這套《萬國海律全書》乃是榎本武揚留學荷蘭的時候，經常放在手邊的愛書，他生怕五稜郭破，玉石俱焚，這套書也難逃被燒毀的下場，實在可惜，於是就送出城去，交到了黑田清隆手上。
這位黑田清隆在薩摩算是個舉足輕重的人物，當初薩長同盟，薩摩方最早的聯絡人就是他。在接到榎本武揚送來的書籍以後，清隆不禁陷入了深深的思索——早便聽聞這個榎本精通洋務，尤其對於海洋法有獨到的見解，乃是日本不可多得的人才，為了對德川家的無聊忠誠而死在這裏，實在太過可惜了……
大勢已定，共和國軍再如何頑強抵抗，也難逃敗亡的命運，五稜郭的陷落隻是時間問題而已，既然如此，黑田清隆就突然產生了說降榎本等人的念頭，留下他們一條性命，可以並肩開創日本的未來，豈不是好？然而兩軍交鋒之際，五稜郭大門關得死死的，得找個合適的人去穿針引線，才能開始勸降談判呀，找誰為好呢？
黑田清隆正在發愁找不到合適人選呢，突然部下前來稟報一件特別之事，一下子打開了清隆的思路，他高興地拍拍大腿：“好，就是此人！”
話得往前退幾個小時來說。且說青森軍攻入箱館城，到處搜殺共和國殘兵，找著找著，一群薩摩兵氣勢洶洶地闖進了箱館醫院。進了醫院一看，好嘛，敵方傷兵幾乎全躲在這兒呢，薩摩兵這個高興呀，掏出繩子來就要綁人。正當此時，突然一名穿著西洋白大褂的醫生越眾而出，雙臂張開，擋在了傷兵身前，並且大喝一聲：“他們都是我的病人，已非戰鬥人員了，你等豈可胡作妄為？！”
就這麼一聲大喝，救下了很多傷兵的性命，也使得黑田清隆注意到了這個名叫高鬆淩雲的外科醫生。高鬆淩雲本是幕府禦醫，曾赴巴黎留學，在跟隨舊幕府軍逃到蝦夷地以後，他知道戰爭即將爆發，就專門在箱館醫院裏設置了野戰病房，以收容雙方傷病員。黑田清隆聽說這位高鬆大夫和榎本武揚交情不錯，就委托他先去跟武揚接觸，以《萬國海律全書》的回禮為名，往五稜郭裏送去了5瓶好酒。
共和國官員們接到這5瓶酒，全都瞠目結舌，不明白新政府軍究竟是什麼意思。有人就喊：“這酒一定有毒，是逼迫我等自殺呀！”額兵隊軍官星恂太郎是個火爆脾氣，當場打開一瓶，連喝了好幾口：“毒酒就毒酒，難道老子還怕死不成？”可是美酒下肚，隻感覺渾身暖洋洋的，根本沒有任何不適反應。
共和國方麵就此接受了新政府軍的誠意，於是五月十七日，榎本武揚、大鳥圭介等人出城與黑田清隆展開會談，商定了投降事宜。十八日，五稜郭無條件地打開城門，箱館戰爭，以及延續整整一年半的整個戊辰戰爭都就此拉下了帷幕。
戰爭結束後，榎本武揚、大鳥圭介等人都被押回東京接受審判，隨即被下了大牢。黑田清隆一直為了特赦榎本等人而奔走努力，甚至不惜剃發以明誌，到了明治五年（1872年）的1月份，他終於如願以償，榎本等人陸續出獄，並很快就被新政府錄用。此時黑田清隆正擔任著“北海道開拓使”一職，主動要求把榎本武揚調到身邊擔任開拓副使。武揚最終做到海軍卿、文部大臣、外務大臣、農商務大臣等高官，在基本由薩、長藩閥掌控的明治時期曆屆內閣中，他是例外中的例外。
為什麼呢？榎本武揚的卓異才能固然是一個方麵，還有個更重要的原因：黑田清隆在大久保利通去世後，成為薩摩藩閥的領軍人物，並出任日本第二屆內閣總理，有這位當年靠一套《萬國海律全書》結下善緣的大老做靠山，武揚還能不飛黃騰達嗎？
至於大鳥圭介，後來也曆任元老院議官、樞密顧問官等要職。
新政府的改革
戊辰戰爭打倒了封建主義的總代表江戶幕府，但並不是說封建基礎一日之間就在全日本被掀翻了，說到了，打贏仗的是千餘年來封建社會名義上的領袖京都朝廷，是封建諸侯西南雄藩們，是農民辛苦種地供養著的武士老爺們，還有封建氣味比資本主義氣味更濃厚的京、阪等地的豪商。廣大農民仍在可預見的相當長一段時間內被踩在社會最底層，真正意義上的日本民族資產階級和工人階級也在可預見的相當長一段時間內組織不起來，戊辰戰爭實際上是開明封建主義對頑固保守派的一場內戰，它為日本的近代化掃清了部分障礙，辟出來一條道路，但這條道路還沒能邁出幾步來呢。
話再說回來，因為封建殘餘根深蒂固，這條道兒打一開始還就是歪的，日本邁向現代軍國主義，這根子從維新初期就已經種下了。大道一開始走著還象那麼回事兒，可是越走越歪，越走越黑，最後走到了懸崖邊，還得等美國佬去扯他一把——但因為是純外力的作用，缺乏內部真正的反省、反思和開辟新方向，日本到今天仍然保留著相當多的封建殘餘，日本的道兒還未見得就走對了。
後話不提，拉回來說戊辰戰爭是走出了維新的第一步，那麼接下來的明治政府又搞了些什麼花樣呢？綜合起來有三點：一，從表麵上清算封建主義；二，從表麵上全盤西化；三，增強軍備，為對外侵略作好準備。
首先說清算封建主義。第一部分是改革朝廷結構，逐步地把舊藩主和除三條實美、岩倉具視等少數公卿以外的貴族們都從政府裏清除出去，大權徹底被以薩、長、土、肥為首的各藩藩士們所霸占。日本直到明治十八年也就是1885年才真正確定內閣製，在此之前政府架構進行過多次變革，都屬於試驗性質，掌權的主要有如下人等：
長州：木戶孝允（桂小五郎）、大村益次郎、伊藤博文（伊藤俊輔）、井上馨、山縣有朋（山縣狂介）等；薩摩：大久保利通、西鄉隆盛、寺島忠則、黑田清隆等；土佐：阪垣退助等；肥前：大木喬任、大隈重信、江藤新平、副島種臣等。
羅馬不是一天蓋起來的，維新的道路也不是一戰或一天就鋪平的，任何變革和革命都會有反複，明治維新也難逃這般曆史的宿命。上述人等思想傾向都有所差異，內部也是矛盾重重，呆一塊兒沒兩年就開始拉幫結派地互毆——此乃後話，暫且不提。
清算封建主義，第二部分是鏟除舊的封建割據勢力。大家知道，朝廷原本沒有幾畝地，全日本的田地山川，有四分之一都捏在江戶幕府手中，剩下四分之三在各路諸侯手裏，經過戊辰戰爭，幕府和佐幕各藩都被改封，大片領土落到了新政府手上，新政府終於有實力對各家諸侯開刀下手了。當然，本身封建色彩就很濃厚的新政府是不會對諸侯們下狠手的，也不願意再引發新一輪的內戰，讓諸侯們交出土地，基本上是通過勸說和贖買兩種手段來逐步完成的。
1869年1月，首先在大久保利通、木戶孝允、板垣退助和大隈重信的分別勸說下，薩、長、土、肥四藩領頭向朝廷“奉還版籍”，也就是說，把名下土地的所有權歸還給朝廷，自己隻保留暫時的管理權。經過一年多的內戰，諸侯們大多瀕臨破產的邊緣，再加上農民暴動此起彼伏，很多藩都已經撐不下去了，這一看四雄藩做出表率，於是順水推舟，紛紛效法。當年6月，新政府廢除諸侯分封製，把各藩藩主和直轄領地的地方長官同等對待，改名為“藩知事”。
從這一年下半年開始，在岩倉具視、大久保利通等人的策劃下，陸續有藩知事上書政府，請求幹脆“廢藩”算了。到了1871年7月，政府最終用贖買的方式、承擔各藩外債的承諾，廢除了所有的藩，全國統一設定都、道、府、縣的行政區劃——即東京都，北海道，大阪、京都兩府和43個縣。這一舉措，學名叫做“廢藩製縣”。
明治政府又怎麼個全麵西化法呢？
攘夷論已成明日黃花，在政府的宣傳煽動下，全日本很快就掀起了一股開國論的疾風暴雨，老百姓們逐漸相信西洋的花樣什麼都是好的，穿洋裝、讀洋書、坐馬車，一時間蔚然成風。僅以飲食習慣來說，中世紀的日本人是很少吃肉的，到了這個時候也不知道誰鼓動起來的歪論，說日本人身矮力小，就是因為不吃肉之故，想要追趕歐美列強，先得從吃肉開始，並且得學著洋人吃牛肉。咱們看現在的日本料理，除了魚生外，牛肉也是一大主料，什麼生牛肉片、牛肉鍋子、牛肉飯等等，種類非常豐富，那全是從明治以後才陸續開發出來的新花樣。
就政府來說，也學人家西洋搞三權分立。維新之初，中央設置太政官，下設議政官（立法）、行政官（行政）和刑法官（司法）。可是封建的根子還沒鏟除，光表麵上光是維持不了多久的，很快行政就淩駕於立法、司法之上，產生了大久保獨裁政府，再後來軍部直屬於天皇領導，不鳥政府，甚至插手政府事務，終於釀成了軍國主義的苦果。
西洋講究人人平等，實際上是不是真的平等，隻要研究一下美國南北戰爭為啥而打，以及馬丁·路德金為啥而奮鬥，就可以明戲了。西洋尚且做不到真正的平等，有樣學樣又學不象的日本就更不用提。江戶幕府時代，實際上日本存在著6個主要階層，即超然物外的公卿貴族、掌握實權的武士、受壓榨最狠的農民、城市手工業者、商人（前述4種統稱士農工商），最後是世代從事屠宰、清糞、整屍等所謂“賤業”的賤民。歸一下類，公卿貴族和武士是統治階級，農工商被統治，賤民最下等，按規矩這三個等級間是不能通婚，不能互轉的（破產武士變農工商，豪商有錢買武士身份，那都是見不得光的地下買賣）。
明治維新宣揚四民平等，政府下令，允許老百姓使用姓氏（那可是貴族和武士的專利，手工業者和商人也有學著樣把商號當姓的，農民絕對沒有），並且解放賤民。可是在這一基礎上，卻又確定了新的等級製度，把天皇一家稱為“皇族”，公卿貴族和各藩藩主都定為“華族”，舊武士定為“士族”，以與老百姓相區分。雖然並不禁止各等級間通婚，但不能不說從這個過渡期臨時政策就能看出所謂四民平等不過是句門麵話而已，社會經濟結構和基礎不改變，就不可能實現真正的人人平等。
其餘殖產興業、文明開化、地稅改革、製定憲法等等措施，過於專業也過於枯燥，咱就不多說了。
最後，咱們再說說明治政府增強軍備，為對外侵略作準備這一方麵吧，其實從吉田鬆陰開始，維新誌士們就大多報持著對外侵略的野心。鬆陰在世時曾經說過：“我與美、俄的媾和既成定局，不可由我方決然背約，以失信於夷狄。必須嚴訂章程敦厚信義，在此期間養蓄國力，割據易取的朝鮮和中國東北的土地作為補償。”吉田鬆陰是維新倒幕的思想導師，他都這麼宣稱，他的徒子徒孫們就更不必說了。
資本主義的原始積累是非常野蠻殘酷的，對內壓榨，對外掠奪，日本人對此學了個十足十，並且因為歐美列強瓜分世界已經瓜分得差不多了，所以後起的日本就下手更快，下手更辣。明治政府才剛成立，木戶孝允就提出為了抵禦沙俄南下，必須出兵朝鮮——是為“征韓論”。
據說木戶孝允隻是說說而已，並沒有真打算在國內還沒搞好的情況下就貿然對外用兵，西鄉隆盛、江藤新平等人卻不一樣，力主出兵。於是穩健派和征韓派就開始大打出手，直接釀成了明治十年的“西南戰爭”。然而，事情其實並沒有那麼簡單……