1823年，巴西帝國議會起草憲法，由三權分立作為基礎的憲法主張剝奪葡萄牙人的被選舉權，並限製皇帝的權利。佩德羅一世不滿這部憲法，於是派軍隊到場解散議會，並把首相澤·博尼法西奧·德·安德拉達流放。同年6月，佩德羅打算改寫憲法，以維護葡萄牙貴族及自身皇權作為方針。1824年，憲法出台，此部經修改的憲法比本來議會製定的憲法較能集中皇帝的權力。
在1824年中期，東北六省的共和派不滿專製的統治，因此發起了叛亂，宣布各省脫離巴西獨立。以伯南布哥省為中心的叛亂者組成了“赤道邦聯”，並在伯南布哥首府累西腓組織臨時政府，欲脫離巴西帝國獨立。佩德羅於是派兵鎮壓叛亂，翌年3月處死叛亂的策動者。
然而，葡萄牙殖民者離開以後，巴西卻要麵對鄰國阿根廷的影響。
1825年10月，巴西南部的西斯普拉丁省宣布脫離巴西並並入阿根廷，改稱烏拉圭，巴西隻得向阿根廷宣戰。可是巴西未能取得任何突破，而阿根廷國內出現分離主義者的運動，雙方隻好在1827年中期簽署草約，宣布烏拉圭仍為巴西領土。不久後，阿根廷再次對巴西用兵，翌年，巴西軍被驅逐，雙方於是簽署和約，承認烏拉圭為獨立國家。
在麵對阿根廷的戰爭期間，葡萄牙的若昂六世駕崩。作為長子的佩德羅一世便繼承其王位。可是，國內的人都不認同他兩國君主之身份，他隻好把葡萄牙王位讓給自己的長女瑪麗亞，由弟弟米格爾攝政。
1828年，米格爾篡位成為葡萄牙國王，佩德羅一世繼續管治巴西。
同年，烏拉圭得以獨立，而戰爭亦使得國內的經濟開始下滑，人民對佩德羅抱有怨言，巴西黑人亦開始爆發不同的起義。1831年，人們在首都裏約熱內盧爆發示威，緊接各地也出現不同的暴動。不久後，佩德羅一世被逼讓位於兒子佩德羅二世，返回葡萄牙。
1831年至1840年間，巴西帝國由三人攝政委員會理政，包括已回國的若澤·博尼法西奧·德·安德拉達。以輔佐年幼的佩德羅二世。在這幾年間，巴西境內開始出現不同的騷動及暴亂，如1832年在東北部的帕拉伊巴省及伯南布哥省就出現了示威的浪潮。其後數年，國內的形勢更加紛亂。1834年，安德拉達獨自攝政，但無法控製各省的混亂事件，因此，國家放寬各省自治權，令中央政府的權威大幅削減。
破衫漢戰爭在攝政委員會執政的年代，國內出現騷亂根本是屢見不鮮的事情。當中比較著名的有1835年1月，帕拉首府貝倫出現大規模暴動，政府軍派出軍艦鎮壓。九個月後，在南部的南裏奧格蘭德首府阿雷格裏港中爆發叛亂，領導者成功取得城市的控製權，反對帝製統治，打算建立一個行聯邦製的共和政體。政府軍隻好再派軍隊到當地掃蕩，展開為期十年的“破衫漢戰爭”。翌年，南裏奧格蘭德脫離巴西獨立，建立共和國。另外，在1837年，巴伊亞首府薩爾瓦多亦出現伊斯蘭教黑人起義，欲建立一個巴伊亞人的獨立國家。再加上1839年馬臘尼昂的市民起義，都令政府軍措手不及。然而，這些動蕩不安顯示出各省對祖國的不滿及對立，這個現象更一直延續到下一個世紀。
即使政府對各省的叛亂加以鎮壓，但政府卻無力進一步加強對各省的控製。為了挽回局勢，在1840年間，帝國議會漠視攝政委員會的休會法令，再次召開議會，並谘詢小佩德羅登基的意願。其後，小佩德羅同意登基，並於次年7月18日即位，恢複皇帝的統治，以回複國家的統一、和平及繁榮。