並且，重犯們在進入因佩爾之前，還必須在正式經過入獄前的“洗禮”，即在全身赤裸的情況下，接受沸水加身，，除了消毒以外，也隱隱有測試重犯們的能耐的意味。
此外，監獄內部依照重犯們的罪刑輕重，以及其能力進行了分層，在不同的樓層有不同的刑獄手段。愈是深入海底，則環境愈是恐怖……
第一層，LEVEL1的“紅蓮地獄”：
囚禁的重犯們，戰力隻不過是E級，這是從入口開始深入海底後到達的第一個樓層，囚禁在這裏的犯重犯們可說是這因佩爾內實力最為弱小的存在。因此，相對於更深的樓層來說，這裏並沒有強大的獄卒或殘酷的拷問。本樓層有著一大片的森林，這片森林都由“劍樹”和“針針草”構成，它們堅硬若鐵，布滿這個樓層除牢房以外的地方。每日，重犯們都會被劇毒的蜘蛛，又或是看守的獄卒追趕，而來回奔跑著，不得不和這些植物接觸，手與腳，乃至全身，都會因此而鮮血直流，經曆痛苦的折磨。
第二層，LEVEL2的“猛獸地獄”：
囚禁的重犯們，戰力也不過D級，囚禁在這裏的重犯們，至少要有2千萬貝利的賞金。本層，豢養許多凶暴的魔界魔獸，包括雞生的蛇和樓梯的守護者等等。關在此樓層的重犯們，俱都知道自己早晚會成為魔獸的糧食，會連害怕的力氣都逐漸消散。
第三層，LEVEL3的“饑餓地獄”：
囚禁的重犯們，戰力為C級，本層的重犯們，至少都有5千萬貝利以上的賞金，和前兩層的重犯們相比，則危險了許多。顧名思義，本層施加在犯人身上的刑罰正是“饑餓”，這裏的犯人不會得到任何食物，就算實力如何高超，最後仍然也隻有死亡一途。除了饑餓之外，來自下一個樓層的熱蒸氣，更是讓這一層仿佛沙漠般炎熱。不過，而此處所說的沙子，則是死亡的重犯們風化後，而形成的。
第四層，LEVEL4的“焦熱地獄”：
囚禁的重犯們，戰力則為B級，本層的重犯們，戰力最弱者，也不下於本部準將戰力。廚房、食物儲藏室和署長辦公室都位在這一層。本層是一個巨大的鐵鍋，有著終年燃燒的火海和滾沸的血池。和上一層隻是被蒸氣影響相比，這一層的囚犯則要麵對的是炙熱的火焰，其煎熬更加不可同日而語。此外，重犯們還要負責給火焰填補柴火，偶有作亂的囚犯，更會直接被推進底下燃燒的火焰之中，身軀立時便會化為灰燼。
第五層，LEVEL5的“酷寒地獄”：
囚禁的重犯們，實力達到了A級，這層所囚禁的不僅都是賞金過億的大海賊，其戰力更不下於本部中將。重犯們身處的環境，是一個溫度比冰庫還要低的所在，甚至連監視用的電話蟲，都無法在這裏運作，其低溫幾乎可與極地相比擬。重犯們理所當然不會獲得足夠的禦寒衣物，身體會因此而嚴重的凍傷，甚至致死。在這一層，飼養了大量的凶猛的軍狼，即使有人能夠逃出牢房，也會成為它們的餌食。
第五·五層，LEVEL5.5的“新人類樂園”：
這一層，原本並不存在，但不知從何時開始，被重犯們所開辟，位於第六層酷寒地獄和第七層無限地獄之間，監獄方麵毫不知曉的這一層的存在。要到達磁層，需從因佩爾的下水道進入後，穿越“不可能存在的路”才能到達，是重犯們的秘密樂園。在這裏，重犯們不僅能夠躲避刑罰，更會有正常的食物與飲水，甚至還能夠開宴會，是因佩爾中難得的樂土。此外，這裏還有一隻電話蟲和監視用的大屏幕，能夠獲得報紙，因此不論是監獄各處的動態，又或是監獄以外的世界情勢，這裏的重犯們都可說是了若指掌。
第六層，LEVEL6的“無限地獄”：
因佩爾監獄的最底層，囚禁的重犯們，戰力達到驚人的S級，即海軍本部大將程度。這一層，所囚禁的重犯們極少，不僅要實力相當高超，更都是曾經有過可怕事跡，僅憑名號，便可使人聞風喪膽。由於太過作惡多端，其犯行不堪聞問，又或是令政府方麵難以麵對，才會被囚禁於此。被囚禁在此層樓的重犯們，雖然不會受到任何刑罰，但隨著時間的推移，將要承受著，令人想自殺的無限無聊和痛苦，陪伴著他們的隻有無盡的黑暗。囚禁在這裏的都是無期徒刑的重犯，或是被判死刑的待別處決犯。以上5層重犯們，即便是普通獄卒，都完全不知道有這一層的存在。重犯們一旦被帶到本層，就幾乎是將自己的名字從世界上抹除了一樣。這也恰恰達到了，海軍和世界政府方麵希望他們消聲匿跡的目的。