馮桂芬認為，對外無論“和”或“戰”，都應根據實際情況而定，並非戰就一定是愛國，和就一定是賣國。該戰而和，該和而戰，才是真正的誤國誤民。他還提出了“以夷製夷”的思想，聯合可以講理的國家，孤立、製約不肯講理的國家。這種外交思想，在中國朝野聚訟不已，長期沒有達成共識。後來出現的所謂“清流”與“濁流”之爭，其思想脈絡，可追溯至此，而李鴻章一生毀譽紛爭不定的症結，亦在於此。
當時中國嚴重缺乏外交人才，馮桂芬嘲笑那些自稱辦夷務的人：“今之習於夷者曰‘通事’，其人率皆市井佻達遊閑，不齒鄉裏，無所得衣食者始為之。其質魯、其識淺、其心術又鄙，聲色貨利之外，不知其他，且其能不過略通夷語、間識夷字，僅如貨目數名與俚淺文理而已，安望其留心學問乎？”李鴻章看到這段文字時，聯想起他所厭惡的吳煦、楊坊等人，亦當發出會心的微笑。
為了解決這個問題，馮桂芬又建議：“今欲采西學，宜於廣東、上海設一翻譯公所，選近郡十五歲以下穎悟文童，倍其廩餼，住院肄業，聘西人課以諸國語言文字；又聘內地名師，課以經史等學，兼習算學（注，一切西學皆從算學出，西人十歲外，無人不學算。今欲采西學，自不可不學算。或師西人，或師內地人之知算者俱可）......由是而曆算之術、而格致之理、而製器尚象之法，兼綜條貫。輪船、火器之外，正非一端。”①
他的這個提議，得到朝廷的積極回應，特別是得到慈禧太後和恭親王奕？的支持。同治元年（1862）七月，北京成立京師同文館，開始招收滿族子弟，培養翻譯人才。馮桂芬對李鴻章說，廣州和上海也有“通事”，但大都是井底之蛙，束教管聞，素質低劣。洋人擅長測算之學、格物之理、製器尚象之法，無不專精務實，中國目前翻譯的書籍，隻是九牛一毛，應該把外國的書全部翻譯過來。
李鴻章深以為然，同治二年（1863）正月二十二日，他奏請在上海、廣州兩地設立同文館，兼收滿漢子弟。這份奏折就是由李鴻章委托馮桂芬起草的，並擬定了十二條章程，規定選擇十四歲以下兒童入學，由洋老師授課，用中國品學兼優的舉貢生員教授文藝、經、史等。學期三年，畢業後通過督府考試，可成為縣附學生。年輕、聰穎、自願入學，且有初級功名如候補、佐貳等的官員，亦可參加學習，畢業後可酌情給予升級。最後朝廷批準招收四十名學生，聘請兩名英國學者為教師，四名中國教習，一名總教習，教授經、算、史、辭章等課程。畢業後考試合格者可以作為附學生，或送到各衙門充當翻譯。
李鴻章把馮桂芬放到最早一批奏調入幕的人才名單中，顯然是因為他們兩人思想上有許多相通之處，李鴻章想在政治、經濟、外交等各方麵有一番大作為。四十歲到來的這一年，是他躁動勃發、出現前所未有的高潮的一年。
①馮桂芬《校邠廬抗議》，上海書店出版社，2002年。
由於戰亂，上海的厘稅有所減少，但湘軍、淮軍和常勝軍卻在不斷擴張，日費萬金，羅掘俱窮。為了爭奪軍費，李鴻章與吳煦之間的矛盾日益尖銳。七月間，李鴻章給曾國藩寫信說：“外國防費及炮勇、華爾所部口糧，月需十數萬，從前稅款尚不敷用，來日大難，不知何以為計。鴻章所統水陸及滬鬆裁剩兵勇，專指厘捐，向來所入月十餘萬，商怨沸騰。鴻章力求核實，月入或稍增加，遑恤人言。吳道仍欲抽作洋兵之用，鴻章每堅持拒之，若稍放鬆，滬軍斷難存活。米價十餘千一石，水陸各營月須六千石。在陳之厄，吾師能代為設法否？”①
李鴻章陸續把心目中的正派人士調到上海，就是為了多布棋子，多圍真眼，準備對江蘇的吏治來一番大掃除。他看準了，要整頓吏治，必須從扳倒吳煦入手；要扳倒吳煦，必須從查賬入手。吳煦一直把滬餉的細賬捂得死死的，誰也不準看，李鴻章愈發斷定裏麵有鬼。某日夜晚，李鴻章沒打招呼，便單人匹馬，踏月直赴吳煦道署。吳煦倉促出迎，兩人說了幾句閑話，李鴻章忽然不經意地問道：“我忝為巡撫，而此間所收稅厘確數，尚未周知，聽說你有簡明計簿，可否借我一看？”
吳煦一時想不出什麼托詞，隻好取出十幾本給他看，以為他來做客，一時半會兒也看不了多少。李鴻章翻翻說：“當尚不止此。”吳煦又取出幾本，李鴻章又說：“還有。”如是者再三，李鴻章起立說：“此事條目繁重，非今夕所能看完，我將帶回去細看。”沒等吳煦反應過來，他已從懷中取出一塊包袱布，把賬簿統統包起來，然後一揖而別。吳煦措手不及，眼睜睜看著李鴻章翻身上馬，揚長而去。