“加賀”號航空母艦在短短的幾分鍾之內就被摧毀了，在“赤城”號上的草鹿少將看到這樣的情景感到難以置信，可他卻忘記了美軍的轟炸機也正在向他的航空母艦撲來。一枚炸彈在航空母艦上爆炸了，火藥的閃光照亮了艦上的官兵，他們一個個呆若木雞地望著美軍投下的一枚接一枚的炸彈，這些炸彈相繼穿透甲板在艦體深處爆炸了。艦上的飛機和炸藥以及魚雷，在炮火的點燃下，也接二連三地爆炸了，把一塊塊的甲板炸到了天空之中。
草鹿少將見到如此可怕的情景，焦急地建議南雲忠一撤退，但是他的建議卻遭到了拒絕。眼看燃燒著的汽油漸漸流向下層甲板，機庫內的魚雷也爆炸起來，南雲忠一仍然不肯離開，草鹿少將隻得再次懇求道：“長官，我們大部分軍艦完好無損，請您務必指揮部隊。”
在大家的一致懇求下，南雲忠一隻得離開自己的旗艦，和他的幕僚們一同轉移到了“長良”號上。
在這場激烈的戰鬥中，美軍以14架飛機的代價摧毀了日本“加賀”號與“赤城”號兩艘航空母艦，但是戰爭仍然沒有結束。
就在麥克拉斯基率領隊伍攻擊南雲忠一艦隊的時候，由萊斯利少校率領的從“約克城”號航空母艦上起飛的17架俯衝轟炸機正在趕來。當他看到黑煙衝天的情景便連忙朝著日軍艦隊飛去，透過雲層，他看到了日本的“蒼龍”號和“飛龍”號兩艘航空母艦，於是立即下令全部隊伍投入進攻，所有的飛機都從高空猛衝而下。
一枚重達450公斤的巨型炸彈擊中了“蒼龍”號的甲板，接著又有兩枚炸彈擊中了“蒼龍”號，於是，這艘航空母艦一下子就被大火給包裹了起來，使得艦長柳本柳作大佐不得不放棄該艦。
從攻擊第一艘“加賀”號航空母艦開始，到第三艘“蒼龍”號航空母艦結束，戰鬥僅僅持續了八分鍾。三艘航空母艦轉瞬之間就變成了一堆烈焰騰騰的殘骸，並在隨後的一天之內相繼沉入海底。
如今，南雲忠一的艦隊隻剩下“飛龍”號航空母艦了，他們反擊美軍艦隊的希望也隻能寄托在它身上了。該艦的艦長叫山口多聞，他對飛行員們進行了訓示：“你們已是突擊艦隊的最後一批飛行員了。”
當大家聽到這個消息的時候，一個個都不敢相信，沒有想到準備尋殲的艦隊在幾分鍾之內就變成了一支尋仇的艦隊，他們將要為沉沒的三艘航空母艦報仇。
上午10時40分，18架轟炸機在6架戰鬥機的護航下，從“飛龍”號航空母艦上起飛，前往搜尋美軍艦隊。由於萊斯利少校率領的返航機群不小心被日軍飛機發現，於是，日軍飛機便跟蹤美軍飛機一路前行，一直跟到了弗萊徹將軍的旗艦“約克城”號的上空。
不過，美軍航空母艦的上空有12架戰鬥機在高空護航，當它們發現日軍飛機時，馬上衝向日軍機群進行攻擊，將日軍飛機擊落了六架。
雖然日軍飛機遭到了猛烈的攻擊，但是剩下的飛機繼續俯衝轟炸，投下一枚又一枚的炸彈，最後有三枚炸彈擊中了“約克城”號，一直穿透甲板在艦體內部爆炸，使得美軍傷亡無數。轟炸得心滿意足之後，日軍飛機終於返航了，一邊返航一邊向山口少將報告了轟炸的情況。
在日軍飛機離去之後，海麵上一片寧靜，漂浮著飛機的殘骸，“約克城”號還在繼續燃燒。不久之後，在全體船員的奮力搶救之下，“約克城”號上的火終於被撲滅了。值得慶幸的是，搶救過來的航空母艦不但能夠繼續航行，而且甲板上的飛機仍然可以起飛。
然而，一波還未平息，另一波又來侵襲，日軍發動了第二攻擊波的襲擊。十架魚雷攻擊機在六架戰鬥機的護航下飛奔而來，當它們看到還在航行的“約克城”號的時候，以為這是另外一艘航空母艦，所以便對它發動了猛烈的進攻，它們發射的魚雷擊中了航空母艦的各個部位，摧毀了艦上的全部功能。
“約克城”號搖搖擺擺，由一艘掃雷艦拖往珍珠港，然而又在6月6日的清晨被日軍潛艇發現了，不僅自身被兩枚魚雷擊中，就連護航的驅逐艦也被一枚魚雷擊中，驅逐艦當時就沉入了海底，航空母艦堅持到了第二天，最後還是被海浪吞噬了。
為了給“約克城”號報仇，美軍派出偵察機搜尋日軍艦隊，6月4日下午，一架偵察機發現了日軍艦隊，其中有日軍的“飛龍”號航空母艦。當這一消息傳到“企業號”航空母艦之後，斯普魯恩斯立即集結起所有還能作戰的飛機，向“飛龍”號奔去。