“七個，八個…..九個，第九個了。“安寧躲在華蓋的陰涼下，有些幸災樂禍的對沈覺非彙報道。
從薊鎮巡邊回來，沈覺非就開始了對羽林衛的整頓工作。首先是淘汰，從體力﹑紀律兩個方麵下手，將羽林衛原來的萬餘人減少到了四千五百人。在沈覺非看來，羽林衛中的那些紈袴子弟一不能打仗二不守紀律，犯了事還不好處理，留在軍中那是一粒老鼠屎壞了一鍋飯，還是趕回去抱娃娃好。經過大規模的淘汰後，留下的四千多人大半都是良家子弟，性格樸實，能吃苦，守紀律，更重要的是大多數人都初通文墨。
第二步是重新編製，打散羽林衛中原來的派係，完全控製這隻親軍，絕對不允許再發生一次叛變！經過幾天的思考，沈覺非決定采取五五製編製，便於集中人員形成戰鬥力，也利於上級指揮。具體情況為，每十二人為一小旗，選二人為正副小旗，靈感是來源於戚繼光的鴛鴦陣；五小旗為一隊，共六十人，選二人為正副隊長；五隊為一營，三百人，選二人為正副營長。營為初級作戰單位，三百人的營已經可以應對小規模的戰事了。營以下的軍官都由軍中士兵公舉，營及以上的軍官則由上級委派。五個營設一旅，一千五百人，設一校尉統之，副官二人佐之，書記官一人。五旅為一師，七千五百人。另有一個警衛偵察營，一個後勤大隊，一千人。設一將軍統之，副將二人佐之，參軍一人，掌軍法司馬一人。師以下為中級軍官。五師為一鎮，略五萬人，一總兵統之，參將遊擊等官佐之；現在大明九邊九鎮軍力大約就是這個水平。
這隻是沈覺非的設想，還沒有在全軍中推行。他決定先在羽林衛中試行，看效果如何，根據結果損益修改，然後再推行。而羽林衛中的這人人馬，到時候也會被分配到各軍擔任中下級軍官，改造各軍，加強各軍的戰鬥力。
鑒於目前羽林衛隻有四千餘人，沈覺非隻設立了三個旅，分別由羽林衛原來的正副統領唐郎和李光，還有張居正的第四子張簡修擔任。副官和書記官由從致德公學中選拔的學生擔任。下麵的營隊軍官由士兵推舉擔任。而原來羽林衛的正副統領職位已經廢掉不在設置，將羽林衛分成三旅，分開指揮，既是為了安全考慮，也是讓他們相互競爭。
重新編製後，就是重新裝備。羽林衛本來就是大明所有軍隊中裝備最好的了，現在更進了一步。首先，由於裁掉了一半的人，現在羽林衛算來人均有兩匹馬。武器上，人人配有明鎧，唐刀，秦弓。而火器，鑒於目前的實際情況，沈覺非隻裝備了李光一旅，讓李光琢磨火器的戰法。在給李光稍稍透露了後世的一些做法後，李光很快就摸索出來散兵線式輪放的戰法，現在正在逐漸完善中。
接下來一步就是訓練！沈覺非知道一隻部隊最最重要的就是紀律。再勇武的一群士兵，如果沒有紀律，也是散兵遊勇，沒有辦法形成協同作戰。而這恰是近代戰爭最重要的一點。
為了培養軍人的紀律性，沈覺非祭出了後世著名的殘酷一招“軍訓”！不僅要練好一副身板，還要培養出軍人的軍紀，磨練他們鋼鐵般的意誌！
軍事知識有限的沈覺非硬著頭皮親自製定了軍訓計劃。期限為一個月三十天，內容隻友可憐的幾項。第一長跑，在全裝備的情況下，每天按時完成十裏的長跑。第二，站隊，隊列練習，要求整齊化一。每天相同時辰訓練三個時辰。第三，騎術和器械訓練，展開刀法﹑箭術﹑槍法比賽，優勝者將獲得二十兩銀子的獎賞，二十兩銀子可夠一個普通家庭一年的用度，平且還會得到優先提拔的機會。第四，就是陣法訓練，沈覺非對這陣法非常的重視，為此專門向戚繼光要了幾十名參加過抗倭戰爭的老兵來擔當教官，示範演練，傳授經驗。明代後期戰爭，常有數萬大軍不戰而潰或者主將一亡全軍頓潰的情況，讓讀史的沈覺非鬱悶不已。分析原因，明軍缺乏紀律和軍隊中下級缺少有效的組織是重要原因。因此沈覺非軍訓的重點也就放在了這兩方麵。