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所有能征慣戰的王爺死掉後，明朝的朝廷上出現了一個怪現象，那就是許多文人做了國防部長還有最高司令官。
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洪武三十年，朱元璋開始生病，次年閏五月，抱病而亡，皇太孫即位，號稱建文帝。
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建文帝采納齊泰、黃子澄的建議開始著手削減藩王的權力，七月，周、齊、代、岷諸王以罪被逮。十一月，朝廷命張昺、謝貴掌北平布政司、都指揮使司事。密旨伺察燕府動止。實際上是想束縛朱棣。燕王府葛誠投降，暗中向建文帝密報了朱棣私自屯兵之事。
次年三月，建文帝命宋忠屯開平，耿獻練兵山海關，徐凱練兵臨清，再調兵屯彰德、順德，以防燕王。四月，湘王柏被逼自殺，齊、代、岷王被廢為庶人，一時朝野震動。
七月，燕王終於采納了道衍和尚還有鄭寅等人的建議，殺張昺、謝貴等，奪北平九門，指齊泰、黃子澄為奸臣，援祖訓起兵，以僧道衍為謀士，稱“靖難”之師。朱允炆遣耿炳文為征虜大將軍，北伐燕軍。八月，燕師夜襲雄縣，殲耿部先鋒九千，複破耿炳文軍於真定。建文帝於是命李景隆代替了耿炳文，繼續北伐。十月，朱棣率師襲大寧、挾寧王，得朵顏三衛騎兵。
就在朱棣奔襲大寧的時候，李景隆曾圍困北平，徐妃娘娘、丁小乙還有平寧公主在燕京保衛戰中立下了汗馬功勞。恰逢王景弘從南方趕來，參與到了保衛戰之中，累遷至千總之職。
鄭寅先於朱棣回到北平，設伏於鄭村壩，燕王回兵至鄭村壩，被李景隆優勢兵力所困。鄭寅暗出奇兵，大敗李景隆，再次救朱棣於水火之中。
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再次年，建文帝以盛庸代李景隆率師伐燕。四月，敗李景隆、平安軍於白溝河。五月，圍濟南，山東參政鐵鉉固守，並敗燕軍，差一點砸死朱棣，朱棣隻好解圍撤兵。十二月，盛庸敗燕軍於東昌，張玉將軍戰死。朱能及鄭寅痛失大哥。
第三年，朱棣采用鄭寅的計策，放棄北方的李景隆、平安等將領所率的明軍精銳，反而從兩軍中間，迅速穿插向南，徑自撲向空虛的南京城。朱棣十萬騎軍，晝夜兼程，十數日之內，便已兵困南京。
第四年五月，建文帝詔天下勤王。齊泰、黃子澄再出餿主意，命慶城郡主到燕王那裏求情，答應割地請和。燕王箭已離弦，哪還有回頭之理？慶城公主複命不成。穀王、李景隆見大勢已去，開金川門迎接燕師。這個李景隆真是一塊“好料”，起先他鬧騰最歡，此時他投降最早。宮中火起，建文帝下落不明，燕王率師入京。建文帝的失蹤，成為鄭和第一次下西洋的最直接原因。
靖難之役結束。
七月，燕王登基，改建文年號，仍稱洪武三十五年，改明年為永樂元年。殺齊泰、黃子澄，族誅，殺方孝孺，滅十族。大殺“奸臣”，株連甚廣。詔一切複舊製，命解縉、黃淮、胡廣、楊絨、楊士奇、金幼孜、胡儼等入內閣予機務。
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這個方孝孺骨頭之硬實在讓作為將軍的李景隆汗顏，人家一個柔弱文人，不管你是火筷子捅，辣椒水兒灌，還是挖眼割舌，就是死不投降。不過鄭寅參加了庭審，對這個方孝孺卻討厭之極。他曾經勸過方孝孺，人家打仗是叔侄的家事，你跟著瞎攙和什麼呀？再說了，當初建文帝兵強馬壯的時候，你參謀參謀，沒準兒還能立個功，得上幾句褒獎，你也就是能得到幾句褒獎了，難道你還想升官嗎？再升你就做皇上算了。而今燕王已經主政，大勢已經改變不了了，你還這麼硬有什麼用？白白搭上一家老小的性命，你圖什麼呀？
可是老頭子自命清高，至死不屈，最後朱棣氣急了，說你再不投降，我就誅你九族。沒想到老頭子脖子一梗道：“你就是誅我十族，我也不投降。”朱棣聽了，冷冷一笑，道：“那好，朕就誅你十族。”你說方孝孺的學生招誰惹誰了，就被這老頭子一句話，也招致殺身之禍。