公元3721年，即宇宙紀1000年，這一年是地球人類進入太空時代的第10個一百年，自從2721年地球人類第一次進行了空間跳躍從銀河係跳躍到仙女係後，地球人類就迎來了大宇宙時代，而在這之後空間技術和宇宙飛船建造技術不斷地發展，地球人類探索宇宙的範圍也越來越大，在一千年後的今天人類幾乎踏遍了宇宙的每一個角落，在探索宇宙的過程中人們發現這個宇宙中美不是僅僅隻有人類這一種生物，除了人來以外還發現了許多其他的外星，但是人們還發現，不論在那裏發現的外星智慧生物都和人類幾乎一模一樣，這種相似不止在外貌上而且在DNA上DNA的相同性達到99.8%，這些擁有智慧的外星人和我們的差別僅僅表現在體形大小和膚色發色上，這令許多科學家疑惑不已。
這些智慧外星人類在剛接觸到地球人類時也有過反抗，可是當時的地球人類一直推行和平政策，所以很快這些外星人類便接受了地球人類並加入了以實力最為強大的地球人類為中心的宇宙聯合邦交國（簡稱宇宙聯邦）中，並且所有人無論是從地球上走出來的人來，還是從其他星球上走出來的人類都統稱為人類。隨著不斷地探索發現，宇宙終於迎來了第一次大統一。
今年是人類進入宇宙時代的第一千年，整個人類社會都在準備為這個特殊的日子做著慶祝的準備，在人類的每個行政星上人美都在做著各種各樣的慶祝準備，到處都是喜慶的氣氛，但是就在這個特殊的日子裏，一隻特殊的龐大的艦隊正在緩緩的向宇宙深處駛去，沒有人知道他們要道那去，也沒有人知道他們要去幹什麼。
約翰孫準將是聯邦第七殖民艦隊的指揮官，年僅40的他便當上準將曾經在聯邦引發了一場轟動，許多媒體都評論他是聯邦有史以來最年輕的一位準軍，也有可能將會成為聯邦最年輕的上將。而今天約翰孫將帶領他的艦隊去執行一項秘密的任務，一項將改變人類曆史的任務。
曙光號是一艘聯邦先進的星雲級戰艦，不但比其他戰艦的攻擊力和防禦力要高好幾倍，而且作為第七艦隊的旗艦，曙光號也做了許多改進。例如光子雷達的功率在原有功率上增加了2倍，取消了儲藏室把儲藏室改裝為戰機停機坪，等等，最為重要的是曙光號加載了聯邦剛剛研發成功的魅影係統，這個係統可以將包括自身在內的1000公裏內的所有物品隱藏起來，就連光子雷達都不能發現。而現在約翰孫正在這艘先進的戰艦的艦橋裏指揮這整個第七艦隊向位於H－10空間的YJ－1星雲駛去。
約翰遜現在坐在自己的座位上看著生化玻璃外因空間跳躍而產生的絢爛的景象心思一時間飛到了自己的家裏，下個月便是就是他兒子楊星的7歲的生日，本來他正在自己的妻子揚欣準備好好給楊星過生，但是聯邦軍部的一個電話卻把約翰遜叫了過去，原來本來前往H－10空間YJ－1星雲進行殖民的一私人殖民艦隊在YJ－1星雲發現了一個遠古遺跡，這個遺跡產生的時間在1億年前，當時就連地球也隻不過剛剛誕生而已，所以這支殖民艦隊當下派出探險隊前往調查，當時就在探險隊出發十分鍾後卻失去了聯係，緊接著整個殖民艦隊便受到不知名部隊的攻擊，整個艦隊全滅，但是在最後一艘戰艦被摧毀之前發回了一段視頻，這段視頻顯示攻擊他們的是一群不明戰艦，而且這群戰艦的戰鬥力普遍的高於聯邦的戰艦，要不是這群戰艦的數量不多，估計現在前往調查的就是聯邦的正規軍而不是第七殖民艦隊了。而本次第七殖民艦隊的任務中消滅這群不知名戰艦隻排第二，第一任務則是獲得遺跡中的各項科技，畢竟從這些戰艦上便可以看出這個遺跡的主人所擁有的科技遠遠先進於聯邦的現有科技。