春、夏間，張獻忠回到陝南後與高迎祥會合，強手聯合，實力大增，兵力不下十四五萬人，乘勢攻下兩當、鳳縣，衝破洪承疇設立的防線，連克城固、洋縣、石泉、漢陰，進抵寶雞。這時，陳奇瑜得知後也跟著而來，兵馬隻有一兩萬。由於高迎祥是農民軍的盟主，也是最有實力的一支部隊。此時李自成、張獻忠都在他的麾下。所以，明政府將打擊目標集中在高迎祥身上。利用有利地形，將兵馬埋伏在興安之車箱峽。穀長40裏，山高險峻，四麵絕壁，道路崎嶇難行，易入難出。高迎祥喪失警覺，誤入車箱峽遭到明軍的堵截，人沒有糧，馬沒有草，饑餓難忍；又遇上連日大雨，弓矢受雨水浸泡後無法使用，麵臨全軍覆滅的困境。在這千鈞一發之際，高迎祥等采納顧君恩的建議，一麵以重賄買通陳奇瑜左右，使其放慢進攻速度，一麵以偽降騙取陳奇瑜的信任，向陳送去降表。陳奇瑜出入疆場，剿而無成，現在主動請降的使臣居然來到軍前，真是求之難得，立即應允，下令部隊停止追趕。高迎祥因此轉危為安，率部順利走出了車箱峽，等獲得主動權後，馬上殺掉陳奇瑜的安撫官50餘人，北走寶雞，繼續對抗朝廷。
七月，高迎祥、張獻忠在盩厔、戶縣會師，士氣旺盛。為了製勝官軍，高、張大造進攻西安的輿論，並擺出一副向西安運動部隊的架勢。三邊總督洪承疇不知虛實，命令部隊星夜馳救西安。農民軍則繞過西安不攻，向東挺進，破澄城，圍郃陽。明軍立即向東追來，農民軍又突然回頭向西，乘虛進入彬州（今陝西彬縣）、平涼地區，然後再掉頭攻打鹹陽。明軍跟在他們屁股後頭拚命追趕，拖得精疲力竭，農民軍又利用明軍貪財的弱點，故意將金銀財物拋棄在大路上，誘使明軍士兵搶奪地上的遺物，從而使農民軍在明軍的眼皮下安全地跳出包圍圈，走出陝西，到達河南靈寶。待官軍跟蹤來到河南時，農民軍掉頭向西，又回師陝西。
張獻忠采用機動靈活的戰術，忽東忽西，縱橫馳騁，牽著官軍鼻子走，在戰略上贏得了主動，在北至慶陽，西至平涼，南至周至，東至潼關的區域內神出鬼沒，明軍卻被拖得暈頭轉向，疲憊不堪。陳奇瑜施展的圍、追、剿、撫伎倆終歸破產，落得個削職問罪的下場。由於陝西的農民軍越剿越多，陝西巡撫練國事亦被撤職。十二月，洪承疇被提升為兵部尚書，總督陝西、山西、河南、湖廣、保定、真定四省軍務，並總督三邊如故。
洪承疇擢任後發出緊急命令，調集各省軍隊會集陝西。按照他的部署，河南軍隊從潼關、華陰北進，湖廣軍隊從商南、洛南北上，四川軍隊從漢中、興安北上，山西軍隊從韓城、蒲城東進。針對洪承疇的軍事行動，農民軍重新部署，搶先一步，在明軍尚未到達之前，於十二月底，分兵數路，移師出陝，聲勢浩大，前往鄖陽的有二十萬人，前哨報犯鄖津，而後隊未發漢南，連綿八百餘裏。明軍望風而退，不敢阻擊。到次年正月，各路農民軍全部出陝，並攻占了商南、內鄉、鎮平、唐縣（今河南唐河）、淅川、鄧州、南召、新野、南陽等廣大地區。張獻忠率部由盧氏進入河南，屯駐在嵩縣、汝州、偃師一帶。河南巡撫玄默難以應對，連連發出救援的呼籲。
明軍在各地戰場上的屢屢失敗，充分顯現出明政府軍事部署上的弱點。為此，朝廷下大力氣調整部署，從各地抽調更多的兵力來對付農民軍。早在上一年五月，洪承疇和練國事等督撫們就接連上疏，為缺兵缺餉叫苦。而今兵科給事中常自裕上奏朝廷，述說了當時河南的軍事形勢，說賊勢日重，已經形成十三家七十二營，有眾二三十萬人。這十三家是：老回回、曹操、革裏眼、左金王、改世王、射塌天、橫天王、混十萬、過天星、九條龍、順天王、高迎祥、張獻忠。他們屯聚在伊陽、嵩縣、南陽、洛陽之間，呼籲朝廷派遣大臣誓師，以救胸腹之患。為了除掉心腹之患，除調集各地鎮兵45萬人到河南外，又調西部邊兵25萬人，北部邊兵18萬人，還有關寧鐵騎2000人，又有真定標兵5000人，天津兵3000人，以及白香子羅壩寺司兵3000人，合起來72萬人，備餉786000兩，並發內庫銀20萬兩，齊赴督臣軍前。
各部明軍正在向河南聚集，來勢迅猛。張獻忠和高迎祥率軍南下，轉向明朝防備虛弱的東南地區，避實擊虛，迅速攻下固始、潁州（今安徽阜陽）、霍丘、壽州（今安徽壽縣），直向明中都鳳陽逼進。
(本章完)