在德意誌，反對教會的中堅人物是馬丁·路德（1483年－1546年）。他以前是修道士，1517年曾在維登堡對各種宗教教義及儀式進行辯論。最初，他以學者的方式用拉丁文辯論。後來他采取了印刷品這種新武器，用德文寫作，在民眾中深遠廣泛的傳播他的見解。雖然有人試圖像迫害胡斯一樣迫害他，但由於印刷品的發展已經改變了現狀，他在德意誌王公貴族中有大量的公開或秘密的支持者，因此，他幸免於難。
在這個思想混亂、信仰薄弱的時代，許多統治者認識到了切斷他們的人民與羅馬宗教聯係的好處。他們追求使自己個人成為更民族化的宗教的領袖。英格蘭、蘇格蘭、瑞典、挪威、丹麥、德國北部和波希米亞相繼從羅馬教會中分離出來。從那以後，這些國家一直維持著自己的獨立。
但這些君主並不注重其臣民的道德和理智的自由。他們利用人民對宗教的懷疑和起義來鞏固他們對羅馬的反抗，然而一旦這種分裂實現了，建立了在王權控製下的國家教會，他們立刻就想控製這種民眾運動。但是耶穌的教誨——直接呼籲正直，並且人的自尊超越任何的忠誠和服從，無論是世俗的還是教會的——總是有一種奇妙的生命力。所以，從羅馬分裂出來的王權教會又分裂成許多更小的教派，而所有的這些教派無一例外，都不允許王侯或教皇幹涉自己與上帝之間的關係。例如，在英格蘭和蘇格蘭，有一些教派恪守《聖經》作為其生活及信仰的唯一指導。他們拒絕國家教會的戒律。在英格蘭，這些持不同意見者被稱作“非國教徒”，他們在17、18世紀的國家政治生活中扮演了重要的角色。他們反對王侯擔任教會的領袖，甚至在1649年把查理一世推上了斷頭台，英國在“非國教徒”共和製的統治下，維持了11年的繁榮。
北歐脫離拉丁基督教會的運動，就是普遍所稱的“宗教改革”。羅馬教會的這些失敗所產生的震撼和壓力，在其內部產生了同樣巨大的可能變化。教會被改組，一種新的精神注入到它的生命當中。在這場複興運動中，領袖性的人物之一是一個年輕的西班牙戰士，伊尼格·洛佩斯·德·雷卡爾德，世稱洛約拉的聖·伊格納休斯。在早期一段帶有傳奇色彩的經曆之後，他成了一位教士（1538年），並獲準創立“耶穌會”，試圖將軍事領域中慷慨和俠義的傳統引入到宗教服務當中。耶穌會成了曆史上偉大的教導和傳道的團體之一。它將基督教帶到了印度、中國和美洲，阻止了羅馬教會的迅速解體；它提高了整個天主教世界的教育標準；提高了天主教徒的知識水平，喚醒了各處天主教徒的良心；它也刺激了歐洲的新教徒們在教育事業上更加努力。我們今天所知的那充滿生氣富於奮鬥精神的羅馬天主教會，大多是這次耶穌會複興的產物。