這次顧憲成等人繼續將皇帝不喜歡的王家屏列入名單，皇帝不高興，下令再擬一份名單。可再次擬的名單，王家屏大名赫然在列，而且顧等人理由很充分，說沒有哪條規矩說已經辭官的人不能作為首輔的候選人。可以想見，萬曆帝該是如何的窩火，心想你們這些老小子，分明是公開給朕叫板嗎！於是顧憲成被革職回家了。
那個時候，一個士人的聲望和他的官職並不成正比，有些入閣大員，被天下士人嘲諷，有些品秩不高的官員，其道德學問卻被天下士人景仰。顧憲成雖然官最高隻做到司局長，但他的清名早就為朝野所熟知，這也是他回鄉入東林書院，能引起那麼大動靜的根本原因。
因此，他在朝的時候，內閣大臣們並不因為自己級別比這個“小顧”高得多，就在他麵前頤指氣使，或者擺出一副上級對下級關心愛護的樣子。許多大臣對顧憲成，采取的是一種平等的態度進行對話。
還在顧憲成當員外郎（副司長）的時候，大批言官上書請皇帝早封長子為太子，這種意見符合禮法——用現在的話來說是充分尊重憲法的建議，但和皇帝的意願完全對立。皇帝又不願意公開違憲，希望大臣們站出來替他說話，或者分擔壓力。當時的首輔王錫爵，他既不願意得罪皇帝，但是也不願意公開建議皇帝破壞祖製，而成為千夫所指，夾在中間十分難受。那個時候小官比閣臣好當，級別低的官員可以暢快地上書闡述自己的意見，得罪高層大不了回家，還博得了好聲名。而做了內閣大學士可不能這樣隨便，因為他權大，責任也重，要小心翼翼地維持和皇帝的關係。
有一次他碰見顧憲成，王是蘇州太倉人，兩人算是大同鄉，王很誠懇地向顧提出自己的疑惑：“當今所最怪者，廟堂之是非，天下必反之。”意思是說現在怎麼這樣邪性，朝廷對某件事的是非判斷，天下人必定反著來。
顧憲成硬邦邦地扔下一句話：“吾見天下之是非，廟堂必欲反之耳。”
顧在這裏承認朝野對立，是非判斷滿擰這一事實，朝廷頌揚的、提倡的，民間必定嘲笑、反對，但因果關係和王錫爵所說的倒置。首先是朝廷罔顧民意，民間喜歡的、推崇的、堅持的，朝廷一定要反對，要限製，朝野關係緊張的責任是在廟堂而非天下。
這種民間輿論和朝廷的是非觀完全反著來的情形在大明晚期處處可見，被廷杖和貶官的人士，回到民間，被公眾當成英雄一般看待。可謂是“權力在朝廷，道義在民間”。被削職為民的顧憲成正是由於這種朝野的分歧和對立，他可以利用自己的道德資源在老家辦書院，不但當地士子、商人支持，連無錫知縣這種中低級官員也鼎力相助。這種對立到了熹宗朝達到頂峰，已經不是輿論上的對立了，當權者對反對者的處罰也不僅僅是申飭和罷官了，而是利用專政機器，將反對者從肉體上消滅。東林書院被毀，東林諸君子被殺。幸虧顧憲成已於萬曆四十年（1612年）壽終正寢，免於他的學生兼同道高攀龍那樣自殺的命運。而明帝國，也臨近崩潰了。