按當時的設想，學部的過渡期大約是一到三年，但一九五七年以後，這個工作實際上就停止了。在當時的構想裏學部就不是一個純粹的學術機構，而是一個領導機構。科學院在學部成立後的一個總結報告中明確指出：“至於院士製度實行後，學部委員製度仍可並行不悖，因學部委員的團結麵比院士更加廣泛，對團結全國科學家和溝通科學院與各部門之間的關係以及推動科學事業的發展都是有利的。”可以說學部不是一個純粹的學術機構。學部建立中一個值得肯定的思路是它保留了對原中央研究院製度中包括人文科學的理念。郭沫若在中國科學剛剛組建時的一次茶話會上特別強調：“我們所了解的科學是包含著自然科學和社會科學。”但在哲學社會科學的學部委員產生中，政治介入學術表現得特別嚴重。
比較一下就會發現，中央研究院和中國科學院學部在組成的理念上完全不同。中央研究院人文組的院士是二十八人，過了五年時間，中國科學院哲學社會學學部委員就成了六十一人，是過去的近三倍。除了時代轉換以外，學術並沒有發展，而學部委員的人數卻在激增。仔細觀察又會發現，學部委員名單中除了人數增加以外，更重要的是強化了人文學科的意識形態色彩。中央研究院人文組院士的構成中，除了顧及各學科的專業水平以外，一個明顯的特點是法學家在人文組院士中有較大比例，有王世傑、王寵惠、周鯁生、錢端升四位院士。到了學部委員時，這四位法學家中（王世傑、王寵惠去台灣）留下來的周鯁生、錢端升都沒有成為學部委員，也就是說，一九五五年科學院學部建立以後，代表中國最高學術水平的研究機關中，已經完全沒有法學的地位。
一般的理解是一九五五年學部建立的時候，中國已經取消了社會學和法學，所以原中研院院士陳達也不是學部委員。
現在我們至少可以這樣理解，一九四九年以後，中國法治觀念普遍淡薄，也沒有對法治的敬意。當時取消法學和社會學的一個理由是有了馬列主義，其他的知識體係就不需要了，這個判斷中隱含著對知識體係的無知和自負，也是一元化知識邏輯的必然結果。知識體係中取消了法學、社會學，學部委員中自然也就不可能再有法學家和社會學家。對法學和社會學的恐懼，可能還不僅僅是一個無知的問題，而是壟斷對所有複雜社會現象解釋權力的一種選擇，這也是專製社會對知識的一般態度，法學更不能例外。法國社會學家布迪厄對此有一個解釋：“社會科學即便僅僅描述事實與效果，即使僅僅揭示某些機製（例如製造Symbolique暴力的機製），它產生的效果也具有批判性。因此社會學的存在本身便是無法容忍的。任何專製政體從一開始便取締社會學。他們要求的是實用社會學，這種社會學有助於調解矛盾和衝突，有助於使統治合理化。”
一般社會科學的命運如此，法學的命運也就可想而知了。