因當時海南島及舟山群島仍控製在國民黨軍隊手中，“財務署”還向海南島等地運送金銀，大概是期望這部隊還能堅持一陣子（至1950年5月2日，國民黨軍隊撤離海南島，16日，撤離舟山群島）。事見1949年12月12日吳嵩慶日記：
“……洽定飛送海口華中、華南兩區經費，計華中1萬兩，華南7800兩。另與關部長洽妥，由央行撥金5000兩，銀圓24萬元，以解決未兌支票問題。餘派董司長（德成，與吳嵩慶同日回台）解往（海南島），希望此行能了懸案也，定明日起飛。又洽妥運銀圓機四架赴成都，定明日起飛二架，接回公教人員。”
運海南島等地的金銀，是由董德成押運的，總數據台灣“中央銀行”檔案為22222兩（與吳嵩慶日記數字略差），是12月26日入賬的（見圖8.1，表8.5）。到12月14日，“空軍認為（運款）赴滇都不可能”（吳嵩慶當天日記），國民黨在大陸的軍費支出，就此永遠畫上了句點，以後的黃金軍費支出主要是台灣及離島。
“國民政府”遷台後，蔣介石還是倚重吳嵩慶管軍費；1950年1月6日，大溪檔案就有“吳嵩慶呈蔣中正閻錫山請核示三十九年度軍費概算”；1月8日蔣介石在日記中也這樣寫道：“朝課後，見吳嵩慶，研討對軍費總預算數目及籌備。”而台灣在1950年的最大宗支出就是軍費，正是因為用大陸運台黃金在貼補（見表8.5），才免於被通貨膨脹的洪流所衝毀。1950年6月25日，朝鮮戰爭爆發。從1951年起美國開始援助台灣，就補上了這個大缺口。
1950年2月25日吳嵩慶日記：
“軍費審核小組談話會記錄，今後軍費預算照下列規定辦理：3月份軍費總額仍為2777萬元（銀圓），除由台灣省政府在物質處理、愛國公債、防衛捐項下撥補1472萬元外，其餘1305萬元（約合黃金14萬兩），先由國庫撥發黃金10萬兩……4月份軍費由國庫撥發黃金10萬兩，5月份國庫撥發黃金8萬兩，6月份起每月均由國庫撥發黃金6萬兩，非有特殊原因，不予增減。”
剛到台灣，還是用黃金銀圓計算軍費，這裏黃金一兩折算銀圓93塊，如折算為新台幣就是280元。蔣介石要吳嵩慶又繼續管理了以後整整12年的台灣軍費，直到1962年，期間經曆了國共不斷的沿海軍事衝突，包括爭奪海峽製空權與製海權以及幾乎引起中美直接衝突的金門炮戰。
有一天晚上，吳嵩慶做了一個很有意思的夢，詳記在日記中：“昨晚冬至，夜得夢。在新建未漆之樓梯努力掙紮，爬上梯頂時已力竭氣衰而醒。若此為預兆，則前途雖艱危可知，而成功亦可卜也。”他把夢寫到日記裏，相信這是一個預兆；這或許也是他一生的形象概括。
從1949年直到1962年，來台灣最初的12年，吳嵩慶還一直是擔任“財務署署長”。中間（1950年4月）曾出任“軍需署署長”兼管“經理署”，（1959年）升“聯勤”副總司令兼“預算財務署署長”，總的還是管軍費。像這樣忠於職守，即使不升官也無怨言的官員堪稱鳳毛麟角，蔣介石實在找不出別的更可靠的人。
赴台後，蔣介石交給吳嵩慶的第一個任務便是核實軍隊人數，改革軍中財務。因他總結大陸的失敗，認為軍人數目未核實、軍需腐敗是重要因素。初抵台灣時，經整編後的國民黨軍隊人數，吳嵩慶記下1950年3月31日總統府軍事會議上曾提到的，是空軍82000人，海軍43000人，陸軍575000人，合計70萬；而1月21日日記中則為80萬，兩個月即縮編了10萬人。軍隊人數核實後，“財務署”即實行點名發餉，補給到團，進而補給到連、到個人。吳嵩慶此舉立刻把大陸吃空缺的陋習從軍中一掃而空，得到了廣大國民黨官兵的擁護，使國民黨軍隊整頓收到預期的效果。
50年代，吳嵩慶又建立了給各部隊發給特支費的製度，有效解決了軍中一個難題；又籌設軍中儲蓄業務，成立“同袍儲蓄會”，對於安定軍心、提高士氣起了很大作用，軍中每人都受其惠。此外，在美國顧問建議及經濟援助下，經中美雙方核定，為70萬大軍增加每人每月肉魚各一斤，提高了士兵福利待遇，振作了士氣。因為吳嵩慶經常去訪問部隊，解決其隨時發生的困難，因此當年在部隊中有“財神爺”之稱。