈藥補給站，則設在太倉、平望、嘉興、湖州，當地守備兵力非常之薄弱，每處最多留兩個大隊，有的地方甚至隻有一個中隊。當時的情況是，日軍雖然占領了上海和通往南京的沿線城市，但這些地方之間卻有著相當大的空當。中國這邊，如果拿出幾支部隊去偷襲這些補給站，很難說不會取得意外戰果。但由於中國這邊亂了陣腳，沒一個出色的戰術計劃（從上海回撤的部隊戰鬥力不濟這一點，並不能遮掩所有問題），所以也就沒心思去主動出擊了，而是讓一隊隊日軍大搖大擺地往南京前線運彈藥。
說到消極防守，鄧龍光第83軍在鎮江一帶布防後，偵察到日軍第16師團向句容疾進，並獲悉中島今朝吾的司令部就在第83軍陣地前30裏的一個村。於是該軍參謀劉紹武向鄧龍光建議傾力而出，主動截擊向南京疾進之敵。該軍當時歸江防軍司令劉興轄製，鄧向劉請示，得到的回複是：守恐不保，還說攻麼？結果是：中島部隊很快繞過第83軍防線，在這種情況下，鄧龍光隻好下令放棄陣地，退守龍潭。
12月11日，紫金山上的教導總隊，發現山下麒麟鋪一帶村落有大量日軍，於是就想分兵去襲擊，但沒被桂永清批準，回答是：萬一襲擊不成，守衛南京的兵力就更不夠了。實際上，直到11日，教導總隊還有1萬多人的兵力沒使用。
部隊都退到南京後，對守城這件事，司令部的想法也不明確。通常情況下，守城有三種局麵：
一是死守，一直打到巷戰，作完全犧牲的準備；
二是盡力防守，戰鬥不支的情況下棄城；
三是依上級命令而動，不管能否堅持，隻要上級下令後就撤。
蔣介石飛離南京時，對南京守到什麼程度，沒給唐生智一個明確說法。蔣隻是說要堅守南京，唐生智則做了死守狀，把下關的船都收了起來，又將兩艘大型火輪轟到武漢，其他船隻由第36師掌握，做出破釜沉舟之勢，而且在城中修建了大量戰鬥工事，大批士兵和軍官都做了城破後巷戰的準備。12月12日傍晚，中華門失陷後，作為總預備隊的第36師已有一部開入城內了。
唐生智一麵做死守狀，一麵又說，依蔣介石的命令而動。也就是說，隻要蔣下命令，那就撤。這樣的矛盾是致命的。一旦有變，極易造成軍隊大混亂。
還以第83軍為例，其所轄第156師，11月中旬才轉繞湖北開抵江蘇，先到蘇州，後至江陰，再赴無錫，又及鎮江，隨之退守龍潭，一路倉促布防，最後在日軍的炮火下進入南京城，此時已是1937年12月8日！但在短短4天後，他們又必須冒著巨大的傷亡代價，再從城裏向外突圍！
由此看出，當時的中國軍隊沒有一個縝密的作戰計劃，往往是走一步看一步。結果是：蔣叫唐如不能守，相機撤退。唐馬上“從命”。既然你不能保證最後與南京共存亡，為什麼自己把自己的過江退路斷絕？
12月12日夜南京棄城後，大批中國軍民擁擠在江邊無船可渡，長江終成絕命之江，又進一步造成中國軍隊的崩潰，戰鬥意誌銳減，山田支隊在幕府山下用一百多名日軍俘虜了上萬中國士兵是個最好的例子。
圈軍民於孤城做死鬥狀，卻又無法堅持到最後一刻。這是作戰部署外，唐生智最大的問題。
另一個問題是關於唐生智本人的。
說唐生智是主動請纓守城的人認為：唐之所以提出守衛南京，隻是從個人角度出發，因為他曾是湖南軍閥，又曾參加過“倒蔣運動”，自歸順蔣後並無實權，為了恢複軍權，獲取功名，所以把保衛南京當成跳板，更有甚者認為：正是因為唐的守衛，最終才導致日軍的大屠殺。
守衛南京前，唐生智雖沒什麼實權，但依舊是國民政府軍隊的高層，肯定明白時局的嚴重性。上海陷落，十幾萬日軍分三路奔襲南京，在這種情況下，誰敢以守衛孤城為賭注，向蔣介石邀功而意圖恢複軍權？是他唐生智，這個所謂的湖南軍閥麼？冒著玉石俱焚的危險，僅僅是為了邀功？可能麼？
至於“因唐守南京才導致日軍大屠殺”這個觀點，則根本不構成一個理由；或者說，這是入侵者的邏輯。作為日本人，他們當然可以說：南京之所以發生屠殺，是因為中國軍隊進行了激烈的抵抗（事實上，這也是當今一些日本右翼學者的觀點）。但對於受害者一方，又怎麼能用這個切入點考慮問題？我們可以從戰略角度分析南京棄與守的利弊，從軍事角度去指責唐生智的失策，但決然無法從是否導致敵人的屠殺來闡明防守南京的正確性，因為這樣的邏輯基礎是不存在的。
無論如何，南京最後陷落了。這不是唐生智一個人的悲劇，而是積弱積貧時代一個民族的悲劇。
盡管如此，在保衛南京中，仍有大批國民政府將校為國捐軀，魂繞紫金山。
蕭山令中將，南京市代市長、代憲兵司令、警察廳廳長，1937年12月13日戰死下關；
朱赤少將，第88師旅長，12日戰死雨花台；
高致嵩少將，第88師旅長，12日戰死雨花台；
羅策群少將，第66軍代師長，13日戰死紫金山下；
易安華少將，第87師旅長，12日戰死莫愁湖；
趙寒星中校，第88師參謀，12日戰死雨花台；
韓憲元上校，第88師團長，12日戰死雨花台；
胡豪少校，第51師營長，12日戰死水西門；
程智上校，第51師團長，12日戰死水西門；
姚中英少將，第156師參謀長，13日戰死太平門；
司徒非少將，第160師參謀長，12日戰死太平門；
蔡如柏上校，第160師團長，12日戰死太平門；
羅雨豐少校，教導總隊營長，10日戰死紫金山；
秦士銓上校，教導總隊團長，12日戰死紫金山；
周士泉少校，教導總隊營長，12日戰死白骨墳；
萬全策少將，教導總隊第1旅參謀長，12日戰死紫金山；華品章上校，第88師副旅長，12日戰死雨花台；
劉國用少將，第58師副旅長，12日戰死水西門；
李蘭池少將，第112師副師長，13日戰死太平門；
黃觀濤少校，憲兵部隊副團長，13日戰死下關；
雷震上校，教導總隊副旅長，13日戰死下關……
這不是個完全的名單，也沒一個完全的名單，因為殉國的除了將校們外，還有那麼多無名戰士！在我們可以想象的場景中，殉國的場麵都極為壯烈：想想下關江水中的蕭山令，想想雨花台枯草中的朱赤和高致嵩，想想水西門硝煙中的程智，以及城破時的胡豪……
國家有難，血肉之軀，決死報之，慷慨赴之，無有二字。廣大中下級校官率官兵浴血奮戰，全營全團地陣亡，在六朝故都，紫金山下，化作國殤。而生者，又有怎樣一段刻骨銘心、永世難忘的經曆？
南京陷落前，唐生智、羅卓英、劉興、周斕等衛戍司令部成員最先渡過長江。此後，王敬久、沈發藻、桂永清、俞濟時、胡啟儒、馮聖法、宋希濂、王耀武、廖齡奇、周振強、李江、巫劍雄、陳頤鼎、邱維達等人也絕境脫險。
士兵們又有多少脫險了呢？
這是南京戰中非常重要的一個問題。要想搞清楚這個問題，就得先明白到底有多少人守南京。關於南京守軍的人數，曆來存在爭議，有8萬多人、11萬多人、15萬多人三種說法。人們最常采用的一個數字是15萬多人。
這個數字未必準確。
參與南京保衛戰的部隊，基本上都是從上海戰場撤下來的，因傷亡慘重，已遠非滿員編製，就算補充了新兵，很多部隊也沒達到滿額。當時，部隊建製相對完整的隻有教導總隊、第2軍團和憲兵以及警察部隊。教導總隊不到3萬人，第2軍團17，000人，憲兵部隊的3個團加直屬隊，兵力接近5000人，警察部隊有6000多人。其他部隊大多殘缺不全，以第88師為例，撤退到南京時隻有4000人左右，補充新兵後達到7000人。第36師的情況跟第88師一樣。第87師、第66軍、第83軍、第103師、第112師等退至南京的時間較晚，來不及補充，其中第66軍第160師退回南京時隻有3000多人，第103師隻有2000多人。
“8萬多人”這個說法來自譚道平。按宋希濂回憶，唐生智確定南京衛戍軍的戰鬥序列時，總人數為7萬多人，與譚道平的數字近似。但當時第74軍、第66軍和第83軍等部隊還沒被劃進保衛南京的戰鬥序列。後來被劃進來的這幾個部隊兵力合計有4萬多人。再加上南京陷落前幾天才退回來的第103師、第112師，就可以知道，整個南京保衛戰中，外圍陣地和城郭陣地的中國守軍總人數在12萬人左右。
南京戰雖然時間短，但非常之激烈。以孫元良第88師為例，在雨花台之戰中，3個旅長陣亡了2個，6個團長陣亡了3個，正副營長陣亡了11個，連、排長傷亡占全員的十分之八，用孫元良的話說：“各級軍官犧牲這麼多，士兵傷亡數字就可想而知了。”
整個南京保衛戰，中國士兵陣亡人數在3萬人左右，其中環城之戰的陣亡人數有1萬多人。剩餘的9萬多人，有兩種命運：一是從正麵突圍出去或渡江北走；二是被日軍俘虜後慘遭屠殺。
從正麵突圍出去或渡江北走的到底有多少人？
第74軍：王耀武給出的數字是，該軍所轄第51師和第58師渡江脫險者5000多人。