培根出獄後，有一段時間，潛心搞了一陣學術研究，尋求把人類精神從亞裏士多德的“煩瑣”哲學的枷鎖中解放出來，實現他從前的治學目標，一心一意要打碎形而上學的神學體係，創立一套自己的學術體係。
在繁忙的公務活動之餘，培根始終抓緊時間從事著述。1586年聖誕節的晚會上，上演了一出培根創作的短劇，劇中借一位皇宮的謀臣之口，向女王提出發展國家科學的四點倡議，當場贏得了女王的連連稱讚與喝彩。
女王向左右大臣詢問：“是誰寫的劇本？”
臣子們回答：“是女王從前掌璽大臣的後裔弗蘭西斯·培根。”
這以後，培根很快發表了一係列學術和藝術作品，以理論或文學形式表述了他渴求複興祖國科學、徹底改革僵化哲學的進步思想。培根在自己以後的作品中，仍然常常借助一位謀士或者忠於國王的大臣之口，不斷地向國王重複發展國家科學的四點倡議：
第一，建立一座最完善的圖書館，收藏古今海內外所有版本最精美最完整最有價值的書，以備人們在建設國家的事業中閱讀和查考。
第二，建立一個寬敞博大的、美麗的公園，在園內栽培各種奇花異草，飼養各種飛禽走獸。不僅供遊客賞玩，還可以供科學研究與考察。
第三，設置一所規模宏大的萬物陳列館，專門收集一切稀世珍品和能工巧匠的所有製造與發明物，用來啟迪人們的智慧，同時進一步促進科學研究。
第四，建築一幢有現代化設備的科研大廈，因為一個國家的興衰，無疑與這個國家的科學技術生產力的發展水平相輔相成。隻要為國民創造完備和良好的科學基礎設施，重視科學的研究和運用，國家就一定能走向民富國強之路。
培根還熱切地呼喚，希望他的設想，能夠得到女王的有力支持。培根還鼓吹說，隻要英王采納了自己的建議，她就會贏得全世界人們的歌頌而流芳百世。
培根的這一發展祖國科學的思想，後來在他創作的《新大西島》一書中得到了進一步的完善和發展。培根在自己烏托邦式的小說《新大西島》中，借助對“所羅門宮”栩栩如生的生動描繪，全麵和詳細地敘述了自己的科學理想。他除了對上述四項基礎科學的設施做了更加細致的描寫以外，還對其他一些發展科學的設想做了更加深入的描繪，比如：
培根還渴望英國女皇建立一支龐大的科研隊伍，以便進行更細致更具體的研究；創建一個收集國內外科技情報的集團；用重金收買發明專利；重金聘請國外傑出科學人才。對有影響的科學成果和名符其實的科學家實行物質獎勵等等。
這些設想都反映了英國當時處於自然科學即將得到蓬勃發展的社會現實，是一些很有預見性的思想。
這些驚人的設想，其中有一些後來果真得到了女王的同意。比如，她認為應該首先在大不列顛創建英國皇家學會和英國皇家科學院。隨著英國皇家學會和科學院的建立，整個西歐各國的科學院也如雨後春筍般紛紛湧現，以至有了後來科學技術的飛速發展。因此，培根對現代科學研究的倡導功不可沒。
從1590年開始，埃塞克斯勳爵慢慢失去了女王伊麗莎白一世對他的寵幸。這下子，培根等於失去了唯一的穩固靠山。他擔心由於埃塞克斯遠離皇宮，自己的許多政敵可能會借機排擠和報複自己，因此培根就更加全力以赴，動用智謀與靈感，渴望獲得女王陛下的青睞。
當培根“反戈一擊”，在法庭上“作證”把受陷害的埃塞克斯送上斷頭台之後，他也被勳爵手下的人稀裏糊塗地投進監牢。
就在埃塞克斯勳爵死後兩年，女王伊麗莎白一世也去世了。1604年，英國王位由蘇格蘭國王詹姆士繼承。培根萬萬沒有想到，詹姆士從前跟埃塞克斯是非常好的朋友，這一來，對把埃塞克斯勳爵推上斷頭台的培根來說，是相當尷尬的事。可是，培根卻泰然自若，裝得沒事一樣。詹姆士即位那天，培根不招即來，他恭恭敬敬祝賀新國王登基執政，在賀信中，以拉丁文《聖經》中的一句名言作為開頭，乘機表明了效忠的心跡。培根當著全體臣僚們，對新上任的國王肉麻地說道：“為了陛下的偉大基業，微臣願赴湯蹈火，萬死不辭。”