公元2167年，人類的科技水平已經達到極限，地球上的的資源已經無法滿足人類的需求。這時，人類將目光投向了宇宙。各國紛紛建造航空母艦去探索神秘的宇宙。
公元2180年，人類在月球上發現稀有元素。科學家給他命名為虛。
公元2200年，人類在火星上建立了第一個城市。人類由此進入星際移民。
公元2214年，人類在月球地下發現了一處神秘的遺跡，人們在遺跡裏發現了一塊石牌。
公元2215年，人類破譯出石碑上的內容，石碑暗示著世界將會毀滅。空間跳躍技術成熟，並廣泛應用。
公元3089年，發生了有史以來的第一次“星變”現象。造成了大量的傷亡，成為人類太空史上的噩夢。“星變”的誕生也預示著災難的開始，末日的降臨。
公元4162年，整個空間變得異常不穩定。大量的有生命星球被吞噬。宇宙中到處充斥著黑洞。人類陷入了絕望之中。有一部分激進分子開始掌握話語權，提議“方舟計劃三”。通過“方舟”進行時空穿越，回到過去改寫曆史。
公元4170年，人類放手一搏建造的“方舟三號”完成，在啟航前，把整個曆史和已掌握的知識輸入索引，稱為“天書”。最後的希望也消失在黑洞之中，下落不明。
人類的曆史終結。
數萬年後，新的地球產生，承載希望的方舟降落在這新的世界上。重新建立新文明。
但，災難並沒有結束，這一切隻是個開始。