有報道顯示，1949年1月中旬，在蔣介石下野前夕，曾以24架次的C-46軍機（12架）在兩日內運走96噸上海國庫金銀，在2月初也曾用軍機運黃金。
原國民黨空軍作戰處處長張光明回憶，他們在1949年1月中旬突然接到命令，C-46空運機12架，立即飛赴上海，接受緊急任務，秘密完成24架次飛行，但均不知空運為何物。現在想來，極有可能是秘密轉移的黃金白銀。
對於是否空運，吳興鏞教授持否定態度，認為以軍艦運的可能性最高。其理由如次：
“至於1月裏第二批的90餘萬兩，目前沒有其他記錄顯示是空運的。如是空運，由黃浦江邊的國庫到機場的漫長路上，安全與保密將是最大的考慮因素。用船艦運就方便多了，過了黃浦灘路就到了。當然，為了趕在蔣總統下野前夕趕緊用飛機把黃金運廈門，就隻有冒險了，這也有可能；但可能性不大，因至今沒有關於這方麵的其他人的記錄或報道，此處還是采用詹特芳之說（以海軍軍艦運廈門）。此外，先父在1月11日簽訂‘軍費草約’的當天下午走訪海軍港口司令部，此點也與用軍艦運軍費黃金去廈門相合。2007年12月、2008年10月，筆者兩次實地去廈門，並頻赴鼓浪嶼，查對詹特芳、李光烈的回憶，並與先父日記對照，斷定以軍艦運的可能性最高。”
關於第二批金銀外彙運出總量，有資料顯示，自1949年1月至4月20日（正值國共和談期間），吳嵩慶自上海運走黃金90萬兩、銀圓3000萬元（共7500箱，每箱4000元）、純銀3000餘噸及外彙7000萬美金。另外還有一筆（中國銀行所存）美金1000萬元彙去美國紐約，由中國空軍采購委員會主任毛邦初中將接收；毛以私人名義開戶存入美國銀行，供空軍在美采購。
然而，黃金運走之後竟出現了一個小插曲，因為央行劃撥到財務署保存的黃金最初是兩者“共管”，查收清點時竟比“草約”規定的90萬兩多出9萬兩，為99萬兩！經手此事的吳嵩慶不由得感慨中央銀行真是混亂至極，竟然為蔣介石多“預支”了9萬兩黃金的軍費。那麼，這是央行真糊塗，或假糊塗，還是當時官場的傭金陋習？“不通人情”的吳嵩慶將實情告之蔣介石，使原本就對央行心存猜忌的蔣介石大為光火，以致對這些金銀外彙重新做出部署。同時這也導致吳嵩慶與整個財經界對立，尤其是孔宋係如俞鴻鈞、徐柏園、嚴家淦、徐堪、劉攻芸等人；去台後亦遭致多方排擠，好事及升遷都靠邊站了。此為後話。
據財務署吳嵩慶機要秘書詹特芳回憶：
“……黃金是90萬兩，美鈔是8000萬及銀圓3000萬。以上這些人民血汗錢，經由吳嵩慶以軍費名義全部提走後，其中黃金及銀圓用了一艘海軍兵艦，由上海運到廈門，在廈門存放了一個時期，又移至台灣。當時具體負責這件工作的人，有財務署收支司副司長董德成、總務科科長李光烈等，但他們都是臨時抽調的，有的人可能還不知道其中內幕。……”
“移至台灣”就是送進財務署在信義路邊上的保管庫裏，這保管庫是需要三把鑰匙才能打開的金庫。據財務署收支司副司長董德成回憶：“除保管庫乃日本留下唯一一棟紅磚平房，非常牢固，所餘均應臨時需要，簡便克難建造。”……可惜現在都已被拆掉，原地建了台北地標之一：中正紀念堂。
此處詹特芳提及是用軍艦由上海運到廈門，應是正確的。簽完草約後，吳嵩慶原以為這筆金銀外彙將轉運台灣，結果竟出人預料地轉至廈門，藏在廈門風光秀麗的鼓浪嶼上的中國銀行地下金庫。直到1949年8月，解放軍攻破福州以後，這筆黃金才被轉移到台灣財務署在台北信義路邊上的保管庫裏。廈門是當時蔣介石金銀轉運的重鎮，鼓浪嶼中國銀行地下金庫成為絕密戰時金庫。
據吳興鏞介紹，根據他多年的研究，第一批的260萬兩黃金，是作為金圓券儲備金轉移儲藏地點，而不是軍費。原來就在上海的中央銀行，分三個地方儲存。但第二批和第三批的黃金（160多萬兩），來源就頗不“光彩”了，而且事關蔣介石下野，最後還部分用作了軍費，耗在了內戰的最後一年。
來源不“光彩”，是因為這批黃金主要是由兌換金圓券所得。吳興鏞介紹，發行金圓券的本意，是為了挽救財政經濟危機；但事與願違，此方式之下，大量黃金被收歸國有，人民得到的金圓券卻繼續貶值。根據他的測算，有檔記錄的大致為收兌147萬兩黃金（沒記錄的無從考證）。那麼這批深染人民血淚的黃金最終用在了哪兒呢？吳興鏞經過多番查證，無比愕然地獲悉，這筆錢早就被蔣介石當作軍費預支，牢牢掌握在了自己手中，而且後來，有80萬兩真的用作了軍費，剩餘的最後一並運往台灣。