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由於此事在國內外引起了強烈公憤，蔣介石恐怕事態進一步擴大，故兩次給武大教授會萬主席回電，被迫撤銷了武漢警備司令彭善的職務。6月4日，國民黨當局迫於政治與社會壓力，釋放了被捕師生。
此日，武漢大學“六一慘案”善後委員會召開聯席會議，決定在校內體育館側建築一座“六一紀念亭”，將三位同學殉難經過刻寫成碑文，並燒製瓷像（或銅質浮雕），以保永久性紀念。
6月16日，清華大學在大禮堂舉行追悼會。在三具令人慘不忍睹的屍體畫像兩邊有一副對聯：“主子提供達姆彈，奴才充當劊子手”。上邊的橫批字體格外巨大：“黨國所賜”。
祭壇兩側的牆壁上，掛滿了許多學生社團撰寫的挽聯：
屠夫斷頭日；烈士含笑時。
血，洗清眼睛；血，照亮大路；血，教訓未死；血，灌溉方生。
又是一筆血債；留待一起清算。
死了的，安息吧；傷了的，仇恨在生根。活著的，戰鬥在繼續！讓血，清算血債！讓死亡，迎接新生！
6月22日，武漢大學舉行追悼六一慘案死難烈士大會。次日為死難者出殯，在武昌、漢口市區抬棺遊行。三烈士安葬在張家山。1955年，因張家山新建大學，故將靈中的遺骨取出，在寶塔寺火化後，移送武漢九峰山石門峰安葬。
1947年11月，武大校園內的“六一慘案”紀念亭建成。此亭坐北朝南，邊高6．5米，六角地尖頂，翠瓦飛簷，有6根朱漆圓柱支柱。亭內立紀念碑，碑為麻石基座，高1．9米，碑正麵刻“六一”紀念碑記，背麵刻有“死難三學生傳”。
碑記和傳文均是由時任武大中文係講師、35歲的李健章用文言文撰寫。為不使國民政府當局看出其中的悲憤之情和暗示之語，故寫得很含蓄、簡約。碑記曾拿到校務會議上傳閱，稍作修改即獲通過。
直到中華人民共和國成立後，1951年4月22日，製造六一慘案的主犯裕昆、郝釗、牛俊斌、楊漢頤、胡揮血等11人被執行死刑。學校重修紀念亭時，根據李健章的要求，將碑記中當時為避免政治風險而補加的“事既震驚海內外，而樞府旋亦繩始禍者以法”兩句刪去。後來，江城不少小學生的少先隊入隊儀式即在此舉行。
在“六一慘案”原址老齋舍旁亦置有紀念碑。並在當年死難學生流下的血跡處，專門按血跡原狀鋪成紅色，以示銘記。
後來，武漢市政府劃定“六一慘案”曆史文物保護範圍：遺址以圖書館和男生寄宿舍以及宿舍前道路為保護範圍；紀念亭以台基四周20米為保護範圍。2001年，紀念亭隨武漢大學早期建築成為全國重點文物保護單位。
武大進步師生還在1948年5月自發創辦了“六一圖書館”，館藏各類進步圖書近萬冊，均為師生自動捐助。學生推選曆史學家梁園東教授兼任“六一圖書館”館長。1951年11月，“六一圖書館”的藏書歸並到武漢大學圖書館。
5、1949年：兩岸分流
或登台重建，或留陸調整
兩岸清華校長梅貽琦
北京輔仁大學舊址
原北大代理校長、台灣大學創始人傅斯年
上
1949年國民黨政府遷往台灣後，主要有22所大陸大學在台複校。如：
台灣大學，實際上就是原北京大學的師資。
（新竹）清華大學，留在大陸的仍叫清華大學。
（新竹）交通大學，留在大陸的即今之上海交通大學、西安交通大學等校。
中央大學，留在大陸的則叫南京大學。
中山大學，留在大陸的也叫中山大學。
輔仁大學，留在大陸的並入北京師範大學。
東吳大學，留在大陸的即今之蘇州大學。
政治大學，其前身為1927年中國國民黨在南京成立的中央黨務學校。
黃埔軍校，即中華民國陸軍軍官學校。
國民黨退到台灣，主要帶走了清華、交大、中大、北大4所大學的大部分教師，組成後來的台灣清華大學（原清華校長梅貽琦）、交通大學（原交大校長淩宏勳）、台灣大學（原北大代理校長傅斯年，他還繼續兼任曆史語言研究所所長）、中央大學（1962年才在台複校）。許多年來，台大、清華、交大的實力一直都非常強。