1.憑證管理會計的一般日常事務處理都集中在憑證管理模塊中。
（1）憑單錄入。首先由用戶確定憑單日期，然後進入憑單錄入界麵。一個設計良好的財務管理係統，應該支持多種憑單的錄入模式；同時，很方便地將往來賬、核算賬及銀行對賬所需的明細數據一次錄入。
（2）憑單查詢。係統支持組合條件的憑單查詢。為係統給出的可自由設置的條件，確定條件後，係統將滿足條件的憑單分別顯示出來。
（3）憑單修改。進入憑證查詢界麵，由用戶輸入查詢的組合條件。當將滿足條件的憑單顯示出來後，即可修改憑單。
一般隻允許修改自己編製的未經複核的憑單，隻有管理員才可以修改任何人編製的未經複核和已複核過的憑單；但修改後製單人將改為管理員的名字，同時在日誌中做相應的記錄。
若憑單已經複核，但發現憑單有錯誤，隻能再做一張憑單，用負數將錯誤的憑單衝掉，再補做一張正確的憑單；若尚未封賬，可由管理員修改該憑單，並再次複核。
（4）憑單彙總。輸入憑單的起始日期、終止日期範圍，即可按日期彙總，也可以在給定日期的前提下按輸入的起始憑單號、終止憑單號彙總。既可列出滿足條件的憑單的總賬科目彙總表，也可列出滿足條件的憑單的各級科目的彙總表。
（5）憑單打印。製單人為登錄係統的用戶姓名，打印滿足條件的憑單應為該製單人所製的憑單。若該製單人沒有做相應的憑單，則打印的憑單為空。若想打印滿足條件的憑單，可把製單人姓名去掉，即不受製單人的限製。
2.門診收費管理門診收入是醫院醫療收入的一個重要來源，絕大部分住院患者是通過門急診收治的。對合理安排就診秩序，提高門診收入，應用門診收費係統可以提高管理效率。
（1）初始化功能。建立科室代碼、醫生名單、收費項目、藥品代碼、交費類別等有關字典。
（2）劃價。支持劃價收費一體化處理（亦可分別處理）。
（3）收費。通過網絡自動獲取與收費相關信息（患者姓名、病曆號、處方號、藥品/診療項目名稱數量、結算類別等），並自動劃價計費（包括醫保讀卡收費和人工現金收費）。
（4）退費。支持衝賠式退款，保留工作記錄，同時使用發票號和機器生成號等發票監督機製。
（5）發票及明細賬。自動打印報銷憑證，憑證隨機連號，保留存根。自動打印費用明細賬。
（6）查詢。支持對病人費用、收費員工作量以及各類發票的查詢。
（7）結算及報表。可按日、月、季、年及各類別分別彙總結算並打印報表。
3.住院收費管理住院病人就診流程相對比較複雜。病人先進行必要的診療，係統記賬，在病人出院時一次收費結算。財務管理係統應該提供相應的技術手段，使管理人員能夠及時準確地記錄病人接受診療服務所產生的費用。
（1）病人預交金管理。
①根據本地醫療費用水平和醫院實際情況，統計出每個科室或者單病種核算的平均醫療費數額。病人入院前，必須略高於該金額交納住院預交金。同時能對現金、醫保經費卡、公費賬號等各種形式進行預交金交納管理，並打印收據憑證。
②能以不同方式隨時查詢和統計預交金。
（2）住院病人費用管理。
①醫囑計價。根據已錄入的醫囑及價格庫，自動劃價計算費用。
②病人費用錄入。特殊情況下可按收費項目直接錄入病人費用。
③日常費用處理。自動計算常規收費項目，如床位費、空調費以及從藥房、檢查科室傳來的確認費用。
④查詢。可按病人、時間、分類等多種條件查詢病人總費用、分項費用及明細賬。
⑤欠費管理。設置催補金額下限或比率控製線，當病人醫療費用支出和住院預交金的差額或者比例超過控製線就進行催補，提示欠費信息、查詢，打印催款單。
⑥結算。動態適時結算病人費用，出院時分項及總計結算，並出具費用明細賬。
（3）住院財務管理。可按日、旬、月、季、年對住院費用的各項目進行結算，並作出相關費用的經濟分析和評價並提供查詢。
4.工資管理工資管理係統是財務管理係統中相對獨立的子係統。各醫院可按照自身的實際情況設置工資項目、打印項目及工資的納稅公式等，並能直接從人力資源信息管理係統提供的工資變動以及缺勤扣除數據，生成當月的工資表。同時也可對個人收入進行彙總及自動計算個人所得稅，按部門逐級進行工資彙總和科室的核算。
5.與醫保中心的對接。
（1）下載內容及處理。實時或定時從上級醫保部門下載更新藥品目錄、診療目錄、服務設施目錄、“黑名單”、各種政策參數、醫療保險結算表等，並對它們進行維護。
（2）上傳內容及處理。實時或定時向上級醫保部門上傳以下信息。
①門診掛號、處方、診療信息，門診個人賬戶、支付明細賬。
②住院首頁、醫囑，住院個人賬戶、基金、現金支付明細賬以及退費信息。
③按醫療保險政策規定的分類標準進行分類、彙總結算信息。
（3）醫療保險病人費用的處理
①根據醫保政策參數、政策審核參數對醫保病人進行身份確認、醫保待遇資格判斷。
②對醫療費用按個人賬戶支付、基金支付、現金支付三類進行確認、扣減，打印結算單據，並按醫保指定格式上傳信息。
③在HIS內保存醫療保險病人的費用明細清單和結算彙總清單。
在行政管理分係統中，除了人力管理、設備管理和財務管理外，還有辦公係統。辦公即處理公務，也就是對與之相關的信息加以收集、處理、傳遞和反饋的過程。高效的辦公係統要求辦公環境必須具備先進的信息處理手段、先進的信息傳輸手段以及完備的信息管理手段。可以說，現代的辦公係統離不開計算機和網絡技術的支持。