尤其是吏部尚書趙南星，這人剛嚴清廉，這當然是很好的個人品德，可作為幹部主管部門的首長，太是非、愛憎分明未必是好事。比如說魏忠賢和趙南星是同鄉，看到趙已有這樣的權勢，希望結納，派自己的外甥登門拜訪，趙不予接納。當時的內閣大學士、魏忠賢的得力幹將魏廣微，其父魏允貞生前和趙南星、顧憲成非常要好，在萬曆帝遲遲不立太子時，結成同誌，不怕被罷黜，上書力諫，是萬曆朝的名臣。這魏廣微當了大學士後，應當說是吏部尚書的上司，他以子侄輩的禮數三次登門拜訪，趙南星閉門不納，而且對人說“見泉（魏允貞的字）無子”，並讓人帶話給魏廣微讓他好好讀父親的遺著，好將來能在九泉下有臉見父親。那個年代說人違背父教是最厲害的罵人，魏廣微能不痛恨他嗎？
雖說是道不同不足與謀，但趙南星等東林黨人此時不是簡單地居家過日子，而是在輔佐朝廷，是非觀當然得有，但行事應當講究方式。像魏忠賢、魏廣微主動親近，虛與委蛇，給人家一個麵子又如何。彼此同朝為臣，維係著表麵上的客氣，沒準能利用自己的影響，使朝局較為平穩地運作。人家魏忠賢和魏廣微等閹黨並不是一上來就要和你刺刀見紅。
君子和小人鬥，君子往往鬥不過小人，有君子疏小人密的原因，也多半是因為小人善於從權而變，君子剛直不阿，心中有一種所謂的道德底氣，因此比較牛逼。但為政不是講學，看到趙南星等人的表現，就能理解當年張居正，為做大事，其行事方式被人指責為走旁門左道，張居正是多麼不容易。
東林諸君子這種“親不親，路線分”的行事方式，終於使矛盾激發，很快不可收拾，演化為你死我活的殘酷鬥爭。尤其那些不被東林諸人喜歡的“小人”，為了自保，即使內心未必敬佩魏忠賢，也紛紛投靠，結成同盟來對付東林，東林焉能不敗？所以高陽批評趙南星這樣的君子，“正氣可敬，卻微嫌剛愎，行事直道而行，不說後果，因而把一些遊離分子都逼到閹黨那麵”。
舉一個簡單的例子，南明擁戴福王的大奸阮大铖，本來和東林諸君子關係不錯，他是懷寧人，和桐城人左光鬥是老鄉。吏部給事中出缺，按年資他比魏大中更有資格接任，他原本是工部給事中，但顯然掌管吏部監察的給事中權力更大。阮到處活動，這在當時也很正常。問題是他活動到魏忠賢周邊，趙南星知道了很厭惡他，找個理由將阮調任，阮連原來的位子都沒有保住。你想想阮能不恨他嗎？於是，阮幹脆倒向閹黨，這哥們比一般人辦事精細，擔心魏有可能倒台，每次進魏府拜訪時投的名刺或者寫的效忠信，都費重金找魏府的仆人偷出來銷毀。魏敗亡時，他立馬上書攻擊魏忠賢。等有人向皇帝報告阮大铖也是閹黨爪牙時，竟然找不出一點文字證據。
阮被趕到閹黨陣營，崇禎上台後，閹黨被清理時阮同樣受到牽連，沒有文字證據但口口相傳他也隻得去南京閑居，在南京他希望東山再起，傾心接納名流。但又遭到東林的延續複社諸君子的打擊，他們到處貼大字報，揭露阮的醜惡，要求“防亂”。《桃花扇》中有一幕，祭孔子的時候，阮大铖曲意逢迎複社的吳應箕、楊維鬥、沈昆銅、沈眉生等人，誰知被這些憤青打了一頓。這是寫實。阮後來做了南明重臣，便立刻報複複社諸君子。
東林諸人，除了黃尊素外，多數是知直不知曲的君子，他們被害時固然正氣衝天，讓後人敬仰其氣節，但千古留名又如何，朝局越來越糟糕，這不是他們的初衷。這樣的君子，其實對個人聲名之看重甚於國家利益，搞“親不親，路線分”的鬥爭，最終兩敗俱傷，於國於民都沒什麼好處。正邪不兩立固然不錯，但在具體的操作中不能絕對化。