刺客大師奉師父之名陸續殺死了九名聖殿騎士，阻擋十字軍東征，維護和平。當阿泰爾順利殺死九名目標後，漸漸察覺到自己已被欺騙：原來，當年有十個人找到了一塊伊甸園碎片，這十人正是九名被殺的騎士和自己的師父Mualim，他之所以利用阿泰爾刺殺掉九名騎士，隻是為了一人獨吞伊甸園碎片，然後通過這個神器控製人們的思想，實現自己獨裁的夢想。得知這一切真相的阿泰爾非常震驚，他火速返回刺客總部質問自己的師父，而目的達成的師父早已不管阿泰爾的生死，於是師徒二人展開戰鬥，最終阿泰爾成功殺死Mualim，得到了部分伊甸園碎片並將其埋藏，成為刺客聯盟新的首領。
在夥伴們的幫助下，迅速成熟起來的艾吉奧學到了一身出色的刺客本領，繼承了家族的基業。愛艾吉奧後來得知，一個叫做伊甸園碎片的神器散落各地，將這些碎片拚湊起來就是“黃金蘋果”，通過它可以控製人類的思想。
1499年12月文藝複興時期，40歲的艾吉奧於放棄刺殺教宗亞曆山大六世RodrigoBorgia（聖殿騎士團之首）後回到蒙特裏久尼。1500年1月，教宗之子凱薩·波吉耳一天晚上領兵對城市發動攻擊。凱薩於城破之時奪回艾吉奧伯父馬裏奧Auditore保管之古代遺物“伊甸碎片”艾吉奧回歸馬裏奧的莊園，全城的人都歡迎這個穿著阿泰爾刺客服，挎著阿泰爾劍的人。
當天黎明，艾吉奧和卡特琳娜勳爵夫人正在馬裏奧的別墅享受魚水之歡的時候，1500年1月，教宗之子凱薩·波奇亞一天晚上領兵對城波奇亞的大炮已經轟垮下了守護城市的前沿陣地，敵軍摸上來後，大炮最先攻城，馬裏奧命令艾吉奧馬上守城，掩護城裏的五百號子人撤退，艾吉奧馬上參與戰鬥......
波奇亞用火槍殺及命士兵槍傷艾吉奧，槍殺了馬裏奧，並且搶走了金蘋果、卡特琳娜以及無數蒙特裏久尼銀行內的佛羅倫薩銖，戰鬥很快結束了，雇傭兵和羅馬帝國軍團的屍體滿填滿了城市，而我的故事，則是從這裏開始的：
我叫梅西.亞勞克斯，我是蒙特裏久尼的地道居民，我家是開鐵匠鋪的，我在19歲的時候就參加了馬裏奧的雇傭軍，成為了劍手，我們的工作就是天天去妓院去酒吧消遣，等有戰鬥的時候，馬裏奧會親自召集我們進莊園。
那天，波奇亞的部隊攻打過來的時候，我們小隊接到馬裏奧的命令，掩護艾吉奧的妹妹和艾吉奧的母親撤出城市。我接到這個命令就知道雇傭軍肯定戰敗了，果不其然，幾分鍾的時間，莊園門口就出現幾十號人，我們隊長率先拔劍，我收到命令，去壓製他們，馬裏奧平時教我們的西班牙劍術不是白學的，我把他們壓製住了，斧頭手邊砍他們腦袋，就這麼堅持了10分鍾不到，敵人的火炮就轟進來了，一個穿著加厚戰甲，拿著重錘的羅馬士兵掄起一錘子砸到我的腦門上，我當場暈倒。
後來的事情我什麼也不知道了，隻知道我醒來的時候，城市已經麵目全非了，我看羅馬的部隊正在對屍體挨個刺戳，我馬上跑到廢墟裏，藏好，一下子，一個尖尖的東西碰到我了。
我俯下頭去，居然是艾吉奧的袖劍，我戴上後，試著向著牆壁紮了幾下，終於學會了，這時，我感覺腳下有個軟軟的東西。
一看，是阿泰爾鎧甲，我馬上披在身上，不知道為什麼，剛剛醒的時候的頭暈頓時好了許多，但是一細想，這樣出去的話八成會被羅馬帝國軍看出，便爬出去，看左右沒人，拖出一具羅馬帝國軍士官隊長的屍體，馬上把全身都換了，再拿上他的銅牌，然後翻出城牆，逃亡羅馬城去。
我走一天一夜到羅馬城，羅馬戒備森嚴，我在進去的時候，城門就站了三十來個羅馬士兵，全部都穿得甲胄，突然冒出一個隊長把我攔住：
“哪裏來的？哪個部隊？”當時我被嚇蒙了，綁著袖劍的手瑟瑟發抖。
“我......我是.....皇家衛隊的。”
“亮銅牌！”他嗬斥道。我隻好把偷的銅牌給他，他看來以下，點了下頭，我頓時緊張得不敢多動，趕忙進城。
到了羅馬城，，當賣掉了羅馬帝國軍的軍服，去買了一套亞麻布服，然後發揮我的賭技，攢下了點錢，在玫瑰苑旁邊買了一套房子，接下來的一年多，我都是在酒館和玫瑰苑度過的，天天打打牌，喝喝酒，久而久之認識了一幫羅馬的雇傭軍和盜賊公會成員、以及娼妓。