11世紀，幾乎每一個拉丁基督教國家的曆史都呈現著同樣的情形，即國王與教皇為了聖職任命權而彼此鬥爭，並且往往是教皇獲勝。教皇宣稱他有權解除王侯的教籍，有權解除其臣民對他們的忠誠，有權承認繼任者。他聲稱有權對一個國家行使禁行聖事令，這樣，除了洗禮、按手禮和懺悔禮外，幾乎所有的宗教職能都將停止；牧師們不能執行日常的各種禮拜，不能主持婚禮和葬禮。有了這兩種武器，教皇才能在12世紀鎮壓大部分不服從的王侯，恐嚇大部分動亂的民眾。這些是非同尋常的權力，隻能用於特別的場合。但教皇們濫用了它們，使其失去了作用。在12世紀的後30年中，蘇格蘭、法蘭西及英格蘭都先後被行使了禁行聖事令。而教皇們也難以克服向冒犯自己的王侯派遣十字軍的誘惑——直到十字軍精神從此消失。
如果羅馬教會僅僅與王侯做鬥爭，而注意保持對大眾思想的控製，它可能會得到對整個基督教世界的永久統治。但是教皇的高貴權力，反映在牧師們的行動中，就是傲慢。11世紀前，羅馬的神父可以結婚，他們與周圍的民眾有著密切的聯係。實際上，他們就是人民的一部分。格列高裏七世要求他們獨身；他原是想要割裂神父與普通教民之間的過於親密的聯係以使他們更接近羅馬，但事實上，他造成了教會與民眾之間的隔閡。教會有自己的法庭，不單是涉及到神父的案件，連涉及到修道士、學生、十字軍人、寡婦、孤兒和無助者的案件，都要由宗教法庭審理。同樣，所有有關意誌、婚姻、誓約等事件，以及巫術、邪說、瀆神案件，也由它來審理。當世俗人員發現他和神職人員發生了衝突時，他隻能交由宗教法庭。戰爭時期與和平時期的義務都落在老百姓的身上，而神職人員卻自由自在。毫無疑問，在基督教世界中，嫉妒和憎恨會與日俱增。
羅馬教會似乎從未意識到它的力量建立在公民的良心上。它攻擊人們的宗教熱情，這本應該是他該聯合的，它還用正統的教義壓製那些誠懇的疑問和迷惑的見解。當教會幹涉道德問題時，民眾會站在他一邊，但當它幹涉教義時，民眾就不會這樣做了。在法蘭西南部，沃爾多教導人們應該在生活和信仰上恢複耶穌的樸素，但是教皇英諾森三世卻因此召集十字軍討伐沃爾多的追隨者——沃爾多教派，企圖用火、劍、汙辱和最殘忍的刑罰使之屈服。後來聖·方濟各（1181年～1226年）也教導人們以基督為榜樣，過清貧和為人民服務的生活。但他的追隨者團體——方濟各會教徒，也被迫害、鞭笞、監禁和被迫解散。1318年，有四個方濟各派教徒被活活燒死。另一方麵，聖·多米尼克（1170年～1221年）建立的多明我會狂熱的正統信仰秩序卻得到了英諾森三世的支持。在多明我會的幫助下，教皇設立了宗教裁判所，以迫害異教徒，禁錮人的自由思想。
這樣，教會通過過度的索取，不正當的特權和一種不合理的偏見，破壞了作為它所有力量的最終源泉的普通民眾的自由信仰。教會勢力的衰落，並非是由外來的勁敵造成的，而是它內部日益加劇的腐敗導致的。