嘉靖皇帝死後，海瑞被放了出來，從此一路升官，隆慶元年就做到了大理寺右丞，這些都賴於徐階的提攜。當時正值徐階與高拱鬥法，海瑞又開始炮轟高拱。事實表明，高拱正需要海瑞這樣的人來對付，海瑞在奏書中說，“徐階為首輔天下開始出現治世的景象，徐階不招權、不納賄，而高拱性格狡猾而且凶，高拱的才具不足以擔任內閣大學士，而且高拱指使爪牙將是說成非，非說成是，臣以為應該立刻罷黜高拱。”
海瑞的上書直接將高拱搞的沒有脾氣，打了高拱一個響噎。隆慶三年，在高拱回朝的前夕，海瑞升任都察院右僉都禦史，總督糧儲、提督軍務，巡撫應天。
應天巡撫治所在蘇州，下轄應天、蘇州、鬆江、鎮江、常州、徽州、寧國、池州、太平、安慶十府，另外還總督杭州、嘉興、湖州三省稅糧。
可以說帝國半數糧倉都在這個地方，這個地方的份量自然是不言而喻的，讓海瑞出任這個地方的巡撫其原因究竟是什麼？這個時候徐階已經致仕，不會是他推薦，高拱跟海瑞有仇，也自然不會是他的舉薦，張居正向來看不起海瑞，他也不會舉薦海瑞，所以海瑞此次出任應天巡撫可能出自皇帝的聖裁，皇帝想利用這把利器去戳一戳江南的那些豪紳們。
海瑞人還未到任上，其聲勢已驚濤排海而來，整個江南上空似乎是陰雲密布，一些本地的精英分子似乎開始喘不過氣來。一些當地的官員開始向吏部打報告要求調走，縉紳之家將大門由朱色塗成黑色，駐蘇州的一名宦官將轎子由八人抬改為四人抬。
海瑞上任伊始便發布他的督撫條約三十六條：境內成年男子一律從速結婚成家，不願意守節的寡婦立即改嫁，溺殺嬰孩一律停止，巡撫前往各地視察，地方官吏一律不許迎接，巡撫在各府縣逗留期間，夥食標準為二錢至三錢銀子，雞魚肉可供應，但不得供應鵝及黃酒，境內公文一律使用廉價紙張，公文必須寫滿，不許留白，知府和縣令不許下鄉，有事讓吏傳喚民眾到場，境內停止生產一切奢侈品。
海瑞的這些條款顯得古怪而瑣碎，而且不近人情。
不久，海瑞又發布文告要對那些因為破產失去田產的農戶討回他們的土地。在本朝，洪武皇帝通過武力手段革除士紳階層，但到了明代中期這個階層又死灰複燃，因為帝國的土地所有製仍舊是封建土地私有製。
有積蓄的自耕農或者政府公務員通常將錢以高息的形式貸給那些缺資金的農戶，這些借錢的農戶自然以田產做抵押，一旦還不起債務，所抵押田產自然歸貸款者所有。但帝國的法律又規定，五年之內失去田地的農戶可以以原價贖回，海瑞來到後便開始執行這一規定。
一時前來申請退田的人絡繹不絕，巡撫衙門口擠滿了前來要求退田的百姓，海瑞一個月居然收到要求退田的申請達幾千份，這名官僚居然碰到了跟洪武皇帝一樣的難題，那就是由於自身的理想化帶來一些複雜性的問題。
這些要求退田的申請很多都指向一個人，前任首輔徐階，徐家大約很久以前就從事高利貸生意，而且幾代沒有分家，到如今積累的田產已達六萬畝。這倒令海瑞難辦了，一方麵徐階對他有恩，另一方麵自己政令如山，而且天下的眼睛都看著自己。
事實說明我們這位官僚並非一根筋，他也具備靈活性，隻是看情況而論。他采取了折衷辦法，他令徐階退了一部分田，又逮了徐階的弟弟，這樣既對老百姓有了交待，又維護了徐家的利益。