在出發前，他告誡將士要注意兩件事:一是遇到明朝遣使求和的使臣，要對他們說你們有話應向我君王去說，我們隻有接到君王班師的命令才可退兵;一是如果遇上關內的農民起義軍，不要誤殺，以免結下仇恨。“如彼欲遣使見朕，即攜其使來。或有奏朕之書，爾等即許轉達來書來奏”，表明企圖爭取與農民起義軍聯合共同對付明王朝的願望。十一月五日、八日，清軍分別從界嶺口、黃崖口兩處進入長城，沿途明守軍幾乎沒有抵禦，如入無人之境。一晝夜向前推進百餘裏。警報傳來，明朝急調兵遣將增援，清軍已攻克薊州，分兵南下，一舉奪取臨清。然後兵分五路，直趨東昌、館陶，十二月八日，攻占兗州，明魯王朱以派被俘不屈，自殺。直到崇德八年(1643年)五月，才陸續從牆子嶺出關而歸。半年間，清兵縱橫馳騁河北、山東、河南三省，攻克三府，18州，67縣，共88城，俘獲人口369000人，牲畜321000餘頭，黃金12254兩，白金2205270餘兩，珍珠4440兩。
對明戰爭的節節勝利，使皇太極感到無限欣慰。就在清軍正在前線勝利推進的時刻，崇德八年(1643年)八月九日，皇太極終於因病在沈陽清寧宮與世長辭，享年52歲。後葬於昭陵，即今沈陽北陵，廟號太宗，諡為文皇帝。他用自己的畢生精力統一了北至外興安嶺，南至鴨綠江，西至蒙古，東及於遼的廣大地區，為清朝向關內發展，奪取全國政權奠定了基礎。
皇太極去世突然，生前對於皇位繼承沒有作出任何的表態與指示，這就必然要引發一場皇位繼承的激烈鬥爭。經過一番激烈紛爭之後，出現了一個妥協方案，由皇太極第九子年僅6歲的福臨繼承皇位，由叔父睿親王多爾袞、鄭親王濟爾哈朗為輔政王，攝國理政。崇德八年(1643年)八月二十六日，福臨即皇帝位於篤恭殿，接受群臣朝賀，頒詔大赦天下，宣布正式即位，以明年為順治元年。經過這次內部調整，關係理順，清朝內部統一，多爾袞繼續實施皇太極進取中原的戰略，開始了新的謀劃。崇禎帝的日子越來越不好過。