“啊，這是哪裏？我怎麼感覺自己做了一個奇怪的夢？”醒來時，小南發現自己在一個奇怪的地方，這裏什麼都沒有，有的隻是一些顏色，“啊，你醒了！"一個神秘的聲音說道，”“啊，你是誰？”小南驚叫道。“嗬嗬，不要怕，孩子，我是宇宙神，是我把你弄到這兒的。”宇宙神說道，“不對啊，我記得我明明是被一塊隕石砸中了，怎麼會是你送到這的呢？”小南說，小南是一個清華大的學生，品學兼優，喜歡看神奇寶貝，還常常在別人麵前說是為了保持童真，在他死的前一個小時，天下大雨，他在躲雨時意外找到一塊玉石和一本“天書”，剛要走時被隕石從天而降砸死了，他死前還不明白自己為什麼怎麼倒黴，現在他終於明白了。“哈哈，那不是我幹的。”宇宙神說道。“不是你，那會是誰？”小南說，“嗯，這正是我找你來的原因。”宇宙神嚴肅的說。“為什麼找我？”小南疑問的說。“因為拉斯尤斯！""拉斯尤斯！”小南吃驚的道。“嗯，沒錯，拉斯尤斯是神奇寶貝世界的神，與我不相上下，他打算毀滅宇宙！”宇宙神說道。“那為什麼找我？”小南說。“因為能夠阻止他的人的力量現在歸你了，你要控製好這股力量，現在去吧，孩子。”說完，創世神送走了小南。
“喂，我要如何使用這股力量啊。。。。。”宇宙神沒有回答，小南便消失了。
與此同時，神奇寶貝的世界
“哇，哇。”一聲充滿了歡呼的哭聲，小南——我們的主角，誕生了，“哈哈哈，我們的兒子終於出生了，看他這麼聰慧，就叫小智吧。“”小智！”小南心裏想到，原來我真的進入神奇寶貝的世界了，還成為了主角小智，真是太棒了。”南，不，應該是小智心裏想著。
十年後，小智家
“小智，再不起床就拿不到大木博士的神奇寶貝嘍。”小智的媽媽說，“偶，知道了，我出發了“小智說，這十年，小智從五歲開始，就在鑽研宇宙神所說的“力量”，終於，在一次偶然的機遇中，他又找到了那塊玉和“天書”，他發現，那塊玉能夠開辟一塊1：24的時間比例的空間，也就是說，外麵一小時，裏麵已經過去了一天，而那本“天書”，則直接融入小智的身體，使小智可以通過幻想來變出任何東西，但使用完後他就會進入虛脫狀態，經過這五年的練習，他以變出有生命的東西了，還可以一天使用十次，他變出的大多是傷藥，還有幾個精靈球和一個大師球，在一個春天，他偶然遇見了一隻百變怪，便用大師球收服了，現在，他出發了。“路上小心啊！"媽媽說，”好，知道了“小智回答道。
然後，小智終於到達了大木博士家，他來這裏不是為了領神奇寶貝，而是為了大木博士研究所的那些神奇寶貝，他要百變怪記住那些神奇寶貝的樣子。偶，小智，你來了啊。“大木博士說，“博士，我不是來要神奇寶貝的，我是來看看您研究所的神奇寶貝的。”小智客氣的說道，“可是你的神奇寶貝怎麼辦啊？”大木博士說，“沒關係，我有這個。”說完，他放出了百變怪，“偶，是百變怪啊，真是少見。”說完，他看到了小智手裏拿的球，“咦，小智，為什麼我沒見過這個球啊？”大木博士說，小智沉默了，因為他無法解釋這個球的由來，大木博士說：“不想說就算了，走吧，我帶你去看看。”大木博士並沒有多問，就帶小智去看神奇寶貝，小智很感動。