在1977年至1991年間，學校的各項工作走上了正常的發展軌道，在改革開放中全麵穩步發展。與新時期高等醫學教育發展要求相適應，黨政機構逐步健全，教學工作不斷開拓進取，積極發展對外交流，強化後勤、基建管理，麵向經濟建設進行科技開發，思想政治教育銳意創新，取得了一係列可喜成績。
1977年恢複了高等學校統一招生考試製度，要求考生必須具有高中畢業和同等學曆文化水平，通過統一入學文化考試，由學校以德、智、體全麵衡量，擇優錄取。1981年國家頒發了“中華人民共和國學位條例暫行實施辦法”，規定高等學校本科學生完成教學計劃的各項要求，學業成績優良者，授予學士學位。
同年，山東醫學院醫學係恢複招生，學製5年。山東醫學院自1977年後除設有本科醫學、藥學專業外還設有口腔、衛生專業。1985年又增設護理學專業。學製均為五年（藥學專業四年），在醫學專業中，1979年經衛生部批準，山東醫學院設立英語醫學班。學製為六年（1988年改為五年），1988年經國家教委批準試辦七年製臨床醫學本科碩士生班。
為保證教學質量，衛生部於1978年1月頒發了高等醫學院校醫學專業教學計劃（試行草案），遵照衛生部計劃，製訂了山東醫學院各專業教學計劃。醫學專業由23門課程增加為30門課程，學時由2617增加為3467學時。畢業實習安排在縣級以上醫院進行。
根據中共中央和中共SD省委的有關指示精神和工作部署，
學校重抓規章製度建設，恢複了過去一些行之有效的管理辦法，製訂了各職能機構的職責範圍，實行考勤，進行了“三定”（即定規模、定任務、定編製）。總務後勤設備、圖書館等工作在為教學科研第一線服務的思想指導下，克服重重困難，保證了教學、科研的物資設備供應，改善了教師的生活、學習、工作條件。
多學科、多層次、多種形式辦學
1985年在山東醫學院發展的曆史上是具有重要意義的一年，5月14日衛生部以(85)衛教科字第34號文批準學校更名為“山東醫科大學”，學校的更名說明了國家將賦於更重的任務，也意味著學校在發展上又進入了一個新的階段。
在學校更名的同年，增設了高級護理專業，至此學校有了臨床醫學、預防醫學、口腔醫學、藥學、護理學5個專業，有碩士研究生、博士研究生，有本科生、專科生；有夜大學、函授大學；1988年學校又增設了七年製（臨床醫學）專業，學校成了一個多學科、多層次、多種形式辦學的綜合性醫科大學。
為適應這種形式，在機構設置上也發生了變化。如職工教育辦公室於1989年撤銷成立成人教育處，負責管理夜大學、函授大學、專業證書班及進修班等。研究生科從科研處分出成立了研究生部。此外還成立了基建處，第二附院籌建處和外事處等。根據學校工作的需要，截至1990年底，學校教學行政單位設有基礎醫學部、臨床醫學部、預防醫學係、藥學係、口腔係、護理係、圖書館、社會科學部等8個係級單位；行政管理機構設有校長辦公室、教務處、科研處、總務處、人事處、計財處、設備處、研究生部、成人教育處、學生處、外事處、科技開發辦公室、保衛處（公安處）、基建處、監察室、審計辦公室、實驗中心、二附院籌建處等18個處級單位；醫療機構設有附屬醫院、口腔醫院；黨委係統管理機構設有紀律檢查委員會、黨委辦公室、組織部、宣傳部、統戰部、老幹部處等部門；群眾團體設有工會和團委。