由於禁忌魂導器，能夠一擊毀滅一個大陸的天使之光的誕生，人類的自信心膨脹到了極點開始主動打破人類與魂獸的和平，甚至妄圖登上天空之城進行屠神壯舉。
然後，人類所依仗的各種超級魂導科技包括被天使之光、超神機甲、星空戰艦在內被一個赤手空拳的人類魂師或者說神靈隨手一掌盡數擊破。
這個時候人類終於清醒了過來，再次意識到了魂師的強大，於是放棄了戰爭魂導器的繼續研發，轉而開啟了造神計劃。
而那個一巴掌將走錯了路的人類拍回正規的新晉神靈，名為帝釋天。畢業於大陸第一學院史萊克學院，入學時潛力值達到了前所未有的四千，覺醒的武魂是金眼黑龍王。
在成神之後並沒有馬上飛升神界，反而在武魂帝國和星鬥大森林之間建立了人類與智慧魂獸和平相處的黑龍帝國。
許多達到十萬年以上的魂獸化為人形都加入了黑龍帝國，甚至有不少化形後的魂獸與人類結合留下了後代。
這些擁有超級魂獸血脈的後代每一個的初始潛力值都超過五百以上，之後更是誕生了一大批的極限鬥羅，雖然沒有成神，卻也讓黑龍帝國的實力一舉達到了鬥羅大陸的巔峰。
而黑龍帝國的皇室正是帝釋天與一個化形魂獸的直屬血脈，再加上帝釋天飛升之前留下的修煉功法《九轉化龍訣》，幾乎每一代都會誕生至少一個極限鬥羅。
天空之城自那以後也徹底消失在了人類的視野當中，天使之神也再也沒有降下神諭。
這個時候，雅典娜也終於真正出世了。三大元神化身再次合一，帶著雪帝、冰帝、雅典娜、千仞雪以及夢想是當飯店老板娘的海神蛞蝓小藍一起離開了鬥羅世界前往新的世界。當然了，這個時候天珠變世界的劇情已近結束了。天命之子周維清的下場不用多說，原本屬於他的眾多女主也被做成標本收藏了。
之後三千年整個鬥羅大陸掀起了修煉熱潮，各種修煉功法層出不窮，一個個強者不斷湧現。
日月大陸還沒等靠近鬥羅大陸，為了獲得更大領土的武魂帝國，黑龍帝國以及星鬥大森林當中的超級魂獸建立的星鬥帝國便紛紛發兵強勢殖民。
最終日月帝國被武魂帝國和黑龍帝國瓜分，邪魔森林也成為了星鬥帝國的領土。
在兩塊大陸碰撞融合之後，天空之城連同天使之神不知所蹤，再加上魂師修煉體係上麵的分歧，人心的欲、望等等一係列因素，武魂帝國分裂為兩帝國。
整個人類也正好按照修煉體係分為了三大帝國。
主修精神力輔以魂導科技，追求極致破壞力以及靈魂成神的日月帝國。
主修肉身升華血脈，通過開發身體潛力達到肉身成聖的黑龍帝國。
以及一直堅持傳統武魂修煉的武魂帝國。
而史萊克學院則建立在這三大帝國之間，集合三大帝國的修煉風格，按照學生的天賦對於學生進行分類培養。初代史萊克七怪留下的七套藍銀戰衣進過數千年不斷采集數據自行進化，相當於七個半神級的存在，這也是史萊克能夠屹立不倒的資本之一。
六千年後，整個武魂星的陸地都已經被人類所征服。人類帝國開始將目光投向了魂獸帝國。
人類與魂獸的戰爭再次打向。
然而結果卻是人類帝國再次遭受打擊。
雖然人類經過萬年的發展傳承已經極為強大，尤其是日月帝國的最高科技結晶，又九架聯動魂導機甲組成的超神機甲軍團。
這些機甲每一架都有著媲美極限鬥羅的戰力，還可以進行合體組合為擁有半神戰力終極機甲。終極機甲甚至已經有了星際作戰的能力，再配合終極武器墮天使之光已經擁有的殲星級的戰力。
武魂帝國和龍神帝國也有著數位已經度過至少一重天劫的半神。