與此同時，土耳其人正入侵匈牙利。1526年，他們打敗並殺害了匈牙利國王，占據布達佩斯。1529年，蘇裏曼大帝幾乎占據了維也納。皇帝大為擔憂，傾全力來驅趕土耳其人。但是他發現，即使強敵壓境，他所遇到的最大困難仍是使德國諸王侯團結起來的問題。在一段時間裏和弗朗西斯一世很難和解，一場新的法蘭西戰爭爆發了。到1538年，查理占領了法蘭西南部後，才使他的對手轉變態度。於是，弗朗西斯和查理建立起了反對土耳其的聯盟。但是一些擁護新教的王侯們，即決心和羅馬決裂的德國王侯們，結成了施馬爾卡爾登同盟，共同反對皇帝。查理不得不放棄將匈牙利變為基督教國家的想法，集中精力解決德國內部爭鬥。他明白，這些鬥爭僅僅是戰爭的開端。這是一場戰爭，是各個領主為了權力所進行的激烈的無理智的爭吵，時而爆發為戰爭和破壞，時而又隱藏起來搞陰謀和外交；這種鬥爭就是王侯政策的“蛇袋”，它將不可避免的滾落到19世紀，一次又一次的消耗和分裂中歐。
查理皇帝似乎沒有抓住在這些危機中起作用的重要因素。就他所處的時代和地位來說，他是個了不起的人物。但是，他似乎把將歐洲撕裂成戰爭的碎片的宗教紛爭完全看作是真正的神學上的分歧，故多次召開各種會議，試圖對其進行調解，也嚐試過發布告書和聲明。研究德國曆史的學生必須詳細了解紐倫堡的宗教合約，雷拉斯堡的議會決議案，以及奧格斯堡臨時和約等文件。這裏我們隻是提到這位盛極一時的皇帝煩惱生活的一些細節。事實上，歐洲的各種諸侯和統治者，幾乎沒有一個在行動上是有誠意的。世界上廣為擴展的宗教糾紛，平民對於真理以及社會正義的渴望，當代知識的擴展，所有這些僅僅是諸侯外交的想象中的反駁理由。英王亨利八世以一本反對異端的書開始了他的政治生涯，他被教皇授予“信仰守護者”的稱號。他愛上了一個名叫安娜·博林的少婦，急著想和他的第一個妻子離婚；他還想奪取英格蘭教會的巨額財富，於1530年加入新教諸侯的行列。瑞典、丹麥、挪威都已站到新教的一邊了。
德國的宗教戰爭開始於1546年，即馬丁·路德去世後的幾個月。我們沒有必要講述戰爭的詳情，新教的薩克森軍在洛肖遭到了慘敗。皇帝剩下來的主要敵人——黑森的菲利普，也因犯了背叛信仰一類的罪而被捕入獄。土耳其則以每年向他進貢為條件退兵。1547年弗朗西斯一世逝世，皇帝如釋重負。因此，到1547年為止，查理進行了某種安排，並為使未取得和平的地區實現和平盡了自己最後的努力。1552年，整個德國又陷入戰爭，查理從因斯布魯克逃出才免於被俘。1552年，伴隨著帕紹條約的簽訂，開始了另一個不安定的平衡局麵。
這就是查理統治32年間的政治概況。研究歐洲的全部思想如何集中在對歐洲霸權的爭奪上，是一件很有趣的事。無論是土耳其人、法國人、英國人還是德國人都還沒有在美洲大陸上發現任何政治上的利益，也沒有意識到通往亞洲新航線的重要性。美洲大陸上大事不斷；科爾特斯僅率領少數人，就替西班牙征服了新石器時代的墨西哥帝國，皮薩羅越過巴拿馬海峽（1553年），征服了另一奇異的土地秘魯。但是這些事情對歐洲人來說，僅僅是表明流入西班牙國庫大量有用的白銀。
帕紹條約簽訂以後，查理開始產生一些奇特的想法。對於他的帝國的成就，他感到徹底厭倦，不再抱有幻想。他產生了對歐洲對手的不可遏製的煩躁。他的體質天生不好，天性懶散，並大受風濕之苦。他決定退位。他把全部的德國統治權交給他的弟弟費迪南德，西班牙和荷蘭則傳給了兒子菲利普。然後，他懷著莊嚴的理想，到於斯特修道院中過起了隱居生活。該修道院位於塔古斯河穀北麵，一個橡樹和栗樹包圍的小山中。1558年，查理死在這裏。