１９９９年
寫作《反美示威與新聞聯播》、《心、識、道》、《千年回望神與人》、《世紀末筆談》、《風激雲蕩滄海桑田——世界宗教百年回顧（之一）》、《中國宗教學百年》、《道生一，一生二，二生三？——宗教學百年鳥瞰》等文。夏天赴加拿大維多利亞參加“基督教哲學與中國宗教”學術討論會。秋天赴英國參加學術會議並訪巴黎和羅馬。《何光滬自選集》出版（廣西師範大學出版社，１９９９）。
２０００年
寫作《極端民族主義與基督宗教信仰》、《風激雲蕩、滄海桑田——世界宗教百年回顧（之二）》、《全球倫理：宗教良知的國際表現》、“ＴｈｅＲｅｌｉｇｉｏｕｓＳｐｉｒｉｔ：Ａ ＨｏｐｅｆｏｒＴｒａｎｓｎａｔｉｏｎａｌｉｓｍｉｎＣｈｉｎａＴｏｄａｙ”等文。主編《對話二：儒釋道與基督教》（社會科學文獻出版社，２００１年）。９月赴香港任浸會大學訪問學者。１２月赴得克薩斯州休士頓（Ｈｕｓｔｏｎ，Ｔｅｘａｓ）參加美國宗教科學學會（ＳＳＳＲ）與宗教研究協會（ＣＲＲ）學術會議。
２００１年
寫作《宗教、道德與愛的維度》、《愛、理性與正義——９·１１事件引起的思考》、《世界上最大的民族與最大的宗教之間的關係應該正常化——利瑪竇進北京在四百年後的意義》、《基督教研究對當代中國大學的意義——從紐曼的（大學理念）說起》、《關於基督教神學哲學在中國的翻譯和吸納問題》、《基督宗教研究對中國學術的意義》、《基督宗教與人文主義——從誤解走向對話》和“ＳｏｍｅＣａｕｓｅｓａｎｄＦｅａｔｕｒｅｓｏｆｔｈｅＣｈｒｉｓｔｉａｎｉｔｙ Ｕｐｓｕｒｇｅａｍｏｎｇｔｈｅ ＣｈｉｎｅｓｅＩｎｔｅｌｌｅｃｔｕａｌｓ”等文。６月赴法蘭克福（Ｆｒａｎｋｆｕｒｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）參加ＫｉｒｃｈｅｎＴａｇｅ活動，赴漢堡大學（ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＨａｍｂｕｒｇ）演講，參加Ｂｒｅｃｋｌｕｍ會議，訪問巴黎。參加香港浸會大學學術討論會。９月調到中國人民大學擔任宗教學教授。“９·１１”事件。９月在鳳凰衛視“世紀大講堂”演講並答清華大學學生問。１２月赴柏林參加“基督教哲學神學在中國”國際學術研討會。在香港《明報》發表《準宗教、偽宗教、新興宗教》。
２００２年
寫作《自強不息與道德自強——談談社會道德體係的重建》、《文明衝突還是文化盟約？》、《宗教之間的對話問題及其解決設想》、《基督宗教與儒教中的人性尊嚴——一個比較研究》等文。與方立天、卓新平、趙敦華談宗教研究（《中國宗教學研究的現狀與未來——宗教學研究四人談》，載《中國人民大學學報》２００２年第４期）。為任繼愈主編《２０世紀中國學術大典·宗教學卷》寫卷首條“宗教學研究”（福建教育出版社，２００２年）。答《中國教育報》記者問《國內社科學術著作為何缺少原創力？》（該報２００２年３月２４日）。主編《宗教學小辭典》（上海辭書出版社，２００２年）。６月赴都柏林（Ｄｕｂｌｉｎ）參加第三屆“歐洲中國普世會議”（ＴｈｅＴｈｉｒｄＥｕｒｏｐｅａｎＥｃｕｍｅｎｉｃａｌＣｏｎｆｅｒｅｎｃｅｏｎＣｈｉｎａ）並訪問英國。８月赴丹麥奧胡斯（ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＡａｒｈｕｓ）大學訪問兩月，完成Ｊ．Ｈ．Ｎｅｗｍａｎ校譯工作（紐曼著，高師寧、何克勇、何可人、何光滬譯《大學的理念》，貴州教育出版社，２００３年），訪問哥本哈根、哥特堡和斯德哥爾摩。１２月赴台北輔仁大學哲學係參加學術研討會。
２００３年
寫作《宗教的衝突？》、《中國傳統中的人文精神與宗教精神》、《文藝複興中的基督宗教與人文主義》、《宗教改革中的基督宗教與人文主義》。與專家討論《劣質譯著：我們遭遇另一種學術腐敗》（《中國教育報》讀書周刊）。發表《基督教神學哲學在中國的翻譯和吸納》（《世界宗教研究》２００３年第１期）、《基督教研究對當代中國大學的意義》
（《中國人民大學學報》２００３年第３期）、《在理論與製度之間》（《複旦學報》２００３年第４期）、《月映萬川——宗教、社會與人生》（中國社會科學出版社，２００３年）、《天人之際》