此後，蒙古人就集中力量征服亞洲。到13世紀中期，他們已經征服了宋國。1251年，蒙哥繼窩闊台成為大汗，任命他的弟弟忽必烈汗統治中國。1280年，忽必烈汗正式登基成為中國的皇帝，建立了元朝，其統治一直持續到1368年。當宋朝的最後的殘餘力量在中國衰落的時候，蒙哥的另一個弟弟旭烈兀正在征服波斯和敘利亞。當時蒙古人很仇視回教徒，他們攻陷巴格達後，不但大肆屠殺居民，而且毀壞了蘇美爾人從遠古以來就保存下來的使美索不達米亞地區繁榮昌盛、人口豐富的灌溉係統。從那時起，美索不達米亞就成為一片荒原，人煙稀少。蒙古人沒能進入埃及；1260年，埃及的蘇丹在巴勒斯坦徹底擊潰了旭烈兀的軍隊。
從這次戰敗以後，蒙古軍勝利的大潮開始退潮了。大汗的領土分裂為幾個國家。東方的蒙古人像中國人一樣，成為佛教徒；西方的蒙古人則成為回教徒。中國人於1368年脫離元朝的統治獨立，建立了明朝。其統治從1368年一直延續到1644年。俄羅斯人仍向東南原野的韃靼遊牧民進貢，直到1480年，莫斯科大公拒絕履行這一義務，奠定了近代俄羅斯的基礎。
14世紀，在成吉思汗的後裔帖木兒的領導下，蒙古人的勢力出現了一次短暫的複興。他占領了西土耳其，於1369年接受大汗的封號，並征服了從敘利亞到德裏的大片土地。他是蒙古征服者中最殘忍和最具破壞性的一個。他建立的帝國也隨著他的死而宣告結束。然而，1505年，帖木兒的後裔、冒險家巴貝爾組織了一支炮隊，揮軍侵入印度平原。他的孫子阿克巴（1556年－1605年）完成了他的征服行動。這個蒙古的王朝（阿拉伯人稱其為莫臥兒王朝）便以德裏為都，統治著印度的大部分地區，直到18世紀為止。
13世紀蒙古人第一次大舉遠征的結果之一，就是把一個土耳其部落——奧斯曼土耳其，從土耳其斯坦趕到小亞細亞。他們在小亞細亞擴張和鞏固自己的勢力，渡過達達尼爾海峽，征服了馬其頓、塞爾維亞及保加利亞，直到最後使君士坦丁堡成為奧斯曼統治範圍中的一個孤島。1453年，奧斯曼蘇丹穆罕默德二世調集了許多炮兵，從歐洲一側進攻並最終攻占了君士坦丁堡。這使整個歐洲都為之震動，大家都在討論重組十字軍，但是十字軍的時代已經過去了。
16世紀，奧斯曼蘇丹征服了巴格達、匈牙利、埃及和北非的大部分地區。他們的海軍使他們成為地中海地區的海上霸主。他們差點攻陷維也納，並強迫羅馬帝國向他們納稅。15世紀隻有兩件事可以稍微抵消基督教國家普遍衰落的現象：一是獨立的莫斯科公國的複興（1480年）；另一個是基督徒漸漸恢複了對西班牙的統治。1492年，西班牙半島上最後一個穆斯林國家格拉納達終於落入阿拉貢國王費迪南德及他的皇後卡斯提爾的伊莎貝拉之手。
然而，直到1571年，在勒潘多海戰中，擊碎了奧斯曼人的傲氣，基督教徒才重新奪回了地中海的統治權。