另一個方向是哲學，科學從哲學中發展出來。起初哲學是不排斥宗教的。科學用疑問、懷疑、好奇和尋求解釋的努力來對待這些奧秘，因此它所采取的態度和宗教截然不同。在西方右位哲學家叫蘇格拉底，他們按可觀察到的自然力對這些奧秘尋求“自然”的解釋，從而為這一不同的方式開拓了途徑。
那麼科學有別於宗教和哲學及我們的儒學，有科學本身的一些特征。科學有解釋性、精確性、可檢驗性、可證偽性係統性、主體實際性和客觀真理性。
科學的解釋性就是說科學本身是一個係統，具有很強的整體性，在遇到一類問題時，我們可以運用科學來解釋。科學並不是知識的簡單的堆積，它提供一係列的概念，用這些觀念對科學事實進行解釋。科學常常把材料分為不同的類型或種類，如數學分了很多學科分支，比如高等數學、線性代數和概率論。科學不僅僅可以解決一個問題，而是要解決一係列的問題，可以說這是區分科學和非科學的一點。
科學的精確性是指科學可以明確的說明某一方麵的事物，並且是精確地，不是模棱兩可。超出其範圍的事物，有時它是沒有辦法解釋，就是科學是有一定範圍的。科學不接受任何模棱兩可的、有歧義的陳述。
我們所處的大地是一個圓球，稱為地球，天地之間天分為五層，對流層，平流層，中間層，熱層、外逸層，對流層高約三千丈，平流層高約一萬五千丈，中間層高約二萬四千丈，熱層高約二十四萬丈，外逸層高約九十萬丈，高出外逸層之外就是傳說中的天界，也就是外太空。脫離了地球引力，一切物體可以懸浮在空中，所以地球本身就懸浮在天界之中。圍繞著一顆恒星即太陽轉動，除了我們的地球外，還有七個行星在引力的作用下，跟地球一樣也在圍繞太陽轉動，地球自身產生的引力，讓我們看到了月亮，地球圍繞著太陽轉，月亮圍繞著地球轉，這就是引力的作用，水往低處流也是地球自身的引力作用，下雨也是引力的作用，東西總是從高處往下落也是引力的作用。
科學作為對事實的解釋並非籠統的、一般性的陳述，而是確定的、具體的命題，這些命題在可控的條件下可以重複幾次實驗的檢驗。一切的科學理論必須能夠經得住實驗的檢驗。所謂真金不怕火煉。科學的檢驗性其實蘊含著批判性，就是一切的科學理論都要經過檢驗批判，是一個去偽存真的過程，這就是科學的發展過程。
儒學帶給我們的道德倫理、家庭綱常、禮儀衛生等，儒家思想主張人性本善、修身齊家治國平天下、學問自用、自強不息。維護禮治，提倡德治，重視人治。它是我們傳統文化的重要代表之一，也是中華民族精神和文化傳統的重要組成部分。故而把儒學跟科學對立起來的論調可以休矣。
我們有了儒學為“仁”和“禮”，加上用科學的去偽存真之法做事，就會讓國家變的強大，讓百姓生活變好，讓軍隊戰無不勝，讓大明風調雨順。
章子俊很明白要讓此時的明朝人接受科學，就要把儒學捧起來，敬起來才行，要不然那些儒家的衛道士們，分分鍾就把科學給滅了。墨家、道家、法家就是一個很好的先例。
就拿儒家與墨家作一比較。墨家提出“兼愛”，這一觀念在肯定人道價值方麵，與儒家的“仁”具有相通之處，盡管“仁”基於親親之情，“兼愛”則並未賦予親親以優先性，後來的儒家學者（尤其是理學家）一再由此辨析“仁”與“兼愛”的差異，但在關切人這一點上，二者確實有一致之處。然而，墨家對“禮”總體上持批評態度，其“非樂”“節葬”的主張以及對“親疏尊卑”“昏（婚）禮威儀”（《墨子·非儒下》）等的抨擊，從不同維度體現了這一點。這種取向，具有重於“仁”而輕於“禮”的特點。後來的佛家在某種意義上也與墨家有相近之處，他們主張慈悲為懷、普度眾生，在這方麵與“仁”和“兼愛”並不相悖，但同時對“禮”所規定的倫理責任（包括家庭倫理）和社會義務（包括政治義務），則疏而遠之，從儒學的角度看，其中同樣蘊含有見於“仁”而無見於“禮”的趨向。
所以說章子俊最擔心的是科學帶來顛覆性打亂了儒家的“仁”和“禮”核心主張。也是章子俊所不能控製住的。