那麼，蔣介石為什麼要把作為秘密軍費的金銀放在廈門鼓浪嶼，而不像第一批金銀直接運到台灣呢？憑當時的軍艦、飛機是完全有條件的。
這些事實也恰恰證明了蔣介石秘運金銀外彙由廈轉台，是肚中自有經緯，事先有一係列的“謀篇布局”！
據吳興鏞研究，蔣介石把這筆絕密軍費運往廈門，至少有三個原因：
其一，可就近發餉給大陸東南與西南地區仍與共軍交戰的親信部隊。
因蔣介石對大陸並未完全死心，覺得解放軍不可能那麼快攻下廈門。當時的廈門是一個海島，而解放軍沒有軍艦、飛機，高射炮也不多。“廈門島守得住！”這是國民黨軍內普遍的心理。在蔣介石看來，解放軍沒有海軍，要攔截黃金也不容易。而當時還在持續中的戰事，讓蔣介石必須留一部分銀圓，以發軍餉。
其二，廈門距離台灣最近，因地利之便，必要時能隨時轉運台灣。
其三，蔣介石對新任命的台灣省主席陳誠並不完全信任。蔣介石曆經民國政治舞台的奸詐與殘酷，他無論什麼決定都是使用多層監督與多線運作，不將雞蛋放在一個籃子裏麵。而陳誠雖則是自己的親信，當時在台灣卻是一人獨大，無人可製衡；蔣介石內心深處對日後大陸全麵潰敗之後的退路，也並沒有十足的把握，於是隔著海留點現金現銀在身邊，直到他有百分之百掌握內部局麵的信心。這一點在1949年的蔣介石日記裏可見多處端倪。例如，8月13日日記：“10時約見墨三（顧祝同），吿以辭修（陳誠）言行病態令人憂憤，餘受內外汙辱。”8月17日日記：“今日甚感辭修之病態可痛……”這是一個危機四伏、瞬息萬變、人心唯危的大動亂時代，蔣的顧慮也不是完全沒有必要。
於是，在解放前的那段歲月中，廈門扮演起秘運部分黃金、銀圓到台灣中轉站的重要角色。
1949年1月21日，蔣介石總統宣布下野。吳嵩慶是第二天與陳誠在飛往南京途中才得知的，於是奉命轉飛杭州，和從南京飛來的蔣介石在杭州筧橋機場見了麵。吳嵩慶在日記裏寫下：“5時半，專機到，老先生（指蔣介石，作者注）甚安詳。”蔣介石已下野還能氣定神閑，“甚安詳”，大概是因為台灣的情況和今後打仗的錢，都有了底數。或許，也是在嘲笑李宗仁：“你有什麼本錢做代總統？中華民國的國庫已經搬到台灣和廈門了。”
然而正所謂“火關得越緊，燒起來越猛烈”，蔣介石自以為是偷天換日之術，巧妙轉移了央行國庫的絕大部分金銀外彙，卻仍被無孔不入的媒體及時爆料，暴露了運金真相。1月22日的《華商報》《字林西報》及美國“合眾社”都發布了類似的新聞。一時輿論大嘩，怨聲載道。
1月28日晚10時，美國國務卿艾奇遜（DeanAcheson）收到上海總領事恰伯特（JohnM.Cabot）的一份電報：
“……上海市長吳國楨於本日會談中，明確透露，200萬盎司黃金已轉運到台灣。…… 上海尚存80萬盎司，其中50萬盎司以上正在運輸中……”
其實吳國楨所透露的運金消息並不完全準確。雖然他是蔣介石倚重的上海名市長，但其並不在蔣的權力核心。今天從蔣的日記知道，吳隻是國民政府給美國人看的一位親美的“樣板人物”；初到台灣，蔣介石讓吳出任台灣省主席，其目的也不過是為了獲取美國的軍經援助。他並不知道那作為軍費的近百萬兩黃金，已於1月21日蔣介石下野前後開始運出。此外，“尚存80萬盎司”也是低估，據留在大陸的李立俠說，1949年1月後，“仍有從南京等地劫掠到上海的黃金、白銀來不及轉運台灣，陸續存入上海中央銀行，待運台北和向廣州等地疏散。”另外，中央銀行以外的公私銀行的黃金並沒有包括在這餘下80萬盎司數目內。
值得注意的是，此時蔣介石的身份仍是“中華民國總統”，所以這筆軍費的支出，應該說也算是合法的。雖然等到真正開始運輸黃金時，他已不在台上。而準備和談的李宗仁代總統，為穩固自己在國民政府中的地位，力保國庫黃金不再流失，對國民政府財政部進行了改組和換人。原財政部部長王雲五因金圓券改革失敗早已辭職謝罪，由徐堪繼任。俞鴻鈞在蔣下野之前就已遞上辭呈，辭去國民政府央行總裁職務，由副總裁劉攻芸接任。所謂“在位時人看臉，卸任後看人臉”，蔣老先生雖然可以一手遮天，但也遇到了阻礙，下野的他頓感人生之悲涼。那麼，他又是如何轉運“軍費草約”剩餘的一半金銀外彙的呢？