關於質測和通幾的關係，方以智提出了兩個深刻的觀點：“質測即藏通幾”，“通幾護質測之窮”。前者說通幾的來源，後者說通幾對於質測的作用。方以智認為，所謂通幾，不能離開質測，探求深微的道理不能離開對於事物的實證考察，離開了考察具體事物是不能得到哲理的。他說：“質測即藏通幾者也。有竟掃質測而冒舉通幾，以顯其宥密之神者，其流遺物。”（《物理小識·自序》）在方以智看來，哲理即在具體事物中，探求物理的實證活動就是把握哲理的活動。方以智的哲理是對物理的概括和提煉，不是理學式的體驗、覺解和投射、類比、借喻、象征等類似審美的精神活動，而是在物理中提煉出哲理的理智性活動。哲學不是對某種神秘的東西的體驗，也不是哲學命題之間的推導轉換，哲學是指向具體存在的，這是方以智哲學的特點。在他這裏，籠統的就是神秘的。他反對離開具體的物理而別有抽象的籠統的道理。他說：“征其端幾，不離象數。彼掃器言道，離費窮隱者，偏權也。”（《物理小識·象數理氣征幾論》）這裏所謂象數，指象和數，即事物的外貌和決定事物各部分之間的結構和空間關係的某種數量規定。把握事物的道理，離不開對它的外貌和結構、關係的探討。離開具體的、可見的征象去尋究深微的道理，就是偏頗。
反過來，探究事物深微的道理又可以克服實證知識的局限，對耳目感官無法把握的東西，用道理本身的邏輯結構給予彌補。這就是“通幾護質測之窮”的含義。方以智這個思想是非常卓越的，表明他見到了事物的本體和邏輯的一致性，見到了歸納和演繹的相互關係。在他這裏，邏輯不是抽象的、籠統的，而是各細部之間的必然關係。本體也不是混沌的、孤立的，而是包含著展開為各具體環節的內在邏輯。本體和邏輯是一致的。所以，可以利用邏輯的必然性補上具體事物未知的環節。這是通幾護質測的一個方麵。另一個方麵，通幾所得的道理為一般，而質測則受耳目感官的局限，通幾可以使質測跳出它的局限，從更廣闊的視角加以審視。質測是以物觀物，而通幾則是以道觀物。質測之理隻有在通幾的引導和擴充下，才能獲得更深刻的認識。所以方以智反對兩種偏弊，一種是離開具體事物而言道，這一派的弊病在“掃物尊心”。其所言之道不能和耳目所見之物、和實證之理相符合，往往陷於虛構和附會；另一種弊病則是為耳目感官經驗到的知識所限，不能上升到抽象原理的高度，他說：
本末源流，知則善於統禦。舍物，則理亦無所矣，又何格哉！病於言物者，好奇之士，好言耳目之所不及，附會其說，甚則構虛駭人；其拘謹者，斤斤耳目之前，外此則斷然不信。其蔽均也。（《物理小識·總論》）
一者對親身見聞之外的東西疑而不信，另一者認識不到一般理論對具體見聞的依賴關係。這二者一可謂鑿實，一可謂逃虛，對全麵透徹地把握具體事物及其道理都有弊害。
根據以上認識，方以智對當時耶穌會士傳入的自然科學知識有所批評。他說：“萬曆年間，遠西學入，詳於質測而拙於通幾；然智士推之，彼之質測猶未備也。”（《物理小識·自序》）當時傳教士一般來說掌握了西方較為先進的科技成果，他們所譯述的，除了極少數外，是能代表當時西方科技水平的。傳教士譯介的西方學術著作方以智讀過的有數十種。他大概沒有讀多少傳教士介紹天主教義的著作。即使讀過，在才高誌遠的方以智看來，傳教士宣傳天主教義的那些充滿神學獨斷的著作，比起當時中國哲學達到的水平，是顯得幼稚的。對方以智這樣的哲學大家來說，那些淺近的、為大眾說法的宗教小冊子中包含的哲學內容是貧乏的。所以方以智說西方人詳於質測而拙於通幾。此外，方以智是個在博物學上有很高造詣的人，就他對於實證知識的謹嚴態度和科學精神，就他對當時中國科學技術如天文曆法、樂律、醫學和機械方麵的成就的了解，得出西方“質測猶未備也”的結論也是有理由的。
(本章完)