先秦時期，墨家曾遭到秦的屠殺，隻有少部分墨氏後人逃離了這場屠殺。他們銷聲匿跡，隱姓埋名。在此之後，後世關於墨氏後人的傳說多種多樣，民間也流傳著許多關於墨氏後人的故事，是真是假無人知曉。時間到了二十世紀末，這天，在一個文學世家的家庭裏，一名男嬰呱呱墜地。男嬰的父親喜愛書法，於是給孩子起名為方墨雲。可誰也不知道，這個孩子是那麼的與眾不同。
小墨雲性格孤僻，從小也沒什麼朋友，好學習，平日裏基本所有的時間都在用來看書，在讀小學的時候就沉迷於各類學科中，並且買了很多的相關書籍。一次，小墨雲在家解剖從小販手裏買來的小狗，是活體解剖，母親看見本想阻止教育，正當母親要說什麼的時候，小墨雲深沉的望向母親，母親看到他那雙眼睛，頓時不知不覺間選擇了沉默，悄然離去。
父母看到墨雲成績優秀，雖然孤僻，並沒有過多的去在意。時間一天天過去，轉眼間墨雲已經長大成人了。成績優秀的他考入了南方某個知名大學生物理係。剛進入大學的墨雲便參加了學校的曆史興趣社團。墨雲不是很喜歡參加集體活動和社交活動，參加曆史興趣社團是因為他有別的目的，著牽扯了他多年研究的一個神秘問題。
十月的一天，雖然已經到了初秋，可天氣依舊炎熱。這個下午，曆史興趣社團第一次舉行交流活動，活動在教學樓的自習室進行。自習室裏坐五十來號十人，形形色色。這時候兩個女生走進了教室。其中一位大波浪卷發的女生立馬吸引了所有人的目光—“好美”，“女神啊”，“老四我說參加曆史社團是明智之舉吧？”男生們異常遭動。這名女生身材火辣，眉清目秀，看著有種分外妖嬈，性感的感覺。她身穿白色短袖，超短熱褲，沙灘鞋。這位女生走到講台上，清清嗓子說道：“我是咱們曆史興趣社團的會長，我叫喬蕊，這位是社團副會長李冉。”說著她指向了身邊那位有些微胖的女孩。“這位是宣傳部長王磊......”她一一介紹了第一排的主要會員和社團管理人員。“這次社團招集大家開會的主要目的是：第一，讓大家認識一下新加入社團的大一新生，我們曆史活動社團今年又新增加了25名社員。第二，通知幾件事情。今後社團活動每兩周一次，每次在周六下午進行，我們活動有固定的教室二號教學樓308教室，如果有事情不能參加活動最後提前告知。如果有戶外活動我們也會提前通知各位。咱們社團每年會和曆史係老師互動交流，同時會組織大家參觀曆史係的檔案館。第四社員如果三次以上不......好，下麵新同學都自我介紹一下，大家歡迎。”喬蕊走到了一邊，指了指第三排靠窗的同學：“就從你開始吧。”
方墨雲並沒有認真聽他們的介紹，坐在最後一排的他看著窗外，也不知在想些什麼。“大家好，我叫葉飄飄，曆史係的大一新生。”所有人都注視著這位叫葉飄飄的姑娘，因為她長得很難看，滿臉的紅斑，麵部還有個青色的胎記，看著特別別扭，讓人很不舒服的感覺。低下很多人開始議論。方墨雲終於把視線移到了教室內，他也注視到了這個姑娘，不是因為她醜，他在想：“曆史係的還來參加曆史社團，而且看到她為什麼我有種莫名的親近感，好奇怪。”“同學該你了”葉飄飄拍了拍墨雲，墨雲才反應過來，緩緩站起來說了句：“方墨雲，物理係。”